1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破仑•卡尼伐罗”号从澳门出洋，船上的华工因不堪虐待，奋起夺船，遭到武装镇压，大批华工被枪杀。船方又纵火烧船，到烈火无法扑灭时，该船船长、船员坚持不打开囚禁华工的铁栅，自己急忙弃船逃走，而船上数百名华工则全部被活活烧死。

鸦片战争后，随着中国五大口岸的对外开放，东南沿海的贸易日益活跃，而沿海各省的中国水师在鸦片战争中损失殆尽，失去打击海盗的能力。海盗活动十分猖獗，对中外商船造成严重威胁。这种形势给澳门的葡萄牙人创造了一种新的职业——护航，他们在澳门大量建造护航快艇，开始为中外商船护航。澳门葡人建造的双桅快艇，船体坚固、船速很快、载重量大多为50至100吨，最大为150吨，每条船上一般配备5名葡萄牙人，10名广东水手，安装西式火炮4至6门，最多达20门。海盗非常畏惧这种西式船炮，所以葡萄牙人的护航很受中外商民的欢迎。有时中国官员还雇请他们剿灭海盗。短短几年中，澳门护航业发展很快。1851年（清咸丰元年），澳门护航艇为60艘，到1855年达到了200艘。后来他们采取向出海船一概发保护证、收护航费的办法，向中国船只勒收巨额保护费。有巨利可获的护航事业，在一段时期内成了澳葡的重要行业。

又称为查封唐人庙事件。阿巴罗修道院（Seminário do Santo Amparo）由耶稣会士通过中国信徒募捐而建成，为一个包括一教堂、一华人望教之家及两所神学院的综合体。始建于1679年（清康熙十八年），重建、扩建于1719年，专用于向中国居民传教和培养中国籍的神职人员， 故又称为“唐人庙”或“进教寺”。由于此时清政府在内地对天主教进行查禁，传教士大多被逐往澳门。因此，在澳门中国人人教的人数甚多，还有一部份内地居民专门赶到澳门入教或做礼拜。对于这种违禁活动，广东官府分别采取了一些措施，禁止中国人来澳入教。香山县令张汝霖在广东督抚的允准下，于1747年（清乾隆十二年）3月委派香山司巡检顾麟会同香山县丞顾嵩前去查封这座唐人庙。3月20日，张汝霖亲自来澳门查封了阿巴罗修道院。澳门主教伊拉利奥（Hilario de Santa Rosa）和耶稣会士试图煽动澳门议事局进行抗拒，还声称如中国政府要封闭教堂，便是“灭教”，他们宁可回国。张汝霖回答是：你们愿意遵守中国法令，则呈请封寺；不愿遵守中国法令，则可呈请回国。最后，葡萄牙人只好让步。

华人被澳葡军人杀害事件。1826（清道光六年）年初，在澳门的华人少年严亚照被葡萄牙少校法瓦乔（Favacho）杀害，其母严徐氏向香山县府指控杀人凶手。香山县府要求澳葡当局将被告送交香山县丞衙门审讯。澳葡当局讹称“凶手”是帝汶奴隶麦努埃尔，声称凶手应按葡萄牙法律判罪。严徐氏即至广州上诉，两广总督阮元派广州知府高廷瑶去澳门查处，高廷瑶多次向澳葡当局索取凶犯，仍遭拒绝，仅让中国官员在澳门狱中面讯“罪犯”。结果，中国官员确认此人因醉酒杀人，澳葡当局又坚持照葡萄牙法律处决罪犯。3月13日，在澳门绞死这名帝汶奴隶时，聚集在刑场上的居澳华人发生暴动。他们认为被处决者无罪，凶手却逍遥法外，还用砖石投掷中葡官员，捣毁法瓦乔的住宅，甚至准备冲击大炮台。澳门总督出动配备有野战炮的军队及炮船，并击毙了一名中国居民，才勉强镇住局势。居澳华人还要求中断对澳门葡人的粮食供应，因中国官府的阻挠而未能成功。

清嘉庆年间葡人欲以加租驱赶华人遭制止事件。蕉园围，与荷兰园毗连，位于澳门城以北，原不属澳葡居地。后来，一些有钱的葡萄牙人逐渐购入澳门界墙以北的土地，租借给陆续来澳的中国居民。1799年（清嘉庆四年），葡人业主万威向租居蕉园围的中国居民大量加租，欲以这种办法将华人居民赶走，遭拒绝后，万威在澳葡当局的支持下，率领黑奴用暴力拆毁蕉园围闸门，香山县令李德兴根据澳门华民的控状，要求澳葡当局予以禁止，但无效。后许乃来继任香山县令，通知澳葡当局，如不对蕉园围华人停止迫迁，重修闸门，中国官府将采取封闭关闸，停止粮食供应等。在这种压力下，蕉园围加租迫迁事件才停止下来。

特大台风灾害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕见的特大台风横扫了澳门地区。港湾内大小船只纷纷沉没，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受电击起火，火光冲天，烧毁大量的房屋。据事后统计，在这场重大劫难中，澳门约有5000人死亡，2000艘渔船、货船沉没，还有包括花王堂在内的大批建筑被摧毁，损失共达200万元。因这一年是甲戌年，史称“甲戌风灾”。后来，澳葡当局为纪念这一重大自然灾难的死难者，定9月22日为“天灾节”。

1926年11月7日由澳门港口工程主任罅些喇倡办，澳门政府主办。目的是借此推动澳门工商业的发展。展览会为期3个月，设陈列所60多个，展出澳门各种货物596种。展览会还备有各种娱乐设施，入场观众达29万人次，成为澳门工商发展史上一大盛会。

见查封阿巴罗修道院。

18世纪60年代， 葡萄牙本土在著名政治家庞巴尔（Marques Pombal）侯爵领导下进行了一场改革，其中一项很重要的措施就是取缔耶稣会。1762年（清乾隆二十七年），澳葡当局根据葡萄牙的命令，也镇压澳门的耶稣会。耶稣会拥有的一切财产，包括圣保禄教堂，都被没收，圣保禄神学院和圣约瑟修院也被封闭，学员均被驱散，圣保禄神学院图书馆在近两个世纪内大量收藏的珍贵图书，全部被贱卖。24名耶稣会士被押送里斯本，关在圣朱利安堡垒。