万历八年（1580年1月16日─1581年2月3日）由于耶稣会天主之母教堂是用稻草搭盖的屋顶，而当时常有华人放火烧房子，故耶稣会副省会长佩德罗•戈麦斯（Pedro Gomes）神父下令给教堂加盖瓦片，并给教堂的地面镶上木板。城市派来了许多奴隶，热火朝天地干起来，工程很快便结束了。Monumenta Historica Japoniae por SCHÜTTE, Josef Franz, S. J. , ed. lit. ; RUIZ-DE-MENDINA, Juan, S. J. in Japoniae Informationes 1549—1654/proposuit Josef Fraz Schütte S. J. , 1975, p. 386. 及Domingos Maurício Gomes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, p. 7.

万历三十一年（1603年2月11日─1604年1月30日）12月24日，新圣保禄教堂正式落成。教堂有160掌长，84掌宽。正面3座大门朝南洞开。石砌墙壁约50掌。堂身依三路伸展构成3个祭堂，即一个主堂及两个侧堂。数个祭堂沿教堂两侧排列，后部左右两翼各有一祭坛：圣灵坛与圣米格尔堂。圣堂供奉《圣母玛利亚升天图》。主堂长62掌，宽44掌，唱诗坛旁摆放两台风琴。教堂旁还建有一座钟楼，其大钟是由后来法王路易十四（Louis ⅩⅣ）赠送。1637年到澳门的英国旅行家彼特•芒迪（Peter Mundy）参观该教堂后称：“教堂屋顶是我见过最漂亮的拱形建筑。中国人巧夺天工，木制雕刻以新奇古怪的红、蓝等色彩勾画得美轮美奂。整个穹窿为若干四面体，而每个四方形之间以巨大玫瑰花和绿叶重叠相连。”教堂工程由瓦伦廷•卡瓦略神父主持，设计师为卡罗斯•斯皮诺拉（Carlos Spinola），但斯皮诺拉却未看到自己设计的成果，于1602年7月就已经赴日传教，他在澳门停留仅1年10个月。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp.15—17.Domingos Maurício Comes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, pp.14—15.梅迪纳：《澳门大三巴教堂建筑师》，载《文化杂志》第21期，1994年。

攷证于今阙禁书，烬余凭吊认僧居。故宫一样今禾黍，壁影斜阳落废墟。大三巴牌坊，为澳门有名古迹。其初本为旧日圣保禄教堂之前门石壁。在明朝末季，吾国人称圣保禄教堂为“三巴寺”。“三”者，为(San)圣字译音，“巴”者，为(Paul)保禄合并译音。又因当时澳门，另有三巴仔教堂，故以“大”字区别之。合称为“大三巴”。后来三巴遭火焚毁，只留得前门石壁，岿然屼立，有如一座牌坊，故人遂称之为“大三巴牌坊”。大三巴牌坊，具有悠久历史，其年代之邃古，建筑之瑰丽，传说之神异，皆足供后世宗教家之景仰，艺术家之赞羡，历史家之研究。所以古今图画，中西典籍，都每有记载。中国古籍中，如《香山县志》、《澳门纪略》以及一些名人笔记等，均常记述之。但惜略而不详，或记其建成之外貌，或述其毁后之残迹。而对其历史内容，成毁原因等，皆少述及。致令后人对忖测臆造，说成神秘。信徒教友，更夸称圣灵。传说谬误，甚至以讹传讹，像煞有介事者。攷其原因，所以致是者，良以当时中葡言语文字之差异，感情又猜忌隔膜，所以无从探讨纪述耳。