媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

媽祖閣名攷：澳門媽祖閣，實即天后廟也，其門顏不書“天后廟”，而題“媽祖閣”者，蓋亦有由也。溯澳門媽祖閣，原為在澳之閩潮人士所建。因閩潮人士，皆稱天后為“媽祖”，而瓊崖台灣等地，以及南洋羣島一帶之人士亦然。鄭昭之《貢使入朝中國紀行詩》註釋有云：“媽祖，閩潮土語天妃也。自鄭和修祠立碑之後，奉使漂洋者，莫不虔敬天妃。今南洋各地皆有媽祖宮，與大伯公廟同其不衰，又天妃與協天大帝，關壯繆及舟神，皆舶人所崇拜者。凡舶中來往，俱畫夜香火不絕。”於此可見媽祖宮之名，實為粵東沿海及南洋各地所奉行者也。又因閩潮人士以為若遇急難而呼“媽祖”，則靈效立應。趙翼之《陔餘叢攷》有云：“台灣往來，天妃神跡尤著。土人呼為媽祖，倘遇風浪危急，呼媽祖則披髮而來，其效立應。若呼天妃，則神必冠帔而至，恐稽時刻。媽祖云者，蓋閩人在母家之稱也。”所以澳中閩潮人士，欲得神靈，如響斯應，因此榜廟門曰“媽祖閣”。至於澳人習俗，間有不稱其為“媽祖閣”，而呼其為“娘媽廟”者。則因有人傳說：“天妃姓梁”，閩人間有稱天妃為“梁媽”。娘媽廟者梁媽廟之訛也。至於普通人士，多呼媽祖閣為“天后廟”。古書則載稱為“天妃廟”。良以神在宋朝興化間，已有“妃”稱號。至元朝之至元間，加封“天妃”。沿至清朝康熙間，晉封為“普濟天后”。惟道家則稱其為“英烈娘娘”。但未聞有稱之為“娘娘廟”者。

媽閣廟建築群的最後一座，是位於山頂的觀音閣。其始建年代未知，唯清嘉慶年間（1796－1820年），香山詩人吳啟苞遊覽媽閣廟後，撰有《遊阿媽閣觀音亭》詩。由此推測，應該不晚於嘉慶一朝，媽閣廟已有名為“觀音亭”的建築。

媽閣是遊人必到之處，其所嚮往者，蓋非廟宇建築，而是景觀：殿觀疊架的佈局、錯落有致的山林廟宇景致。與此同時，國人亦偏愛留墨於媽閣，最直接的證明，莫過於媽閣的山石題刻：摩崖、石刻題詞與石刻詩。

神舟奇蹟：媽祖閣內，天后殿前，素來供設一艘小帆船，舵長數尺，桅几三枝，錨舵齊全，蓬艙畢具，張帆繫纜，形狀精緻，梢翁篙手，眉目玲瓏，直類一龜大眼雞船模型，為中國之古式海舶。當年天后附航來澳，即乘此種帆船也。而洋船石上所刻之圖樣，故亦作如是式矣。蓋媽閣天后殿前該艘小神舟，在舊日也曾有過一番奇異事蹟。溯每當年年三月二十三日天后神誕，於誕前三天之早晨，則媽閣廟諸值事，例必焚香燃燭，親臨江邊，將此小神舟，送放落海中，任其飄流泛去。該小船雖是無人駕駛，但隨波逐浪，漸漸就不知浮到何處耳。經過兩日，事果神奇，該小船竟在天后誕前一天，必定安然飄流回媽閣岸邊，屆時諸值事又在海傍陳設香案，恭迎小神舟回廟內，如舊供奉。據說此舉，乃天后駕船往接大舅(她的哥哥)，同來共慶誕辰云。而媽閣廟值事對於此舉，從來皆如是進行，該小船未嘗有傾覆或失蹤者。惟至距今約五十年前，曾有一次該小船在海上飄浮時，被一洋船水手看見，愛其靈活精緻，背人將其撈去，至是該小船迺告遺失。而媽閣廟值事嗣後亦以外賊難防，遂罷此舉，只得依樣再做回一艘小神舟，仍供設天后殿中，聊資紀念耳。該小神舟之已往奇蹟，據現在之老於澳門者，尚有不少人曾親見其事，津津樂道之。但其何以能自然往返，及從未失蹤，今試從科學辨證之：大概自小船被放落海中後，浮泛在水面，即人或見之，但以崇信天后，故決不敢干擾及之，不慮有遺失矣。小船跟隨潮水退去，自然會隨看潮漲回來，在迷信時代之人看來，就以為神奇也。

