1989年2月5日，媽閣廟天后大殿重修落成。

嘉靖四十四年(1565年2月1日─1566年1月20日)本年，戈伊斯使團文書若奧•埃斯科巴爾在澳門撰寫《關於至高至強之塞巴斯蒂昂國王派往中國使節團的述評》一書，記錄了1564年廣東副總兵湯克寬曾派官員到澳門與葡萄牙人洽商一事，其中還記錄了澳門媽閣廟：“事情至此，那位官員派人對唐•若奧(D. João)說，他將登岸到廟中與其會面，將事議妥。為不耽誤時間，請他也照做。唐•若奧認為此議甚好，前往該地會面。它位於村落的端點，面對大海。”這座位於澳門“村落的端點、面對大海”的廟就是媽閣廟(Templo de A-Má)。媽閣廟始建於何時，目前尚無明確的文獻證據，但這一條史料可以證明，嘉靖四十四年(1565)前澳門即有媽閣廟。而且，廣東官府利用這一廟宇作為與葡人首領會晤的地點，亦可說明當時的媽閣廟即已具備“官廟”的性質。林旭登《葡屬印度水路志》採用1587年以前的資料描寫澳門內港景象稱：從澳門啟航，你們在東北方向可以看見一座山(對面山)上有一白色標記。東邊還有兩個山丘。在第二座山丘(鳳凰山)與山之間的那個丘陵(青洲)完全禿裸。見到它後，你們要在位於水道中央的沙梨頭的岩石及礁石之間穿行。該水道位於當地最後一批大宅附近。一到這些房子處，你們可以看到第三座山崗(媽閣山)。靠近該地岬角處稱官廟(Verella dos Mandarins)。上述山丘幾乎完全禿裸。此處水深5托。往大海方向，水半深。過了這個岬角，水面加深，可至5或6托半。按此方法航行，你們可以見到馬騮洲對面隆起的陸地。林旭登所言之官廟亦應為媽閣廟。羅理路：《澳門尋根》附錄文獻之九若奧•德•埃斯科巴爾《評述》(澳門，1565年)，第112頁。此鳳凰山當指白鴿巢山，即鳳凰山南脈之餘緒。1托等於現在的2. 2米。林旭登：《葡屬印度水路志》第43章，第113頁，轉引自金國平、吳志良：《過十字門》，第79—80頁。關於媽閣廟的創建時間，學術界爭論甚大，也甚為激烈。大體來講分四種觀點：一是媽閣廟創建於景泰三年至天順二年(1452—1458)之間，由閩商嚴啟盛創建(徐曉望、陳衍德：《澳門媽祖文化研究》，第107—111頁；石奕龍：《關於澳門媽祖信仰形成問題的辨識》，載《文化雜誌》第49期，2003年)。二是媽閣廟創建於澳門開埠前，即弘治元年(1488)說，此說源於汪兆鏞的《澳門雜詩》中《媽閣》一詩之後語：“案：媽閣廟楹額，刻弘仁殿三字，上款弘治元年，辛亥冬，余初到尚見，今已毀。”於是澳中傳統學人名宦俱以弘治為媽閣廟的創建時間，即為創建500年之說(李鵬翥：《澳門古今》，第21—23頁)。三是媽閣廟創建於明萬曆三十三年(1605)之前說，其主要依據：1. 德禮賢：《利瑪竇全集》中記錄利瑪竇到澳門後(1582年)看到的。媽閣廟”；2. 戈伊斯使團評述一文中記錄了(澳門)村落頂端，面對大海有一座廟(1564)；3. 林旭登：《葡屬印度水路志》1587年以前資料記錄澳門半島南端的岬角有一座官廟。據此可將媽閣廟有確鑿文字的歷史上限推至1564年之前(金國平、吳志良：《澳門與媽祖信仰早期在西方世界的傳播》，載《過十字門》，第77—80頁)。四是媽閣廟創建於萬曆三十三年(1605)，其主要依據是在媽閣廟“神山第一亭”的神龕背面發現有“欽差總督兩廣珠池、市舶、稅務監管鹽法太監李鳳建”字樣；與原刻在“神山第一亭"門口石橫樑上“萬曆乙巳年(1605)德字街眾商建”字相配合為主要內證，再加印光任、張汝霖的《澳門記略》卷上《形勢篇》“相傳明萬歷時，閩賈巨舶被颶殆甚，俄見神女立於山側，一舟遂安，立廟祀天妃，名其地曰娘媽角”的記錄為旁證，證明神龕與“神山第一亭”是同時建於萬曆乙巳年即三十三年(1605)，並稱兩者同時構建而組成一座最原始簡單的小廟(譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年)。新發現的王廷鈐纂輯的《香山縣下恭常都十三鄉採訪冊》上卷《澳門纂略》，第28頁亦稱：“洋船石，在澳西南。相傳明萬歷時，閩賈巨舶被颶殆甚，俄見神女立於山側，一舟遂安，立廟祀天妃，名其廟日媽祖閣。於廟前石上鐫舟形及：利涉大川，四字，以昭神異。其廟創於萬曆乙巳，崇禎己巳重修，廟柱石刻可據。石室天生，重成殿宇。”以上四說，景泰、天順間說推論多於實證，其說欲立，尚需確鑿材料證明；弘治元年說應該說是沒有史料依據者，僅憑清末民初一學者並不可靠的記錄而定該廟創建於明孝宗弘治間是不足為憑的。第三說所徵引的葡萄牙文、法文及意大利文的原始資料記載如果不存在問題的話，應該可以相信，在1605年之前，媽閣廟已經出現，其有文字的曆史上限可推至1564年。第四種說法根據石刻考古資料及清人的記錄力圖確證“神山第一亭”及“神龕”建於1605年，然陳樹榮又公佈媽閣廟石殿嵌鑲在神龕的石碑上有“四街重修”四字，上款為“萬曆乙巳歲”，下款為“仲夏吉日立”等字樣(陳樹榮：《澳門媽祖文化的形成及發展——從媽閣廟石殿神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記談起》，載《媽祖文化研究》，第35—53頁)，與大門木橫樑上“萬曆乙巳年德字街眾商建”相呼應。可證該殿並非乙巳年(1605)創建，而是重修。