例如葡人蒙特托朱萨士著之《澳门史(Historico de Macau)》曾载称：“当圣保禄教堂兴建时，四周围以木板，务使外人不能窥见其中建筑情况，致中国人，皆疑葡人有秘密建筑炮台情事”。又如某英文书本，尝详述圣保禄教堂被焚实情，致遭禁售。是以昔日梁哲士先生尝赋《大三巴牌坊怀古》诗云：“攷证于今阙禁书，烬余凭吊认僧居。故宫一样今禾泰，壁影斜阳落废墟。”盖亦有感而作也。吾人苟欲攷察大三巴牌坊。首先要研究圣保禄教堂之历史，盖圣保禄教堂之历史，即大三巴牌坊之历史也。吾人既因中葡语言文字之隔垓，又因猜疑禁忌所阻挠，故对其历史始末，难得其详。如中国古籍中之《香山县志》、《澳门纪略》及《帝京景物略》等，皆只作如下之简略记述：“寺为三巴，在澳东北，依山为之。高数寻，屋侧启门，制狭长。石作雕镂，金碧照耀。上如覆幔，旁绮旒瑰丽，所奉曰天母，名玛利亚，貌如少女，抱一婴儿，曰天主耶稣，衣拜缝制，自顶被体，皆采饰平画，障以琉璃，望之如塑。旁貌三十许人，左手执浑天仪，右叉指，若方论说状。须眉竖者如怒，扬者如喜。耳重轮，鼻隆准，目若瞩，口若声。上有楼，藏诸乐器。有定时台，巨钟覆其下。立飞仙台隅，为击撞形，以机转之，按时发响。僧寮百十区，蕃僧充斥其中”。又古来名人笔记中，所述亦大略如是，最著名者如龚翔麟《珠江奉使记》，其中有云：“其寺曰三巴，高十余丈。于屋侧例启门户。石作彫镂，金碧照耀。寺僧曰法王，以时集男女礼拜。其所奉曰天母，名玛利亚，抱一婴儿，曰天主耶稣。被服珍怪，障以琉璃，望之毛发生动，云汉平帝时人也。寺有风琴，其琴钢弦，弹之以和经颂。并管萧诸乐器，藏机木柜，联以丝绳，轮牙相错，一人转机，则诸音并奏，有定时台，巨钟其下，立飞仙台隅，为击撞形，亦以机转之，按时发响，起子末一声，至午初十二声。复起午末一声，至子初十二声，昼夜循环无爽。前揭圆盘，昼十二辰，俟某时钟动，则蟾蜍移筹指某位。”中国古籍中之地方志书，及名人笔记，其对圣保禄教堂之叙述，大概有如上述，都略而不详，难供历史研究佐证。兹试再将古今诗人墨客，对三巴寺有关之题咏，选录数首于下，俾资欣赏，或作史料研究如何？迹珊诗：“暂别殊方物色新，短衣长帔称文身。相逢十字街头客，尽是三巴寺里 人。箬叶编成夸皀盖，槛舆乘出比朱轮。年来吾道荒凉甚，翻羡侏儒礼拜频。”屈大均诗：“礼拜三巴寺，蕃官是法王。花襔红鬼子，宝鬘白蛮娘。鹦鹉含春思，鲸鲵吐夜光。银钱幺凤买，十字备圆方。”钟凤石诗：“插汉三巴寺，耶稣律自持，占星亦有术，重女却奚为。践土封无外，通商政不私，羁縻原勿绝，他族尔毋滋。”金采香诗：“三巴门内瑞云开，夷妇殷勤礼拜来。席地跌跏忘永日，氲氤人气绕楼台。”丘沧海诗：“天主堂高十字支，筑从新教未行时。嵌空万石玲珑甚，独少流传景教碑。”梁哲士诗：“魏峨可是鲁灵光，屹立千寻賸古坊。劫后红羊伤逝者，当年教祸属强梁。”汪慵叟诗：“乾隆全盛时，禁封唐人庙。畏怀岂无术，所贵树声教。一废不复兴，绿芜黯斜照。堂陊门犹存，雕石弥晃耀。鞾帕迎汉官，故事足凭吊。”以上各诗，都是古雅铿锵，对三巴寺之史实，感怀兴叹备至，但惜事实仍欠详尽，未足供历史参攷。现只得从西文典藉探索，史料较多。故不惴冒味，将三巴寺历史，划作三个时期，研究分述于后。即，筹建时期；建成时期；及毁后时期。

万历三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）圣保禄教堂重建奠基，由佩德罗•卡瓦略神父主持。这次重建的奠基石碑至今犹存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳门市民为童贞天主圣母所建。圣保禄教堂1602年奠基碑文，转自郭永亮：《澳门香港之早期关系》，第55页。

