健康是澳門居民重要福祉，基金會多年來支持澳門的非公立醫療機構、醫護團體、學術單位等開展醫學知識社區普及、培訓、論壇、研究、醫學雜誌出版、購置先進醫療設備，並先後支持鏡湖醫院及科大醫院增設大型先進醫療設備，持續推進本地醫療服務達至國際水平。

本澳非公立醫療機構中，由鏡湖醫院慈善會運作的鏡湖醫院承擔了本地逾半的醫療服務，基金會2006年參與資助興建“霍英東專科醫療大樓”，每年資助院方配置高端醫療設備，包括建立放射治療中心、腦卒中病房及重症醫學病房等，購置多項放療和心血管診療設備、智能康復設備及水中訓練系統等，本澳居民能以低於鄰近地區的價錢在本地接受優質醫療服務，提升疾病預防和治療的成效。2012年，基金會與鏡湖醫院慈善會合作開展《澳門地區缺血性腦卒中高危人群抽樣篩查》臨床研究，填補澳門相關醫療研究領域的空白，2014年，基金會推出第一期“護腦行動”，進一步深化和延續篩查研究成果，針對腦卒中的高危因素加以干預治療，資助有需要的病人進行治療，減輕病人治療的經濟負擔，亦透過社區活動普及大眾對腦血管疾病的認知，及保持腦中風的防治意識，現已拓展至第三階段。第一及第二期“護腦行動”共篩查約1,700位高危人士，，並為檢驗出腦血管疾病的患者提供及時、高質量的診療。