天启二年（1622年2月10日─1623年1月30日）在大庙顶（又称大堂前地）建成新主教座堂，葡人称圣伯多禄堂（Igreja de S.Pedro），华人称为大堂（lgreja de Sé）或“大庙”。为澳门教区主教办公之地，故陆希言称：“圣安多尼、圣老楞佐，皆统于圣伯多禄。”先是，1576年澳门主教区初成立时，署理主教贾尼劳即以望德圣母堂为主教办公之所，故在大堂修建之前，望德堂为澳门第一座主教座堂，据称，当时的主教座堂是一座很小的木板搭建的小教堂。大堂建成后，新堂为砖石建构，正面为花岗石建造，上尚有凸型石刻拉丁文：SS.M.V.Mariae Nascenti，意为“献给童贞玛丽亚诞生”。该堂奉祀圣伯多禄，故又称“圣伯多禄堂”。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, p.24. 陆希言：《澳门记》。王文达：《澳门掌故》，第113页。林家骏：《澳门教区历史掌故文摘》，第17页。郭永亮：《澳门香港之早期关系》第5章《澳门早期教堂》，第44页。印光任、张汝霖的《澳门记略》卷下《澳蕃篇》称：“大庙者，夷人始至澳门所建也，在澳之东南。”此记录为误。葡人始至澳门时并无“大庙”。大庙实建于1622年。祝淮的《新修香山县志》卷4《海防附澳门》称：大庙在澳东南，即望人寺。”祝淮修志时，这时的主教堂早已建成，不在望人寺（望德堂），以望人寺为主座教堂是1622年之前的事。

清道光三十年（1850年2月12日─1851年1月31日）2月14日，澳门主教热罗尼莫．马塔主持重建主教座堂（大堂）的启用仪式。主教座堂的重建工程始于1845年，竣工于1849年12月。重建后的主教座堂宽敞明亮，装饰华丽，美轮美奂。被称为澳门建筑史上最富丽堂皇的教堂。施白蒂：《澳门编年史：19世纪》，第104页。Manuel Teixeira, A Voz das Pedras de Macau, p. 22.

大庙，又称大堂，原名Se Cathedral，中国之《香山县志》旧称之为望人寺、 据“祝志”载称：“大庙在澳东南，即望人寺。夷人始至澳所建也。”该庙在大庙顶之岗上，昔日岗前未有崇楼巨厦，阻其视线，南湾海面，可以一目了然，市舶出入皆得而见之也。夷妇常陟彼高岗，目盼其良人之归也，故称望人寺。大庙旧本澳门天主教会之中枢，尝作为天主教澳门教区主教座堂，其后座曾辟作主教之居所，但现已迁往西望洋山上耳。大庙之始建历史，已年湮代远，实不可攷。约在十七世纪初期，澳中已有大庙之设矣。殆经二百余年后，风霜雨露之剥蚀，其建筑日渐残破。直至一八四九年时，天主教徒为安全计，迺即集众捐资，从新将其改建，使成现状。于一八五零年二月十四日，由澳门主教马大主教Dom J.da Matta主持初祀典礼。可惜当时建筑，仍是沿用木料，难以耐久。廷至一九三七年，庙貌复感颓废，迺不得不改为三合土筑。从此钟楼对峙，十字高支，堂皇矞丽，闻是次建筑费曾耗去十万零九千元云。《澳门杂诗》中，有咏大庙者云：“大庙最始建，岁首迎耶稣，前导十字架，僧徒持咒珠。”大庙，在澳门各天主教堂中，虽非最大，所以被称为大庙者，以奉祀之神为赫赫有名之圣彼得也。且该庙曾被视作澳中天主教之中枢，故有是称。据传该堂初时存有不少天主教遗物及古迹，如大三巴寺火烧时，被教徒历尽艰苦抢救出来之各圣人遗骨；如方济各沙勿略之臂骨等，均曾暂供祀于大庙内。后大庙重修，迺移往三巴仔教堂保存。攷大庙之建筑，富有西班牙宗教色彩。外形简朴而纯洁，内部则精巧奇趣。崇伟之祭坛下，掩埋看许多古墓，如澳中之第十二任主教俾利喇波治之灵机，亦埋葬于其间。闻俾利喇波治生前，曾为重建大庙而竭尽毕生精力云。古时天主教堂之墙壁，每有埋葬之坟墓，大都是神甫主教之遗骸，惟近来此风已变。闻数十年前，一次大风竟掀起大庙傍之一株巨榕，致大庙之傍壁为之倾倒，墙内无数白骨及骷髅顿现，后随移葬于西洋坟场内。近读商衍鎏探花之诗书画集，内有咏大庙诗云：“学道三巴吴墨井，楼居望海世同危。遥闻大庙留遗画，鱼作清斋教律奇。”按大庙内尚保存有名画多帧：如圣约翰受洗图，及日本天主教徒在长崎被钉十字架图，皆宗教画中之名作也。