攷教堂与修院之第三次重建工程，大部分由贾华奴神甫(Valentim de Carvalho)主持。从一六零二年起，至一六三七年止，历时三十余载，始克竣工。其取名为“圣保禄”，盖用作纪念圣保禄，因他迺东方传教之首者。此教堂虽被称为圣保禄，但教堂内所供奉者，却是圣母无原罪，据谓，澳葡王约翰，极寄信于此神者，故立圣母。圣保禄教堂和修院，扩建完成后，其建筑之雄伟，修饬之华丽，设备之完善，皆堪称为远东教堂之冠。相传谓只前门之石壁，即大三巴牌坊，其价值为三万両银云。因此，凡东来之传教士，皆驻足于此。而东方各地之修道生，亦皆来此求学。当时之圣保禄教堂，实已成为天主教之东方总枢纽，经常与中国内地、日本、朝鲜、安南、吕宋之教会联系。闻当一六四零年，日本仇杀天主教徒时，澳门派去之传教士，及日本信徒，共有六十一人受刑而死，圣保禄教堂曾为之鸣钟致哀，凡二十天始罢。在明末清初时期，中国名诗画家吴渔山，亦尝于他五十岁时(一六八一年)，来澳加入耶稣会，在圣保禄修院学道，甚一六八八年迺升为司铎。其在澳时，曾著有《三巴集》诗稿，有澳门杂咏三十首。其中有云：“第二层楼三面听，无风海浪似雷霆，去来毕竟输鸥鸟，长保羣飞入画屏”，其自注谓：“楼房概有三层，余眠食第二层楼上。”由此看来，重建后之圣保禄修院，是一所三层高洋楼也。圣保禄修院，是一座三层大洋楼，在圣保禄教堂之左侧，与教堂相联系，位于大炮台山麓。大炮台，保名为圣保禄炮台，本来亦属耶稣会士所有。山上设有祭坛，下有隧道，可与圣保禄教堂相通。修院之前门，原在教堂之前方，即今之穷里口处，亦有石级可登。院内尽为修道生宿舍及研习室，一如今日之三巴仔修院焉。在圣保禄教堂门前之石阶上，其左右两傍，原来竖立围杆一对，与中国之衙署或祠堂庙宇门前所竖立者无异，盖中国旧日规例，要有高官显爵，才准许在门前建坚围杆，以炫耀其勋禄。圣保禄教堂亦然，因当时耶稣会之神甫，及其修院之毕业生等，多曾受到明清朝廷封官，到北京任钦天监之职。按照例规，圣保禄教堂门前，亦得竖立围杆也。所以现在仍可看到其阶前右方，尚遗留有一个石围杆夹，但其左方之一个，则毁灭久矣。耶稣会士利玛窦(Mateus Ricci)于一五八一年来到澳门，是时圣保禄教堂，尚未建筑完成。只得暂住一时，便前往北京，将西方之天文，历法，物理、数学，音乐，绘画等学术，介绍与中国。嗣后，明臣礼部尚书徐光启，采用其历法，开局任用洋人，繙绎西洋学术。因而圣保禄之教士及毕业生等，迺得承袭中国钦天监职。如明末清初之汤若望(Joannes Adam Schall von Bell)，南怀仁(Ferdinandus Verbi-est)等，计数十人，皆曾荣膺中国官职。直至圣保禄再遭焚烧毁后三年(一八三八年)，中国才停止征用保禄修院教士充当钦天监官职。攷当年天主教之来华传教者，计有四个教会，属耶稣会、多明我会、方济各会及奥斯定会。澳门之圣保禄教堂和修院，即属于耶稣会所办者。盖耶稣会士，最能了解中国人习惯，传教工作无孔不入，如利玛窦、汤若望等，改穿汉服儒冠，广交文士大夫辈，故其传教工作，得以深入内地。至于多明我会，及方济各会等，在神学上，与耶稣会各存异见，常常发生争执，互诉于罗马教廷。但罗马教廷不同意耶稣会，后来更谓其参加政治，遂被葡国政府解散。据“圣保禄”特刊(A Fachada de St. Paulo)载称：“邦波卢侯爵 (Marques de Pombal)于一七五九年一月十九日及九月三日，命令将耶稣会解散，及将其在葡属之物业财产没收。