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19世紀前期，今天的康真君廟位置還是澳門內港北灣的灘塗地帶，鄰近的關前街、草堆街、營地大街等街區則是華人聚居點和市集區。由於區內舖戶林立，華人又擅自搭建篷寮，“叢蓋如寨，蜂屯蟻聚”。逼仄惡劣的居住環境，草木搭建的房屋棚寮，造成火災頻仍；嘉慶二十三年（1818年）四月初二晚的大火，更造成幾十家商民舖戶燒毁，財產損失數以十萬計。

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康公廟創建時，正是澳葡政府開始在內港北灣開展填海工程的時期。廟內現存“廟地界址圖”碑，說明創建時的廟界範圍。根據該圖，康真君廟是“坐辰向戌兼巽乾”，即坐東南向西北。除廟本身所在地外，廟後尚有一屋緊連；廟前地方則註明“此地直至海旁連石級俱係廟銀填築”，此為康公廟位置原是北灣灘塗經填海而成的歷史證據，其海旁石級當是碼頭供客人上落之用。

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康真君廟供奉的康真君又稱康公、康元帥、康公帥。他是珠江三角洲一帶頗為流行的神祇，番禺、順德、佛山、中山等地都有康公廟或康公崇拜。澳門有兩個康真君廟，一個是位於十月初五街的這一間，另一個則位於望廈普濟禪院旁，始建於乾隆五十七年（1792年），比前者早逾半個世紀。

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洪聖大王是我國南方漁民廣泛信仰的海神，供奉的廟宇中尤以廣州南海神廟（又稱波羅廟）最為著名。

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侯王信仰在澳門並不普遍，鄰埠的香港則有十所侯王廟，每年更舉行盛大的侯王誕慶祝。

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康真君廟內有“五通聖殿”，供奉“五顯靈通華光大帝”及“五群真”，據殿旁木刻所記，是1949年由姚芬、姚滿等善信所立。

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康真君廟有“和合仙殿”，供奉和合二仙和七仙女，與“五通聖殿”同時設立。

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七仙女即廣東民間的七姐，其原型就是我國家喻戶曉的牛郎織女故事。牛郎織女每年於七月初七重聚，稱為“七夕”，廣府稱為“七姐誕”，是我國民間一個重要的傳統節日。

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康真君廟“和合仙殿”下有一尊很有趣的塑像：童子形象，身穿白衣，左手執葵扇，右手曲起執著木棒。

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康真君廟裡的“華佗殿”是創廟時就建的，供奉三國時著名的神醫華佗。

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康真君廟華佗殿側供奉著“敕封宋校尉府綏靖伯陳老官人”的神像。這位綏靖伯歷史上真有其人。而澳門供奉綏靖伯的原因，則與當年一場瘟疫有關。

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康真君廟華佗殿右側分別供奉著六祖、觀音大士及桃花公主。