19世纪中叶澳葡借机向清守军报复并袭击关闸的事件。1849年（清道光二十九年）的“关闸事件”，是关闸第二次遭受大规模进犯，且是遭受英、葡的水、陆夹攻。此次事件的引发，导火线是极力推行殖民扩张的澳督亚马留（João Maria Ferreira do Amaral）被望厦龙田村民沈志亮等人刺杀。1849年8月22日，亚马留被刺杀后，澳葡当局在英、美、法列强支持下，有恃无恐，借此挑起事端，于8月28日早晨，由炮兵军曹米士打基打率领100多名正规军和20名志愿军，携三门大炮，在快艇炮火支持下，对关闸发动进攻，战事扩展到拱北北岭，古关闸城楼被炮火轰毁。驻守关闸汛营的清军兵力薄弱，由于援兵未到，面对来势汹汹的葡兵，措手不及，不战而退，关闸为葡兵占据。在关闸事件中，葡兵1名重伤，清军4人死亡，葡兵且将战死的1名清兵的手臂和1名军官首级砍下，作为战利品，挂在竹竿上，带返澳门，游街示众。经此一役，清军退守前山寨。这是清王朝在澳门的主权地位受到严重挑战的一次重大事件。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），钦差大臣林则徐偕同两广总督邓廷桢，统领将备管带弁兵巡阅澳门。当日，林则徐一行于早晨由前山整队出发，入关闸，巡视澳门查禁鸦片。澳葡理事官率领4名军官、100名士兵，在古关闸恭迎。林则徐一行，驻莲峰庙正殿，接见澳葡理事官，向理事官申明禁令，谕以安分守法，不许囤贮鸦片，不许徇庇奸夷。接见后，林则徐赏给澳葡官员色绫、折扇、茶叶、冰糖等中华特产，赏给士兵牛、羊、酒、面及银元400元。接着，林则徐在莲峰庙向天后、关帝神殿进香后，一行从三巴门进入澳门城区，经大三巴牌坊、关前街、医院街、水坑尾、南湾、红窗门，至妈阁庙向天后进香，巡视了澳门主要街道。沿途督率随员抽查洋楼、民房，见租赁给不法英商的房屋已经关闭，各座洋楼没有烟土贮藏。巡视途中，居澳华民搭盖牌楼，扶老携幼，夹道欢呼。三巴、南湾、妈阁等澳葡炮台鸣炮十九响，以最高礼遇隆重欢迎。当天中午，在澳葡官员护送下，林则徐一行离开澳门，返回前山、石岐。林则徐巡澳前已派员往澳门查户口、销鸦片，从澳门搜集外文资料编印成《澳门新闻纸》，这是中国近代史上最早的译报和类似的参考消息。林则徐巡澳虽只3个时辰（6小时），但影响甚大，再次显示中国政府对澳门享有主权。1989年为纪念林则徐巡阅澳门150周年，当年12月初在澳门举行庆祝大会和“林则徐与澳门”学术研讨会，莲峰庙值理会在庙前竖立林则徐纪念雕像，并于1997年在雕像旁建成林则徐纪念馆。

澳葡当局镇压澳门居民事件。1966年11月，澳门氹仔居民自筹经费兴建坊众小学，因事先未向澳葡当局申请而自行架搭竹棚架，澳门市政当局派人强迫停工，当地居民不服，双方对峙。11月15日，澳葡当局出动军警殴打民众，打伤34人。氹仔居民对此表示抗议，并提出5项要求。澳门各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳门各界代表为氹仔事件赴澳督府请愿，澳葡当局派军警殴打请愿代表，致使45人受伤，激起澳门人民极大的愤慨，纷纷走上街头，抗议当局的暴行，市内发生骚动，而澳葡当局不顾一切地镇压群众，又造成3人死亡，63人受伤，制造了“一二•三”血案。事后，澳门各界举行罢工罢市，愤怒群众将纪念曾于1849年率葡军侵略中国“有功”而竖立于市政厅前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）铜像拖倒，以表示强烈抗议。但澳葡当局无视群众的抗议行动，继续大规模镇压，在两天内又打死8人，打伤107人。12月5日，澳门中华学生联合会向澳葡当局提出5项严正要求，遭到拒绝。澳门人民的抗议行动，得到中国内地人民的支持。12月9日，广东省人民政府外事处向澳葡当局提出4项严正要求，包括接受氹仔居民的5项要求和中华学生联合会的5项要求，严惩凶手、赔偿损失、不许蒋介石特务在澳门活动等等。12月11日，《人民日报》发表了题为《严厉警告澳门葡萄牙当局》的评论员文章。1967年1月29日，澳葡当局被迫宣布无条件接受所有要求，事件遂告平息。

