18世紀60年代， 葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

1611年（明萬曆三十九年），由9艘戰船組成的葡萄牙護航艦隊抵達澳門，中國官府要這支船隊照章交納船税。指揮這支艦隊的梅內澤斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）卻以這些船隻為王家兵船為由，拒絕納税，並威脅中國官吏，必要時將以武力對抗。廣東官府下令封澳，斷絕對澳門的糧食供應，引起了當地葡萄牙人對梅內澤斯的不滿，他們抓住幾個船長，強迫船長向中國官府交税。梅內澤斯等繼續抗拒，市民集結到議事亭，要議事局出面解決。最後，由議事局為艦隊代交了4870兩銀子的船税才使風波平息。

見查封阿巴羅修道院。

鴉片戰爭後，隨着中國五大口岸的對外開放，東南沿海的貿易日益活躍，而沿海各省的中國水師在鴉片戰爭中損失殆盡，失去打擊海盜的能力。海盜活動十分猖獗，對中外商船造成嚴重威脅。這種形勢給澳門的葡萄牙人創造了一種新的職業——護航，他們在澳門大量建造護航快艇，開始為中外商船護航。澳門葡人建造的雙桅快艇，船體堅固、船速很快、載重量大多為50至100噸，最大為150噸，每條船上一般配備5名葡萄牙人，10名廣東水手，安裝西式火炮4至6門，最多達20門。海盜非常畏懼這種西式船炮，所以葡萄牙人的護航很受中外商民的歡迎。有時中國官員還僱請他們剿滅海盜。短短幾年中，澳門護航業發展很快。1851年（清咸豐元年），澳門護航艇為60艘，到1855年達到了200艘。後來他們採取向出海船一概發保護證、收護航費的辦法，向中國船隻勒收巨額保護費。有巨利可獲的護航事業，在一段時期內成了澳葡的重要行業。

1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破崙•卡尼伐羅”號從澳門出洋，船上的華工因不堪虐待，奮起奪船，遭到武裝鎮壓，大批華工被槍殺。船方又縱火燒船，到烈火無法撲滅時，該船船長、船員堅持不打開囚禁華工的鐵柵，自己急忙棄船逃走，而船上數百名華工則全部被活活燒死。

澳門早年航空史上的一次空難。1948年7月16日下午6時，卡特林娜式港澳民航機“澳門小姐”號於香港啟德機場起飛後約8分鐘，4名劫匪持械脅迫機師，要將飛機開往中山縣一地降落。機師反抗，匪徒開槍，飛機失去控制，遂在香港西面九針島海面墮海沉沒。全機28人，僅一人獲救，其餘全部罹難。

1614年（明萬曆四十二年），兩廣總督張鳴崗根據海道副使俞安性的建議，為便於對居澳葡人進行管理，將澳門葡萄牙人聚居地方編街道號碼，定立門籍，逐項登記。做法是在葡人居住的大街上樹高柵，掛榜書“畏威懷德”4字。又以《尚書•旅獒》篇中“明王慎德，四夷咸賓，無有遠邇，畢獻方物，服食器用”20字，分別作為門號，分為東10號、西10號，防止奸人進入；同時還禁止葡人在居留地內私藏武器、彈藥，並由在澳門的中國官員對當地房屋進行認真搜查。

1935年11月30日，泛美航空公司開闢港澳航線。航機為四引擎“馬丁103”型水陸兩用機，命名為“菲律賓飛剪”號，後易名為“中國飛剪”號。該航線每星期僅開航一次，設有導航用的無線電台，航機時速130英里，由香港到澳門約需25分鐘。1941年太平洋戰爭爆發，該航線中斷。

一位英國人被澳葡當局囚禁的事件。1829年（清道光九年）8月，英國船長貝克（Baker）毆打多次對他妻子非禮的澳葡官員洛雷羅（Loureiro）。事發後，澳葡當局未加審判，便將貝克囚禁於大炮台。英國東印度公司特別委員會主席布樓東（Plowden）屢次與澳葡當局交涉都不能使貝克獲釋。澳葡當局還公開否認布樓東有任何官方或代表官方的資格與他們交涉。在囚禁55天後，貝克被迫交出一筆保證金才重獲自由。