当时澳门兵头李欧尔(António Corte Real)，亦奉到葡属印度总督沙丹拿(Manvel da Saldanha)命令，暂守秘密，直至一七六二年七月五日，葡国军队抵达澳门后，始将圣保禄教堂及修院封闭。及逮捕所有耶稣会士，交与多明我会看管。常时三巴仔之同伙、赤同様受到拘留、交与方済各会看管。待至同年十一月五日，才由葡舰圣路义士号(St. Luis)载返葡国。尽囚于圣朱利亚(St.Julivs)塔内。嗣是，圣保禄修院便没归澳门议事公局掌管。至于耶稣会士之财产，则或没入国库，或分拨与主教，议事局员，及果亚之执政人等。”嗣后，圣保禄教堂，遂由主教委派其他神甫管理，曾有一个时期，作为法国之神甫修养所。当时法王路易第十四世(Louis XIV)，曾赠送一个堂皇华丽大钟，历来相沿用着。又当一七九八年时，该堂及修院，因闲置无用，遂被葡国王子骑兵团部徴作扎营所。不久该团部虽迁移到奥斯定堂去(The Covent of St. Augustine)。但至一八三一年四月十三日，经施路华神甫(Inacio da Silva)宣称，奥斯定堂已残旧不堪用矣。据传谓：“圣保禄教堂及修院，自从没收为政府产业后，将来用作驻扎军队，是最好不过者。”直到一八三五年一月二十六日。因军队在圣保禄修院厨内，存入大量柴薪，致使教堂及修院，又招来第三次之大火灾，按海外殖民局(The Maritime and Colonial Office)曽记载称：“时近黄昏，时钟正报六点，火灾便开始爆发。火势非常迅速，仅至八时一刻，整座圣保禄教堂及修院，已荡然尽毁无存矣。”又据《中西交通史》称：“所谓三巴寺，即圣保禄教堂。兴建于万历三十年(一六零二)、一八三五年一月二十六日毁于火。但其门坊、至今犹屹然独存。按起火之日为道光十四年十二月二十七日。不知与旧历过年，是否有关。”但据某英文禁本曾详纪其事，据谓：圣保禄教堂之后方，多为农民田亩。当军队驻扎该堂时，难免有逸马伤田事，故农民恨之。适岁晚该堂积薪，致得机以泄愤，效楚人一炬云云。所以梁哲士先生乃有“攷证于今阙禁书，烬余凭吊认僧居”及“当年教祸属强梁”等吟句也。攷此次大三巴火灾，是在耶稣会士被逮离开澳门后七十余年，正是军队驻扎修院作为兵营之时，于一八三五年一月二十六日(即道光十四年十二月二十七日)下午六点正，初由修院近厨房贮柴处起火。当时隆冬傍晚，猛吹东北风。因此风高物燥，一起火就烈焰冲霄，非常迅速延烧及左傍之教堂。今试研究牌坊上各窗户，其门框上左方之石阵，尚斑烂剥蚀，足证当年风挟火势，由东北方扑来者。因古时之教堂皆属木材建筑，易招火患。且救火设备简陋，故焚烧仅两个钟头，至八点十五分，就将整座巍峨大教堂付诸一炬，只賸前门残关，徒供后人凭吊耳，闻当时抢救所得，只是一些“圣人”遗骨。盖信徒视之如至宝。故将之移供于花王庙及大庙顶内，而圣方济各沙勿略之遗骨，初则暂存花王庙，后再移置三巴仔教堂内云。至于现时里巷讹传，有谓大三巴火灾是天灾节源始，与旧日澳门之一场大风灾有关，均属无据失实者。盖澳门当年之一场大风灾，妈祖阁与莲溪庙皆受摧残。庙碑皆有载明，按重修妈祖阁碑志云：“迨至同治甲戌十三年八月，忽遭风飓为灾。海水泛溢，门头既已倾跌，牌坊亦复摧残，瓦石飘零，旅杆断折”。又按重修莲溪庙碑志云：“同治甲戌之秋八月，台风陡作，沙石狂飞，庭楹为之而圯，里祀莫得而陈”。准此推计，大风灾是在同治十三年八月，即阳历一八七四年九月。而大三巴火灾是在一八三五年一月二十六日下午六点，即道光十四年十二月十七日，相差四十年。且在隆冬岁晚，安来飓风电火。足见天灾节是另一件事，不能相混。深恐以讹传讹，致失事实，故在此略作辩证。