媽閣共有二十四首石刻詩，作者分別是：林國垣、康健生、張道源、許敦元、西密揚阿、趙同義、趙元儒（四首）、張玉堂（兩首）、黃恩彤、潘仕成、暢瀾（兩首）、釋碧漪、陳詞博、遂昭、朱壽年、列贊雄、梁進輝、布衣，以及佚名作者一首。他們的身份包括：蒞澳的清朝官員、旅澳的騷人墨客和寓澳的僧道，也有澳門本地的名人才子。這些詩作的寫刻時間，始於清乾隆三年，終於民國年間。

媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

萬曆三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，欽差總督廣東珠池市舶稅務兼管鹽法太監李鳳與信官王權、梁宗翰等人主持，由澳門四街華商出資重建媽閣廟“神山第一亭”完成。澳門“四街”即“十字街”，這是一條縱街與一條橫街交叉而成的十字街，被明廷分別命名為“畏字街”、“威字街”、“懷字街”、“德字街”。這十字街本是諸夷建造居住。後多為華商租賃，葡人居樓上，唐人居樓下。媽閣廟神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記：“四街重修”，上款為“萬曆乙巳歲”，下款為“仲夏吉日立”，見陳樹榮：《澳門媽祖文化的形成及發展——從媽閣廟石殿神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記談起》，載《媽祖文化研究》，第35—53頁；神山第一亭大門石橫樑萬曆乙巳石刻，轉自譚世寶：《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第43頁。釋跡刪：《鹹陟堂詩集》卷13《三巴寺》稱：“相逢十字街頭客，盡是三巴寺里人。”郭棐：《（萬曆）廣東通志》卷69《外志》3《番夷》；譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年。屈大均：《廣東新語》卷2《澳門》；印光任、張汝霖：《澳門記略》卷下《澳蕃篇》稱“其賃於唐人者，皆臨街列肆”；張甄陶：《澳門圖說》（載《小方壺齋輿地叢鈔》第9帙）稱：“其樓房多空曠無居人，賃華人居之。”

