天啟四年（1624年2月19日─1625年2月6日）本年，澳督弗蘭西斯科•馬士加路也加緊建設大三巴炮台。先是，在弗蘭西斯科•馬士加路也抵澳履新之時，澳門的城牆建設已大體完成，故新澳督到任後，他以更快的速度完成澳門軍事防禦體系，一是將沒有合攏的城牆合攏，二是加緊建設各制高點的炮台，其中最重要的就是大三巴炮台。大三巴炮台規模巨大，四周是高牆，牆上環架數十門大炮，中間是空地，還附有一條與大炮台相通的夾牆。他還準備在中間空地建宮殿與塔樓，並將自己的澳督府設於其中。建設費用達20萬兩白銀，在葡荷交戰前，澳門修建防禦工事之事，明朝政府已經表示默許，基本不進行干涉。而弗蘭西斯科•馬士加路也如此大規模地“擅自興作”軍事堡壘，廣東政府再也不能容忍，遂傳令澳門摧毀城牆。據荷蘭資料，在澳門修建城牆的過程中，明朝軍隊與澳門葡人曾發生衝突，後通過和談，葡萄牙人將在內陸新造的炮台拆除，並且每年都要繳納關稅3.8萬雷阿爾。《明清史料》乙編第7本《澳夷築牆殘稿》，第614頁；BPE-Mss CV/2—1. Fol. 751載：這一巨大工程耗資約為100萬克魯紮多，完全由澳門本地男女承擔，轉自萊薩：《澳門人口：一個混合社會的起源和發展》，載《文化雜誌》第20期，1994年。江樹生譯：《荷蘭台灣長官致巴達維亞總督書信集：1622—1626》第1冊1625年10月29日《德•韋特寄總督卡本提耳函》，第200頁。

崇禎八年（1635年2月17日─1636年2月6日）被遣送到東京教區的克利斯托旺•桑托斯神父在那里呆了幾個月後，又返回澳門。澳門法官曼塞爾•拉莫斯（Mancer Ramos）致函澳督卡瑪拉•羅郎也，要求將克利斯托旺•桑托斯神父遣送去東京，因為日本當局決不會容忍這種玩弄他們的手段。文德泉：《澳門的日本人》，載《文化雜誌》第17期，1993年。

天啟五年（1625年2月7日─1626年1月27日）1月28日，澳督弗蘭西斯科•馬士加路也下令就黑人拆毀明朝駐澳門守澳官（Mandarim do porto）宅第並盜其木材一事向守澳官道歉。先是，澳門葡商若昂•塔瓦雷斯（Joāo Tavares）之黑奴摧毀守澳官之宅第，並盜出該宅之木材。王室大法官卡美洛•塞勞（António Camelo Serrāo）下傳票傳塔瓦雷斯。塔瓦雷斯聲稱，這些黑奴並非他的，而是他女婿的，但他表示願意承擔責任並向守澳官賠禮道歉。29日，普通法官弗蘭西斯科•阿佈雷烏（Francisco de Abreu）率其書記高丁紐•科拉索（Manuel Godinho Colaço）、市政官西蒙•貢薩爾斯（Simão Gonçalves）、通事多明戈斯•蘇亞雷斯（Domingos Soares）前往被盜毀的守澳官數座宅第之處，並命3名木匠進行了修復。據查，這次盜毀木料損失，包括門梁、柵欄及板材，總計足色紋銀350兩。埃武拉公共圖書館及區檔案館第CXV I/2—5號手稿，第301頁。

萬曆四十三年（1615年1月29日─1616年2月16日）3月21日，菲利浦三世致信葡印總督稱：朕決定，派王室貴族羅伯斯•卡拉斯科（Francisco Lopes Carrasco）前往澳門出任兵頭兼王室大法官，他的任職與中國及日本巡航首領是否在澳門無關，也不隸屬於他們當中任何人；他將完全按照朕的意志行事，其首要任務是負責澳門的防禦工事。Documentos Rernetidos da India ou Livros das Monções, Vol.3, p.332.

天啟五年（1625年2月7日─1626年1月27日）葡印總督弗蘭西斯科•伽瑪給澳督弗蘭西斯科•馬士加路也下達命令，為王室國庫組織一次到馬尼拉的航海貿易，將收入用於購買果阿炮廠所需的日本銅材和維持印度洋艦隊所需的中國黃金。澳門議事會反對此次航行。經過爭論，最後協定：航行貿易的部分收入專門用於維持澳門駐軍和防禦工事，而澳督、議事會成員和其他人員均得到相應的份額。Emma Helen Blair ＆ James Alexander Roberston, The Philippine Islands, 1493—1898, Vol. 22, pp. 80—85.