圣保禄教堂，原乃葡国天主教之耶稣会(Jesuits)教士来澳所筑者。其初只建一小修院，不久又增设一小教堂，及后再扩大，遂成为后来之圣保禄教堂及修院，兹将从西文典籍所搜得之历史记载，详为译述于后。攷葡萄牙人之东来。其所到各地，必有天主教教士，接踵随来者。自从一五一四年，葡人初到中国之上川岛后，不久，就有耶稣会始创人，葡属果亚之天主教方济各沙勿略(Francisco Xavier)，于一五五零年来到上川岛，但谋入广州不遂，殁于岛上。迨至一五五七年，葡人入居澳门后，接着又有耶稣会教士彼利士（皮雷斯） (Francísco Peres)神甫，爹利亚(泰玛诺)(Manuel Tiexeira)神甫，及品度（平托）(Andre Pinto) 修士等三人，于一五六二年七月廿六日，来到澳门，筹划树立天主教之远东基础。此即圣保禄教堂之创办人也。据一五六三年爹利亚神甫，向葡国之耶稣会报告有云：“……盖澳中已有三百葡人，需要耶稣会建立教堂。”于此可见，当时耶稣会已立意兴建圣保禄教堂矣。至一五六五年十一月廿一日，耶稣会教士，实行在小丘山傍，用木板土石等，筑成一座栈仓型小室。此等栈仓房，葡人惯常用作创办传教基地。如在巴西及其他各处殖民地，亦都如是创立者。在一五七二年时，该室遂被扩充为研习拉丁语文，及神学等之潜修所。当时由主管人安东尼华士(António Vaz)主持，另有耶稣会神甫八人助理之。作为培养天主教传教士之远东中心基地也。自从一五七二年，耶稣会在澳门建立起该所传教基地后，大得葡国舍巴施莺葡王(D. Sebastião)之赞许，并获谕令，由麻六甲（马六甲）海关税项下，每年拨助一千元，充作该所经费。至一五七九年，葡国红衣主教殷利基(Cardial D. Henrique)承袭王位后，每年增拨一千元。该所由于得到充裕补助，逐渐改建成为一间设备稍具完善之修院矣。此项补助经费，直至葡王约翰四世(D. Joáo IV)时，即一六三九年才停止供给。一五八零年，罗明坚神甫(Miguel Ruggieri)到澳门后，更于该修院之山傍，增建一座小教堂，以为华人祀奉圣母者。现时大三巴之遗址，即圣保禄教堂之前身也。后来，教廷于一五九四年十二月，委范礼安神甫(Fr. Alexandre Valignano)到澳视察，后者奉命将该修院及小教堂，分为两部管理，并令加授法律一科。但不数年，两部又复合并为一。统由洗尼拿神甫(Manuel Dias Senior)总理之。且又加授一科艺术。嗣后，天主教徒，遂认为该修院与教堂，是一间纯粹属于圣母无原罪之神圣教堂与学府矣。该学府，后来竟扩展为一间远东闻名之圣保禄修院。由该院出身之学徒，皆具有大学程度。又因当时西方之学者，东来中国后，多聚居于此，故该院所存之图书，实为一时最完美之宝藏也。据贾典神甫(Fr.Cardim)一六四四年所著之记载有云“耶稣会于澳门高处，建此修院，经常可容六十人。其所授科学，由文法以至神学，皆有可得博士学位之程度者云。” 自从一五八零年，罗明坚神甫在澳门奠定此一间教堂联同修院，作为远东传教基地后，十余年间，设备已臻完善，而蓄积及藏书，亦渐丰富，但在一五九五年，一场火灾，将整座教堂，联同修院，完全焚毁。所有积蓄及藏书，亦难幸免。据前澳门代权官傅列打士(Guimaraés Freitas)所著之《澳门忆述》，其中曾记述该教堂修院之图书室云：“其藏书室真是神奇诡秘，传说埋藏在隧道中之密窟内，丰富珍贵，及宝藏甚多，但为火灾焚毁，损失无余。因此澳门之古典文献及纪录，所遗无几矣。” 