萬曆二十六年（1598年2月6日─1599年1月26日）4月15日，意大利人弗蘭西斯科•卡萊蒂（Francesco Carletti）及其父安東尼奧•卡萊蒂（António Carletti）來到澳門。卡萊蒂父子是1596年3月25日離開墨西哥城，當年6月初抵達菲律賓，當時他們向西班牙總督表示要前往澳門時，遭到了對方的禁止。於是他們被迫於1597年5月從馬尼拉乘船前往日本長崎，在長崎停留至本年3月3日離開，然後抵達澳門。同船來的還有幾位葡萄牙人。16日，兩父子即被逮捕，並被關押審訊3天。這是為了嚴格執行禁止葡萄牙人和西班牙人貿易的命令，因為他們曾在菲律賓逗留。後來，卡萊蒂父子繳納了一筆保金後，始獲釋放，並規定他們遇到適當船期，須馬上前往葡屬印度。7月20日，安東尼奧•卡萊蒂因患重病逝世，埋葬在澳門主教座堂大祭台對面。弗蘭西斯科•卡萊蒂在澳門逗留了一年多時間，並將他所見到的澳門及廣州交易會記錄在他的著作《周遊世界評說》中： 澳門是一座小城，既無城牆，又無城堡，只有一些葡萄牙人的房屋。它名叫上帝聖名之城，盡管靠近中國，卻由一個葡萄牙首領統管。該首領每年由果阿派遣，攜帶葡萄牙王室的護照及國王的指令，對在那里居住的葡萄牙人執法。澳門除了主教所在的大教堂外，還有聖方濟各會、聖多明我會和聖奧斯定會的教堂與修院，但只有少數兄弟，這是因為滯留在澳門的少數葡萄牙人的每日支出全部要靠捐贈生活。此外還有耶穌會的修道士，他們擁有被稱為學院（colégio）的教堂，那里居住著許多神父和兄弟，他們中的一些人潛入中國大陸，另一些被派遣至日本。我滯留日本時曾聽說，視察員范禮安除了在澳門學院所用的錢外，每年還為維持天主教而消費8000～9000埃斯庫多（escudo）。 廣州交易會每年9月至10月出售送往印度的商品，4月至5月出售送往日本的商品。這些商品主要是生絲，每次航海可運送7萬～8萬雷阿爾（每雷阿爾相當於20盎司）。送往日本的有大量的各種織物和鉛。此外，水銀、鉛丹的數量也同樣很大，還有質量一般的麝香，另外，還有其他大量的物品，例如食料和各種陶制器皿。還往往運送黃金，黃金貿易可以獲得70%～80%的利潤，在發生戰爭時還更多。為滿足我的願望，當葡萄牙人去購買發往印度貨物的廣州（Canton）交易會（feira）或集市（mercato）的時間來臨時，我把我的現金給了代表們。從澳門市民中選出四五人，任命他們以大家的名義去購貨，以便貨物價格不出現變化。代表們乘中國人的船被送往廣州，攜帶著想花或可以動用的錢。一般是相當於250000至300000埃斯庫多的雷阿爾或來自日本及印度的銀錠。這些船名叫舲艇（lantea），舲艇是小船，類同日本的黑船（funee），以槳航行[但日本船大得多，類似我們的大帆船（galere），但更加舒適]。葡萄牙人不得離開這些船隻。只有白天允許他們上岸行走，入廣州城觀看貨物，商討價格。定價稱作“拍板”（dare la pancada）。之後，可以這一價格購買個人欲購的貨物，但在商人代表訂立合同前，任何人不得採購。入夜後，所有人返回龍頭划船上進食休眠。一邊購貨一邊根據葡人的需要將其以龍頭划船或來自印度的大舶運至澳門。值得我們注意的是，弗蘭西斯科•卡萊蒂在遊記中也提到了澳門媽祖廟：“在一重大的節日中上供上述東西時，人們在廟宇附近會餐。我在阿媽港（Amacao）曾目睹此情形。於一曠野處，在他們敬拜的廟宇處，有巨石數塊，上面鏤刻鎏金大字，這一廟宇人稱‘Ama’，故本島稱作Amacao島，意即Ama廟宇之地。該節日落在三月新月的第一日，即他們的新年。作為最重要的節日，舉國歡慶之。”弗蘭西斯科•卡萊蒂的親眼所見、親身經歷完全可以證明媽祖廟建於萬曆三十三年（1605）之前。參閱Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, 加爾西亞：《澳門與菲律賓之歷史關係》，載《澳門史新編》第2冊，第543—544頁。埃斯庫多（Escudo），葡萄牙貨幣單位，與帕塔卡（pataca）同值。 Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, pp.181—182.Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, p.205. 轉自金國平、吳志良：《過十字門》，第83頁。

除《媽祖閣五百年紀念碑記》外，餘者均以譚世寶《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》為底本，參校陳光《澳門媽閣廟歷史告澳人書》〔“陳錄”撰於民國十三年（1924年），為今見最早過錄媽閣碑文者。〕所出校記，繫於各篇末尾。為免煩瑣，凡底本不誤而“陳錄”明顯為誤者，皆不出校﹔凡古今字、異體字、通假字，皆不出校。另，錄文個別標點，今據文意重新訂正。

在早期藝術作品中的媽閣廟，即便其重點描繪對象是廟宇，亦多旁及建築物周邊的山體、林木、空地甚至水體，可以反映出媽閣廟作為一個藝術題材，所指並非單一的廟宇建築，而是一個場景或景觀——媽閣景觀。這是媽閣廟作為園林式廟宇的建築特色所在，即其建築既為廟宇，亦為園林。前者主體為山門、牌坊、石殿、弘仁殿、圓門、正覺禪林、觀音閣，後者則是山體與摩崖石刻，兩者在觀感上構成一個整體。