万历三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，钦差总督广东珠池市舶税务兼管盐法太监李凤与信官王权、梁宗翰等人主持，由澳门四街华商出资重建妈阁庙“神山第一亭”完成。澳门“四街”即“十字街”，这是一条纵街与一条横街交叉而成的十字街，被明廷分别命名为“畏字街”、“威字街”、“怀字街”、“德字街”。这十字街本是诸夷建造居住。后多为华商租赁，葡人居楼上，唐人居楼下。妈阁庙神龛“万历乙巳四街重修”碑记：“四街重修”，上款为“万历乙巳岁”，下款为“仲夏吉日立”，见陈树荣：《澳门妈祖文化的形成及发展——从妈阁庙石殿神龛“万历乙巳四街重修”碑记谈起》，载《妈祖文化研究》，第35—53页；神山第一亭大门石横梁万历乙巳石刻，转自谭世宝：《金石铭刻的澳门史——明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第43页。释迹删：《咸陟堂诗集》卷13《三巴寺》称：“相逢十字街头客，尽是三巴寺里人。”郭棐：《（万历）广东通志》卷69《外志》3《番夷》；谭世宝：《澳门妈阁庙的历史考古研究新发现》，载《文化杂志》第29期，1996年。屈大均：《广东新语》卷2《澳门》；印光任、张汝霖：《澳门记略》卷下《澳蕃篇》称“其赁于唐人者，皆临街列肆”；张甄陶：《澳门图说》（载《小方壶斋舆地丛钞》第9帙）称：“其楼房多空旷无居人，赁华人居之。”