该教堂及修院，自经过此第一次火灾后，耶稣会以传教之需要，不容缓置，故不久又复照样建回一所小型之教堂及修院。不料至一六零一年，又遭第二场火灾，只烧賸修院之一个讲堂，权作教堂用耳。按爹利亚神甫所记“……在一六零零至一六零一年间，未到日本前，此教堂和修院，实为在中日两国传教之枢纽，故修院内，设有研习神道学，拉丁文学，及艺术等三科，但已无地方供作研究圣经之用矣。当火警发生时，居民奋力汲水灌救。因人多挤拥，几连圣体也找不到出路搬走。起火时，由教堂蔓延，烈焰冲天，整座教堂尽艘，只余残壁。幸修院之讲堂无恙，火焰越过讲堂，燃烧三科研究室，无一幸免。所以事后，只得暂将焚余之讲堂，权作教堂，以待将来筹得款后，再谋重建耳。” 该教堂和修院，自遭遇第二次火灾后，本澳之葡商及市民，甚望作第三次重建。故对筹划捐款，皆甚踊跃赞助。其详情据花奴基利刺年报(Annual Report of Fr.Fernão Guerreiras，1601 — 1602)载称： “教堂既受上帝光荣之火洗礼，当时有三大火头焚烧，全澳市民，不论男女，皆来帮助灌救，事后，全市民商，齐集甲必丹前开会，讨论筹款重建办法，盖当时有一葡国商船，载货往日本销售，在归程中，半途失踪，倘该货船遭遇不测，则全澳葡商将会破产，若能平安获利归来，各商人均愿将该船货物所值百分之点五金钱，捐作重建教堂之用。果然不久之后，该失踪货船，竟由日本获得厚利归澳，因此耶稣会迺筹得不少捐款。计有三千一百三十巴度金元云云。”(每一巴度金元，约值现时港币一百元) 是次筹款重建教堂和修院，获得全市葡商热烈支持，捐得巨额金元。所以耶稣会士加意设计重建，筑成如是魁宏瑰丽之教堂，致令今人见到其遗留下来之前门石壁，即大三巴牌坊，犹惊叹赞美。当时重建教堂之图则，是由士扁奴刺神甫(Carlos Spinola)设计。约在一六零二年兴工。故今在大三巴牌坊右侧墙脚处，尚可见到当年兴工奠基时所置之石牌， 石上刻着之拉丁文(Virgin Magnae Matri Civitas Macaensis Libensposvit.an. 1602)，意即“澳门市供献与至崇之圣母，一六零二年”。 此次重建教堂，自従于一六零二年奠基后，最先在后面建成一所教堂，暂作应用。所以其始初之门面，不似现在牌坊之美丽，且是次重建工程，着重坚固精美，故费时颇久，后来得到日本教徒参加工作，始克完成。盖天主教在十六世纪时期，流传于日本长崎一带地方，当时日本人称之为“切支丹”。后来因为日本政府严禁奉教，致许多日本天主教徒，都受到迫害。尤其是在一六二二年九月十日之一次大事变后，日本之天主教徒，纷纷逃来澳门，藉国外宗教庇荫，来三巴门附近一带匿居。其中不少是建筑家及艺术家者。因此，耶稣会士认为是一好机会。利用以工代赈方法，招集此等日本教徒，来建筑教堂，及宏丽之前门石壁。且如此办法，工资廉宜，悭回不少经费，因为此次工程，历时长久，经费浩大。而前时所筹得之捐款，虽不算少，但仍感不数。故建筑方式不得不采取逐步完成办法，随时征求募款。迄至一六三七年，前门石壁之工程始告竣。斯时彼得文地神甫(Peter Mundy) 适来澳巡视，迺令将教堂与宏丽之前门联合起来，盖此种联并建筑法，颇属出于勉强者。致人今仍可从其遗迹看到。因现时牌坊之背后，尚留有旧日教堂联并时，其屋顶之砖痕，殊非出于自然建筑者。至于教堂门前之许多石级，更为后来一六四零年始添筑者。攷其初时，想仍未有建筑石级之意，故其建修院时，尚无预留建石级之位置。致令后来所建之石级，偏侧一便，不能正对前门。此等逐步添筑痕迹，至今仍斑斑可攷。