鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

中葡談判解決澳門歷史問題。1986年5月30日，中葡兩國政府發表新聞公報，決定於6月最後一周在北京開始澳門問題的會談。中方代表團團長為外交部副部長周南，葡方代表團團長為駐聯合國常任代表梅迪納（Rui Medina）。首輪關於澳門前途的外交談判於1986年6月30至7月1日在北京舉行，中葡經歷了近9個月共四輪會談。1987年4月13日，葡萄牙政府總理席爾瓦（又譯施華高，Cavaco Silva）應邀訪華，在北京人民大會堂與中國國務院總理趙紫陽共同簽署《中葡聯合聲明》，從而圓滿解決了澳門問題。

1849年（清道光二十九年）6月7日，來澳門度假的香港中學教師、新教徒薩默（James Summer）在觀看基督聖體節盛大的宗教遊行時拒絕脱帽致敬，亞馬留將其逮捕。第二天英國海軍高級軍官亨利‧凱帕爾（Henry Keppel）及斯坦夫利（Staveley）等求見亞馬留，要求釋放薩默，亞馬留拒絕。凱帕爾決定趁亞馬留離澳時，發動突然襲擊。他命令“摩安特”號軍艦的海軍陸戰隊分乘幾艘小艇在南灣登陸。分兵兩路，一路進攻市政廳的警衛室，解除衛兵的武裝；另一路直撲監獄，搶救薩默。整個劫獄行動，打死打傷葡兵共3人。這次事件一度導致英、葡關係緊張，後經葡萄牙方面一再抗議，英國政府同意向葡萄牙道歉，撫恤死者家屬，並對凱帕爾進行申斥。

1910年（清宣統二年）葡軍殺害路環島村民的事件。路環是澳門半島南面的一個小島，原名九澳島，在十字門的入口處。早在1864年（清同治三年）葡萄牙人就佔據路環島上的荔村灣，在那裡建築炮台、駐軍防守。島上這時僅有居民1900多人，全以捕魚為生。1910年7月初，廣東新寧、開平發生教案，10餘名天主教徒子女被困在路環島上。教民先稟告兩廣總督袁樹勛，袁因“澳界尚未勘定，不便派兵往緝”而遲疑。教民又向澳門主教求救，澳葡當局即以此為藉口，以“剿匪”名義派軍隊進攻路環，島上居民武裝自衛，擊退葡軍3次進攻，打死葡方官兵數人，並奪回炮台。澳葡當局立即又調軍艦炮轟路環，一連幾天，島上居民得不到支援，最後失敗。8月4日，葡軍登陸，縱火焚燒九澳全鄉，村民數百家家毀人亡。有一艘逃難的村民船，被葡軍追逐擊沉，船上38人全部喪生。路環慘案發生後，全國人民無比憤慨，紛紛要求政府廢除條約，收回澳門。清政府鑒於群眾強烈要求，遂派駐法大使劉式訓赴里斯本，再次提出劃界談判問題，但此事最後不了了之。

澳葡官員對清政府駐澳機構進行挑釁事件。1747年（清乾隆十二年），粵海關澳門關部行台修建了新的海關柵欄。新上任的澳葡總督梅內澤斯（Antonio José Teles de Meneses，《澳門記略》等中國史籍譯為“若些”）是一個蠻不講理的殖民主義者，他派出一批黑奴，將中國海關官員為關部行台修建一新的柵欄全部推倒。清駐澳官員十分憤怒，要求澳葡當局予以重建。梅內澤斯不顧澳葡議事公局的勸諫，不但不同意重建，還揚言與中國軍隊進行較量。駐澳官員準備稟報兩廣總督，以便採取制裁措施。澳葡議事公局深知後果嚴重，不顧梅內澤斯阻撓，多次向駐澳中國官員道歉，還贈送貴重禮物，並以堅固材料為關部行台重建柵欄。至此，這一事件得以基本平息。

葡萄牙在1974年“四•二五”革命成功後，新政府宣佈實行“非殖民化政策”，承認澳門是中國的領土，並向中華人民共和國表明態度，即承認只有一個中國，且於1975年1月宣佈與台灣國民黨政權斷交。同年，澳葡當局也開始在澳門進行一系列行政改革，葡萄牙撤走了駐澳門的軍隊，解散了陸軍司令部與海防司令部。為加強內部治安力量，另組織包括治安警察廳、水警稽查隊等在內的保安部隊。這些措施改善了澳門與內地，葡萄牙政府與中國政府的關係。1979年2月8日，中國政府與葡萄牙政府在法國巴黎簽署了兩國正式建立外交關係的聯合公報。公報宣稱：“兩國政府將根據互相尊重主權和領土完整、互不干涉內政和平等互利的原則維持其外交關係。”並決定自當日起建立大使級外交關係，在3個月內互派大使。關於澳門問題，葡萄牙政府承認，澳門是中國領土，目前由葡萄牙政府管理，澳門問題是歷史遺留下來的問題，在適當的時期，中葡兩國政府將通過友好協商來解決。中葡兩國建交在歷史上有着重要意義，它為最後和平解決歷史遺留的澳門問題打下了基礎。

18世紀80年代葡萄牙王室強化對澳門直接管治權的行為。1784年（清乾隆四十九年），澳葡當局根據葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制誥），在澳門進行了一場“政治改革”。主要內容包括：首先是加強總督的權力，總督不僅是作為澳門的軍事首領，而且可以干預當地的日常政務，否決議事局的一切提案，成為澳門的最高首長；其次是解散過去的市政衛隊，組成一支由100名火槍兵和50名炮兵組成的印度兵衛隊，增強澳門的警衛力量；再次是確立由總督和王家法官審計國庫收支，取消議事局代營的制度。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

葡軍攻佔中國陣地的一次戰役。1849年8月22日亞馬留被刺事件後，兩廣總督徐廣縉飛令香山縣加強澳門四周的軍事防衛，“以防西洋為變”。面對此軍事部署，葡萄牙人決定以武力還擊。8月25日上午10時，一支由25名士兵構成的小分隊，攜帶1門野戰砲，佔領關閘。11時，位於北山嶺村對面的拉塔石炮台轟擊關閘。當時，葡萄牙在關閘一帶集結的部隊共120人，3門火砲。因此，政務委員會下令派遣50名士兵，攜帶一門炮前去增援。雙方砲戰僵持至下午4點30分。此時，美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）自告奮勇，率領36名士兵，攜1門迫擊砲，決定佔領中國陣地，於是發生拉塔石炮台之戰。此役中，雙方裝備懸殊。據説，清兵守軍多達400人。但在葡軍的猛烈攻擊下，華軍陣亡百餘人，傷者不計。葡人退回關閘門時僅1人掛彩。澳門官員及各國公使在大砲台目睹了攻佔拉塔石炮台的全過程。