嘉靖四十四年(1565年2月1日─1566年1月20日)本年，戈伊斯使团文书若奥•埃斯科巴尔在澳门撰写《关于至高至强之塞巴斯蒂昂国王派往中国使节团的述评》一书，记录了1564年广东副总兵汤克宽曾派官员到澳门与葡萄牙人洽商一事，其中还记录了澳门妈阁庙：“事情至此，那位官员派人对唐•若奥(D. João)说，他将登岸到庙中与其会面，将事议妥。为不耽误时间，请他也照做。唐•若奥认为此议甚好，前往该地会面。它位于村落的端点，面对大海。”这座位于澳门“村落的端点、面对大海”的庙就是妈阁庙(Templo de A-Má)。妈阁庙始建于何时，目前尚无明确的文献证据，但这一条史料可以证明，嘉靖四十四年(1565)前澳门即有妈阁庙。而且，广东官府利用这一庙宇作为与葡人首领会晤的地点，亦可说明当时的妈阁庙即已具备“官庙”的性质。林旭登《葡属印度水路志》采用1587年以前的资料描写澳门内港景象称：从澳门启航，你们在东北方向可以看见一座山(对面山)上有一白色标记。东边还有两个山丘。在第二座山丘(凤凰山)与山之间的那个丘陵(青洲)完全秃裸。见到它后，你们要在位于水道中央的沙梨头的岩石及礁石之间穿行。该水道位于当地最后一批大宅附近。一到这些房子处，你们可以看到第三座山岗(妈阁山)。靠近该地岬角处称官庙(Verella dos Mandarins)。上述山丘几乎完全秃裸。此处水深5托。往大海方向，水半深。过了这个岬角，水面加深，可至5或6托半。按此方法航行，你们可以见到马骝洲对面隆起的陆地。林旭登所言之官庙亦应为妈阁庙。罗理路：《澳门寻根》附录文献之九若奥•德•埃斯科巴尔《评述》(澳门，1565年)，第112页。此凤凰山当指白鸽巢山，即凤凰山南脉之余绪。1托等于现在的2. 2米。林旭登：《葡属印度水路志》第43章，第113页，转引自金国平、吴志良：《过十字门》，第79—80页。关于妈阁庙的创建时间，学术界争论甚大，也甚为激烈。大体来讲分四种观点：一是妈阁庙创建于景泰三年至天顺二年(1452—1458)之间，由闽商严启盛创建(徐晓望、陈衍德：《澳门妈祖文化研究》，第107—111页；石奕龙：《关于澳门妈祖信仰形成问题的辨识》，载《文化杂志》第49期，2003年)。二是妈阁庙创建于澳门开埠前，即弘治元年(1488)说，此说源于汪兆镛的《澳门杂诗》中《妈阁》一诗之后语：“案：妈阁庙楹额，刻弘仁殿三字，上款弘治元年，辛亥冬，余初到尚见，今已毁。”于是澳中传统学人名宦俱以弘治为妈阁庙的创建时间，即为创建500年之说(李鹏翥：《澳门古今》，第21—23页)。三是妈阁庙创建于明万历三十三年(1605)之前说，其主要依据：1. 德礼贤：《利玛窦全集》中记录利玛窦到澳门后(1582年)看到的。妈阁庙”；2. 戈伊斯使团评述一文中记录了(澳门)村落顶端，面对大海有一座庙(1564)；3. 林旭登：《葡属印度水路志》1587年以前资料记录澳门半岛南端的岬角有一座官庙。据此可将妈阁庙有确凿文字的历史上限推至1564年之前(金国平、吴志良：《澳门与妈祖信仰早期在西方世界的传播》，载《过十字门》，第77—80页)。四是妈阁庙创建于万历三十三年(1605)，其主要依据是在妈阁庙“神山第一亭”的神龛背面发现有“钦差总督两广珠池、市舶、税务监管盐法太监李凤建”字样；与原刻在“神山第一亭"门口石横梁上“万历乙巳年(1605)德字街众商建”字相配合为主要内证，再加印光任、张汝霖的《澳门记略》卷上《形势篇》“相传明万历时，闽贾巨舶被飓殆甚，俄见神女立于山侧，一舟遂安，立庙祀天妃，名其地曰娘妈角”的记录为旁证，证明神龛与“神山第一亭”是同时建于万历乙巳年即三十三年(1605)，并称两者同时构建而组成一座最原始简单的小庙(谭世宝：《澳门妈阁庙的历史考古研究新发现》，载《文化杂志》第29期，1996年)。新发现的王廷钤纂辑的《香山县下恭常都十三乡采访册》上卷《澳门纂略》，第28页亦称：“洋船石，在澳西南。相传明万历时，闽贾巨舶被飓殆甚，俄见神女立于山侧，一舟遂安，立庙祀天妃，名其庙日妈祖阁。于庙前石上镌舟形及：利涉大川，四字，以昭神异。其庙创于万历乙巳，崇祯己巳重修，庙柱石刻可据。石室天生，重成殿宇。”以上四说，景泰、天顺间说推论多于实证，其说欲立，尚需确凿材料证明；弘治元年说应该说是没有史料依据者，仅凭清末民初一学者并不可靠的记录而定该庙创建于明孝宗弘治间是不足为凭的。第三说所征引的葡萄牙文、法文及意大利文的原始资料记载如果不存在问题的话，应该可以相信，在1605年之前，妈阁庙已经出现，其有文字的历史上限可推至1564年。第四种说法根据石刻考古资料及清人的记录力图确证“神山第一亭”及“神龛”建于1605年，然陈树荣又公布妈阁庙石殿嵌镶在神龛的石碑上有“四街重修”四字，上款为“万历乙巳岁”，下款为“仲夏吉日立”等字样(陈树荣：《澳门妈祖文化的形成及发展——从妈阁庙石殿神龛“万历乙巳四街重修”碑记谈起》，载《妈祖文化研究》，第35—53页)，与大门木横梁上“万历乙巳年德字街众商建”相呼应。可证该殿并非乙巳年(1605)创建，而是重修。

同治八年（1869年2月11日─1870年1月30日）1—2月，温陵泉敬堂再次在妈祖阁正觉禅林内立碑以颂天后圣母之圣德神功，碑仍名《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑记》，撰碑人为罗定直隶州知州壬子年广东同考试官及新安县知县黄光周。碑文称：“凡吾泉郡之贸易于澳者，前后共叨惠泽。彼此均沐恩波。今泉敬堂既置业之尝，为春秋祀典，统计共捐洋银2318元，非是以答神灵而酬圣德也。”同治七年《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑记》，转引自谭世宝：《金石铭刻的澳门史：明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第74—78页。奇怪的是郭永亮《澳门香港之早期关系》第16—18页及林子升《16—18世纪澳门与中国之关系》第29—30页均将此碑题为《妈祖阁𤍤兴堂碑记》，谭世宝先生已进行了批判，但未指出为什么会出现这种不可思议的错误，是否另有《妈祖阁𤍤兴堂碑记》而使郭、林误录？如没有，这种错误的来源又在何处，平白无故捏造出一个“𤍤兴堂”？俟考。

1989年2月5日，妈阁庙天后大殿重修落成。