1743年（清乾隆八年）12月3日，澳门华商陈辉千酒醉后在路上与葡人晏些嚧发生争吵、斗殴，后被晏用快刀戳伤致死。凶犯审讯招供后，澳葡当局自行收管。香山县令王之正根据过去案例，即洋人犯罪如与华人有关，即由驻澳中国官员处理的规定，要求澳葡当局交出凶犯。澳葡当局一再拒绝，并声称近百年来犯罪的葡人俱在澳门惩治，如将凶犯交给中国政府，则违反了葡萄牙政府下达的禁令，又恳请中国官府允准他们仍在澳门处置这一案件。两广总督策楞经过会商后，决定同意葡萄牙人的要求，在司法上给予一些特殊照顾。通知澳葡当局，应当按照《大清律例》将凶犯绞死，并派广州知府、香山县令等会同澳葡当局在澳门执行。这一案件的处理改变了历代在澳门“化外人有犯，并依律问断”的法令，而变为“澳夷”杀害中国居民，“罪应斩绞者”，由中国地方官员在澳门会同澳葡官员将凶犯依法处决。后又在1774年乾隆敕令中得到明文规定，列入清朝律例。

1945年日本投降后国民党军队武装封锁澳门的一次行动。1945年8月15日日本宣布无条件投降后，当时中国驻葡大使即于20日要求里斯本政府放弃在华领事裁判权。8月31日，当时中国外交部欧洲司制定了战后对澳政策。粤省军民亦借此机会酝酿回收澳门。驻守广东的第二方面军军长张发奎借口澳门未派遣使节前来慰问，于10月间命令中山县县长张惠长及当地驻军159师师长刘绍武，利用民情，准备采取收澳行动。刘绍武下令该师陈庆斌团，师直炮兵一营屯集前山边境，对澳进行武装封锁和禁运，并计划待机一举回收之。12月下旬，经过葡萄牙当局的外交努力，在南京政府的指示下，此次封锁澳门事件方告平息。

葡军攻占中国阵地的一次战役。1849年8月22日亚马留被刺事件后，两广总督徐广缙飞令香山县加强澳门四周的军事防卫，“以防西洋为变”。面对此军事部署，葡萄牙人决定以武力还击。8月25日上午10时，一支由25名士兵构成的小分队，携带1门野战砲，占领关闸。11时，位于北山岭村对面的拉塔石炮台轰击关闸。当时，葡萄牙在关闸一带集结的部队共120人，3门火砲。因此，政务委员会下令派遣50名士兵，携带一门炮前去增援。双方砲战僵持至下午4点30分。此时，美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）自告奋勇，率领36名士兵，携1门迫击砲，决定占领中国阵地，于是发生拉塔石炮台之战。此役中，双方装备悬殊。据说，清兵守军多达400人。但在葡军的猛烈攻击下，华军阵亡百余人，伤者不计。葡人退回关闸门时仅1人挂彩。澳门官员及各国公使在大砲台目睹了攻占拉塔石炮台的全过程。

19世纪中叶澳葡当局武力镇压澳门居民的事件。1846年（清道光二十六年）4月，亚马留出任澳门总督后，大力推行将澳门变为“绝对自治的殖民地”计划，首先是解决在澳门的中国居民的管辖权问题。他将各中国店铺编立字号，向它们勒收房税、地税，向中国工人勒收人头税，并准备征收所得税。凡拒绝交纳者，则处以刑罚，特别是他对停泊内港的中国民船强征1元的税款，激起了中国船民的武装抗争。1846年10月8日早晨，一些中国帆船因未纳税而被澳葡当局扣留。于是，有40艘帆船上的1500多名中国船民去攻击澳葡市政厅，亚马留下令卫戍部队出动镇压，双方相持激战了一段时间，中国船民败退。船民们退上船后，葡兵继续向他们开枪射击，大炮台和葡方兵船也开炮射击，致使20艘帆船起火、沉没，大批船民惨遭杀害。中国商民闻讯后，相继罢市，停止供应葡人食物。亚马留宣称，各店铺如在24小时内不恢复营业，将命令大炮台用炮火夷平整个市场区。事后，虽有中国官员入澳调查这一惨案，但最终却因清政府对澳葡当局节节让步而不了了之。