崇禎六年（1633年2月8日─1634年1月28日）12月24日，普通法官帕斯庫亞爾•卡瓦略（Pascoal Fernades de Carvalho），市議員熱羅尼莫•里貝羅（Jerónimo Vicente Rebeiro）、龐西亞諾•阿佈雷烏（Ponciano de Abréu）、拉法爾•西克拉（Rafael Carneiro de Sequeira），理事官米格爾•馬賽多（Miguel de Machado）及8名助理出席的議事會會議決定每月撥出60印葡金幣維持從馬尼拉來到澳門, 暫時居住在方濟各會會長巴爾托羅梅烏•羅沙（Bartoloméu da Rocha）家中的第一批方濟各會赤腳修女的生活，給她們提供一切必需品。葡印總督利尼亞雷斯伯爵要求澳門總督卡瑪拉•羅郎也接濟和保護這些女教徒。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第41頁。

崇禎九年（1636年2月7日─1637年1月25日）4月，澳督卡瑪拉•羅郎也卸任，前往果阿任葡印總督書記官。29日，新任澳督多明戈斯•羅郎也（Domingos da Câmara de Noronha）從果阿啟程來澳。並於8月抵達。多明戈斯•羅郎也出任澳督兩年多時間，澳門政局一度穩定。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第43頁；費成康：《澳門四百年》，第121頁。

天啟五年（1625年2月7日─1626年1月27日）2月21日，兩廣總督何士晉命嶺西道蔡善繼向澳門葡人議事會傳達總督手諭：拆毀混合土牆、碉堡和架設大炮的炮台。王室貴族出身的弗蘭西斯科•馬士加路也拒不從命，而且準備武力對抗。何士晉與蔡善繼商議後，採取了“首絕接濟，以扼夷之咽喉，既摯攬頭，以牽夷之心腹；官兵密佈，四面重圍；嚴拿奸黨，招回亡命”等一系列措施，還派出間諜，利用葡萄牙居民與弗蘭西斯科•馬士加路也的矛盾，加劇他們之間的內訌。由於關閘的官員停止了對澳門的糧食和木材供應，澳門立即處於饑寒交迫的絕望狀態。據稱黑市出售的食物，價格比平時上漲了三倍。至此，弗蘭西斯科•馬士加路也為了不做餓殍，只好派人去叩關閘，表示願拆毀城台。3月31日，澳門市民開始進行拆除城牆的工作。城牆的拆除顯然是不利於當時澳門對荷蘭的防禦，為了緩解矛盾，澳門議事會遂派陸若漢神父等6名長者赴廣東面見兩廣總督何士晉。陸若漢是堅決反對拆除城牆的，何士晉則趁機提出將澳門的地租銀由過去的500兩猛增至1萬兩。葡文檔案稱：“因此，該國（明朝）將提高稅收。通常支付的稅額是1. 4萬兩至3. 2萬兩，某年份是2. 2萬兩，外加地租l萬兩，共計3. 2萬兩，合印度貨幣7萬色勒芬。澳城無論如何也無法支付這個數額。”澳督弗蘭西斯科•馬士加路也不同意支付1萬兩地租，並致函巡視員老駱入祿，以後的談判不要讓陸若漢參加。老駱入祿堅持派陸若漢神父，再次談判時，陸若漢同意支付上述地租，並私下贈送何士晉白銀3. 6萬兩。兩廣總督何士晉為了感謝他，當眾給陸若漢穿上華式服裝，並佩戴獎章。故在6月時，何士晉又給澳門葡人網開一面，稱：“今內奸絕濟，外夷畏服，願自毀其城，出留濱海一面以禦紅夷。”博卡羅則稱：只剩下沿海邊和西邊的一些城牆。可知，當時的拆城只是拆除了北部及東部的一部分城垣，而業已建成的大三巴炮台基本上沒有拆，這應是耶穌會重金賄賂的結果。而當時承諾的1萬兩地租銀，後因何士晉“嚇受攬頭澳夷計贓不下三四十萬。又虛張免加派之美名，實借抽稅以謀利，至神棍縱橫，民不聊生。洶洶之狀，幾成大變”[10]，因此被彈劾革職，故收1萬兩之事亦未實行。葡文資料則稱：“華人送來了一份札諭，說他們的國王不要這份地租。”[11]埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。《明清史料》乙編第7本《澳夷築牆殘稿》，第614頁。マィケルクーパー著，松本たま訳：《通辭口ドリゲス》第16章，第310頁。マィケルクーパー著，松本たま訳：《通辭口ドリゲス》第16章，第312頁。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。《明熹宗實錄》卷58，天啟五年四月丙戌。博卡羅：《要塞圖冊》，載《16和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第223頁。[10]《明熹宗實錄》卷77，天啟六年十月庚申。[11]埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。

崇禎元年（1628年2月5日─1629年1月23日）12月1日，葡印總督任命葡萄牙軍官熱羅尼莫•施維拉（Dom Jerónimo Gonçalo de Silveira）擔任澳門總督。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第38頁。