1989年2月5日，妈阁庙天后大殿重修落成。

崇祯二年（1629年1月24日─1630年2月11日）澳门华商怀、德二街坊众集资再次重修妈阁庙之神山第一亭。谭世宝：《澳门妈阁庙的历史考古研究新发现》，载《文化杂志》第29期，1996年。

同治八年（1869年2月11日─1870年1月30日）1—2月，温陵泉敬堂再次在妈祖阁正觉禅林内立碑以颂天后圣母之圣德神功，碑仍名《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑记》，撰碑人为罗定直隶州知州壬子年广东同考试官及新安县知县黄光周。碑文称：“凡吾泉郡之贸易于澳者，前后共叨惠泽。彼此均沐恩波。今泉敬堂既置业之尝，为春秋祀典，统计共捐洋银2318元，非是以答神灵而酬圣德也。”同治七年《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑记》，转引自谭世宝：《金石铭刻的澳门史：明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第74—78页。奇怪的是郭永亮《澳门香港之早期关系》第16—18页及林子升《16—18世纪澳门与中国之关系》第29—30页均将此碑题为《妈祖阁𤍤兴堂碑记》，谭世宝先生已进行了批判，但未指出为什么会出现这种不可思议的错误，是否另有《妈祖阁𤍤兴堂碑记》而使郭、林误录？如没有，这种错误的来源又在何处，平白无故捏造出一个“𤍤兴堂”？俟考。

万历二十六年（1598年2月6日─1599年1月26日）4月15日，意大利人弗兰西斯科•卡莱蒂（Francesco Carletti）及其父安东尼奥•卡莱蒂（António Carletti）来到澳门。卡莱蒂父子是1596年3月25日离开墨西哥城，当年6月初抵达菲律宾，当时他们向西班牙总督表示要前往澳门时，遭到了对方的禁止。于是他们被迫于1597年5月从马尼拉乘船前往日本长崎，在长崎停留至本年3月3日离开，然后抵达澳门。同船来的还有几位葡萄牙人。16日，两父子即被逮捕，并被关押审讯3天。这是为了严格执行禁止葡萄牙人和西班牙人贸易的命令，因为他们曾在菲律宾逗留。后来，卡莱蒂父子缴纳了一笔保金后，始获释放，并规定他们遇到适当船期，须马上前往葡属印度。7月20日，安东尼奥•卡莱蒂因患重病逝世，埋葬在澳门主教座堂大祭台对面。弗兰西斯科•卡莱蒂在澳门逗留了一年多时间，并将他所见到的澳门及广州交易会记录在他的著作《周游世界评说》中： 澳门是一座小城，既无城墙，又无城堡，只有一些葡萄牙人的房屋。它名叫上帝圣名之城，尽管靠近中国，却由一个葡萄牙首领统管。该首领每年由果阿派遣，携带葡萄牙王室的护照及国王的指令，对在那里居住的葡萄牙人执法。澳门除了主教所在的大教堂外，还有圣方济各会、圣多明我会和圣奥斯定会的教堂与修院，但只有少数兄弟，这是因为滞留在澳门的少数葡萄牙人的每日支出全部要靠捐赠生活。此外还有耶稣会的修道士，他们拥有被称为学院（colégio）的教堂，那里居住着许多神父和兄弟，他们中的一些人潜入中国大陆，另一些被派遣至日本。我滞留日本时曾听说，视察员范礼安除了在澳门学院所用的钱外，每年还为维持天主教而消费8000～9000埃斯库多（escudo）。 广州交易会每年9月至10月出售送往印度的商品，4月至5月出售送往日本的商品。这些商品主要是生丝，每次航海可运送7万～8万雷阿尔（每雷阿尔相当于20盎司）。送往日本的有大量的各种织物和铅。此外，水银、铅丹的数量也同样很大，还有质量一般的麝香，另外，还有其他大量的物品，例如食料和各种陶制器皿。还往往运送黄金，黄金贸易可以获得70%～80%的利润，在发生战争时还更多。为满足我的愿望，当葡萄牙人去购买发往印度货物的广州（Canton）交易会（feira）或集市（mercato）的时间来临时，我把我的现金给了代表们。从澳门市民中选出四五人，任命他们以大家的名义去购货，以便货物价格不出现变化。代表们乘中国人的船被送往广州，携带着想花或可以动用的钱。一般是相当于250000至300000埃斯库多的雷阿尔或来自日本及印度的银锭。这些船名叫舲艇（lantea），舲艇是小船，类同日本的黑船（funee），以桨航行[但日本船大得多，类似我们的大帆船（galere），但更加舒适]。葡萄牙人不得离开这些船只。只有白天允许他们上岸行走，入广州城观看货物，商讨价格。定价称作“拍板”（dare la pancada）。之后，可以这一价格购买个人欲购的货物，但在商人代表订立合同前，任何人不得采购。入夜后，所有人返回龙头划船上进食休眠。一边购货一边根据葡人的需要将其以龙头划船或来自印度的大舶运至澳门。值得我们注意的是，弗兰西斯科•卡莱蒂在游记中也提到了澳门妈祖庙：“在一重大的节日中上供上述东西时，人们在庙宇附近会餐。我在阿妈港（Amacao）曾目睹此情形。于一旷野处，在他们敬拜的庙宇处，有巨石数块，上面镂刻鎏金大字，这一庙宇人称‘Ama’，故本岛称作Amacao岛，意即Ama庙宇之地。该节日落在三月新月的第一日，即他们的新年。作为最重要的节日，举国欢庆之。”弗兰西斯科•卡莱蒂的亲眼所见、亲身经历完全可以证明妈祖庙建于万历三十三年（1605）之前。参阅Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, 加尔西亚：《澳门与菲律宾之历史关系》，载《澳门史新编》第2册，第543—544页。埃斯库多（Escudo），葡萄牙货币单位，与帕塔卡（pataca）同值。 Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, pp.181—182.Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, p.205. 转自金国平、吴志良：《过十字门》，第83页。