澳葡官员对清政府驻澳机构进行挑衅事件。1747年（清乾隆十二年），粤海关澳门关部行台修建了新的海关栅栏。新上任的澳葡总督梅内泽斯（Antonio José Teles de Meneses，《澳门记略》等中国史籍译为“若些”）是一个蛮不讲理的殖民主义者，他派出一批黑奴，将中国海关官员为关部行台修建一新的栅栏全部推倒。清驻澳官员十分愤怒，要求澳葡当局予以重建。梅内泽斯不顾澳葡议事公局的劝谏，不但不同意重建，还扬言与中国军队进行较量。驻澳官员准备禀报两广总督，以便采取制裁措施。澳葡议事公局深知后果严重，不顾梅内泽斯阻挠，多次向驻澳中国官员道歉，还赠送贵重礼物，并以坚固材料为关部行台重建栅栏。至此，这一事件得以基本平息。

葡萄牙在1974年“四•二五”革命成功后，新政府宣布实行“非殖民化政策”，承认澳门是中国的领土，并向中华人民共和国表明态度，即承认只有一个中国，且于1975年1月宣布与台湾国民党政权断交。同年，澳葡当局也开始在澳门进行一系列行政改革，葡萄牙撤走了驻澳门的军队，解散了陆军司令部与海防司令部。为加强内部治安力量，另组织包括治安警察厅、水警稽查队等在内的保安部队。这些措施改善了澳门与内地，葡萄牙政府与中国政府的关系。1979年2月8日，中国政府与葡萄牙政府在法国巴黎签署了两国正式建立外交关系的联合公报。公报宣称：“两国政府将根据互相尊重主权和领土完整、互不干涉内政和平等互利的原则维持其外交关系。”并决定自当日起建立大使级外交关系，在3个月内互派大使。关于澳门问题，葡萄牙政府承认，澳门是中国领土，目前由葡萄牙政府管理，澳门问题是历史遗留下来的问题，在适当的时期，中葡两国政府将通过友好协商来解决。中葡两国建交在历史上有着重要意义，它为最后和平解决历史遗留的澳门问题打下了基础。

1801年（清嘉庆六年），广东雷州、琼崖一带受海盗滋扰，清政府派出军队清剿。澳门葡萄牙人主动向清朝提出，愿意派两条舰船，协助清剿海盗，同时附带9项附加条件，其中主要有：①自关闸至澳门外围岛屿由他们“专揖奸匪”，驱逐外国夷船湾泊；②驱逐在澳门的华人闲游匪徒出境，而在澳贸易营生华人，富有者才准留居澳门；③对华夷债务，由他们拍卖负债者的货物清偿；④澳门华人一般案件由他们处理；⑤华人杀夷人，罪犯要在澳门明正刑典。香山县知县许乃来认为，澳葡当局的要求完全是借机讹诈，遂予以严词拒绝，并对他们的要求严加驳斥。

19世纪初，海盗红旗帮在张保仔的纠合下，队伍不断扩大，已拥有600多艘帆船，8万余人。广东官兵屡次出战，常被打得大败。两广总督百龄与澳葡当局都有合作消灭海盗的意愿。1809年（清嘉庆十四年）11月23日，百龄派3名官员前往澳门，与澳葡地方长官亚利鸦架（Miguel Arriaga）会商。双方订立临时协议，决定由澳葡当局派出6艘100吨以上的武装船，在澳门至虎门一带配合中国水师围剿海盗，为期6个月；中国政府提供8万两银子作为装备澳葡舰队的经费。协议订立后，澳葡当局很快即组建一支由6艘武装船组成的澳门舰队。舰队司令阿尔科弗雷多上校乘坐的旗舰排水量达400吨，载有26门火炮，160名船员。其余5艘武装船共有150多门火炮，近600名船员。英国东印度公司澳门公司还免费为该舰队提供了大量武器和弹药。这支澳葡舰队遂成为一支战斗力相当强的海上力量。

清末由澳葡当局给予政治避难保护的一起案件。1900年（清光绪二十六年）1月，慈禧太后立溥仪为皇储，准备废光绪帝。上海电报局经元善因联合1231人发出反对废立的电报，遭清政府缉拿。由于保皇会在澳门有较大的势力，经元善于1900年2月中旬辗转来到澳门。清政府向澳葡总督交涉，要求引渡。澳葡当局遂将经元善逮捕，囚禁于大炮台。澳门保皇会人士全力对他进行援救和保护。澳葡当局也想通过这样的机会否定1887年《中葡和好通商条约》中有关“照向来办法”查交中国罪犯的条款，指出经元善是政治犯，拒绝引渡。清政府派人到澳门控告经元善“拐款逃走”，是刑事犯罪，并派证人赴澳门对质。澳门保皇会会长何廷光花费重金全力救援，港、沪等地人士和海外华侨也纷纷声援。逼于中外舆论压力，澳葡当局于5月12日正式照会清政府，指出有关经元善拐款逃走之控告不确实。后又经葡萄牙高级法庭复核，在当年年底，葡国政府最后确定经元善是政治犯，予以释放，并给予政治避难。