为确定澳门界址举行的重要谈判。1887年（清光绪十三年）的《中葡和好通商条约》订明，澳门界址未划定，要俟两国派员妥为会订，再行特立专约。1888年底，中葡政府曾举行划界谈判，未有结果。1909年（清宣统元年），中葡于香港再次会谈，中方代表为中法云南交涉使高而谦，葡方代表为葡属东非殖民地总督马沙度。葡方提出将北山岭、内港、对面山、氹仔、路环及大小横琴岛，总共326平方公里面积归属澳门的无理要求，引起广东和中国内地各界人士的强烈反对。香山、广州等地以及世界各国侨社均成立勘界维持会，怒斥澳葡侵略行径。高而谦故意拖延，会谈僵持数月。马沙度提出将澳门问题提交海牙国际法庭裁处，遭清政府拒绝。香港会谈于同年11月13日结束，后到北京会谈，均无结果。辛亥革命后葡萄牙政府多次照会中国政府要求重开划界谈判，因葡方仍持原有立场，故未重开，澳门界址也一直未被划定，悬而未决。

18世纪80年代葡萄牙王室强化对澳门直接管治权的行为。1784年（清乾隆四十九年），澳葡当局根据葡萄牙殖民大臣卡斯特罗（Martinho do Melo e Castro）的指令（即王室制诰），在澳门进行了一场“政治改革”。主要内容包括：首先是加强总督的权力，总督不仅是作为澳门的军事首领，而且可以干预当地的日常政务，否决议事局的一切提案，成为澳门的最高首长；其次是解散过去的市政卫队，组成一支由100名火枪兵和50名炮兵组成的印度兵卫队，增强澳门的警卫力量；再次是确立由总督和王家法官审计国库收支，取消议事局代营的制度。

1850年（道光三十年），葡萄牙力图仿效英国侵略者，以武力来迫使清政府承认澳门为葡萄牙的殖民地。特任海军上校官也，即库尼亚（Pedro Alexandrino da Cunha）为澳门总督，派遣巡洋舰“玛丽亚二世”（D. Maria II）号及2艘海防舰前往澳门，加强军事力量。10月29日，为了庆祝葡萄牙女王的诞辰，装饰华丽的“玛丽亚二世”号巡洋舰鸣放礼炮，意外发生爆炸，舰船炸毁沉没，炸死船长及船员191人，还炸死约40名在船上观礼的中国人。这一突发事件，使澳葡当局的殖民扩张计划和野心遭到打击。

19世纪初，海盗红旗帮在张保仔的纠合下，队伍不断扩大，已拥有600多艘帆船，8万余人。广东官兵屡次出战，常被打得大败。两广总督百龄与澳葡当局都有合作消灭海盗的意愿。1809年（清嘉庆十四年）11月23日，百龄派3名官员前往澳门，与澳葡地方长官亚利鸦架（Miguel Arriaga）会商。双方订立临时协议，决定由澳葡当局派出6艘100吨以上的武装船，在澳门至虎门一带配合中国水师围剿海盗，为期6个月；中国政府提供8万两银子作为装备澳葡舰队的经费。协议订立后，澳葡当局很快即组建一支由6艘武装船组成的澳门舰队。舰队司令阿尔科弗雷多上校乘坐的旗舰排水量达400吨，载有26门火炮，160名船员。其余5艘武装船共有150多门火炮，近600名船员。英国东印度公司澳门公司还免费为该舰队提供了大量武器和弹药。这支澳葡舰队遂成为一支战斗力相当强的海上力量。

辛亥革命期间一次较有影响的起义行动。澳门同盟会成立后，就全力以赴准备策动香山起义，新任主盟人林君复与莫纪彭、何振、郑仲超等负责策动驻在前山的新军，郑彼岸等负责策动驻在香山县城的防营、团练。驻守前山的新军约有2000余人，他们参加过1910年的广州起义，军官中很多人有革命思想，其中营长任鹤年尤为激进。澳门同盟会员利用同学关系与任鹤年等人联络，很快控制了这支军队。香山县城驻有副将马德新率领的防营，郑雨初、黄龙彰率领的团练，王作标率领的县署亲兵。经澳门同盟会员的活动，郑雨初、黄龙彰、王作标先后入会，从而使同盟会又控制了团练和县署亲兵。他们还派人联络各乡村志士和绿林，约好一起起事。起义的筹饷工作由同盟会澳门支部机关负责人林警魂担任，他从港澳商人、海外侨胞中募集了部份活动费用，其中澳门富家子弟、同盟会会员提供了相当的经费。经过周密准备，1911年11月2日，香山起义在香山县（今中山市）小榄爆发。11月5日，前山的新军与县城的团勇亲兵同时起义，并于当天光复香山县城。随后，以前山新军为主体的香山起义军改编为“香军”，进驻广州西关。不久，香军编入广东北伐军，进抵江苏前线。同时，不少澳门女同盟会员，如许剑魂、陈秉卿、梁国体、严淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也参加广东女子北伐附队，经南京一直进抵徐州前线。

1913年，孙中山领导的“讨袁之役”失败后，不少同盟会员、会党领袖避居澳门，曾任琼崖安抚使、老同盟会员、著名会党领袖黄明堂也在其中。广东都督龙济光恨黄明堂不为己用，遂拉拢澳葡当局，对其加以迫害。1914年，龙济光派遣的密探侦知黄明堂在澳门住址，即诬其为匪首，带领葡萄牙警察将其逮捕，还企图引渡回粤，加以杀害。幸孙中山及时获悉，多方设法营救，使澳葡当局未便引渡。1916年夏，黄明堂被囚禁一年多后，始获释放。