媽閣渡頭：媽祖閣門前，原有一片空地，半泓水，幾樹榕蔭，濱海灘邊，尚有石級參差，沿磯下海，為昔日漁家上落埔頭，稱“媽閣渡頭”。古有石碑一塊，豎立岸邊，刻著“媽祖閣渡頭”數字。晨篙客泛，晚渡漁歌，雲水作鄉，本來與世無爭者。詎至明嘉靖間，葡人東來，移舶濠鏡，乃由媽閣渡頭登澳，誤以媽閣廟名作地名，而稱澳門為媽港(Macao)焉。蓋媽祖閣之弘仁殿，建於明朝弘治元年(一四八八)，葡人來澳則在明朝嘉靖三十六年(一五五七)。而在葡人來澳之前約七十年，澳門已早有媽閣廟也。所以據外文典籍，多謂(Macao)之名乃由媽閣而來。托利各爾脫著之《中國基督教傳教史(Trigault,Histoire de L’Expedition Chresti-enne au Royaume de la Chine1616)》有云：“澳門之名，起於其地有亞媽一神祠，蓋以神祠之名名其地者也。有亞媽海門之意，此祠迄今猶存。”又強克斯脫著之《中國葡萄牙殖民地略史(Ljungstedt A Historical Sketch of the Portuguese Settlement in China,1836)有云：“於一五五七年，有名‘阿媽’一荒蕪小島，被指定為彼等居住地及彼等乘船直駛其地，知其地即為澳門(Macao)。”日人藤田豐八著之《葡萄牙人佔據澳門攷》其註釋云：“西文之(Macao)因其地有天后宮，即亞媽宮，故名。”至於中國文獻中，方豪著之《中西交通史》有云：“《澳門紀略》圖上有娘媽角，殆即歐人稱(Macao)之起源也。”又陳沂著之《澳門》亦云：“葡人初入中國，寄碇澳口，是處有大廟宇，名曰媽閣，葡人誤會此廟宇名為地名，故以初到所見者以名其地，各國歷史稱中國為馬郊，其名當起於此。”云云。統上以觀，媽閣渡頭，實為葡人最初登澳之地。

天后誕辰：閩粵人士，以農曆三月二十三日為天后寶誕。澳門媽祖閣亦例於每年是日前後數天，盡量點綴，張燈結線，搭棚演戲，笙歌酒讌，備極熱鬧。而居澳之漳州、泉州、潮州等人士，則例必於事前拈鬮，分訂於三月二十二日、二十四日、二十五日三天，各自設筵備牲，蒞廟賀誕。唯二十三日則為闔澳及上述三州人士共同慶祝。是日本澳之林族西河堂，定備亭色頂馬，金豬鼓樂，巡街而至，蓋以天后為林氏女也。更有一些天后神會會友，亦皆如是，往往有十餘隻金豬隨行者。查舊日到廟賀誕之燒豬，每逾三四百隻之多云。而海上漁民，以天后為海神，故對天后誕，更為高興。當澳門漁業興盛時期，媽閣海面，帆檣千百，密泊如織。蓋漁船出海捕魚，雖至遠亦必歸來賀誕，燈籠串炮，囑目喧鬧。每當誕日午時，所有洋船汽艇，經過媽閣海面廟前，定必鳴笛致敬者，在卅年前，廟前空地，搭一大棚演戲，男女左右分座，舞台則架於海中，台前正中廣場，為羣衆免費觀劇處。所演皆為第一名班，當誕辰之清早，各大佬信必須粉墨袍笏，入廟賀誕。在殿前演“八仙賀壽”，及“加官”“送子”等劇。至廿四日，又為戲班中田寶二師寶誕，是晨例演“香花山大賀壽”，大撒金錢，觀衆爭拾，熱鬧非常。天后誕前後，常有暴風雨者，謂為接大舅。曾有一次，在光緒三十二年(一九零六)，於演畢大賀壽後，颶風猝至，海水暴漲，雖戲棚傾塌，但觀衆只濕衣裳，無一受傷者，衆皆認為天后靈聖所致，誠倖事也。後來自從葡當局在廟前建築一號碼頭後，搭大棚演戲之舉乃輟。近年只有在廟內空階，稍蓋葵篷，點演小劇團，聊申慶祝耳，神誕之熱鬧，已大異當年也。

媽閣共有二十四首石刻詩，作者分別是：林國垣、康健生、張道源、許敦元、西密揚阿、趙同義、趙元儒（四首）、張玉堂（兩首）、黃恩彤、潘仕成、暢瀾（兩首）、釋碧漪、陳詞博、遂昭、朱壽年、列贊雄、梁進輝、布衣，以及佚名作者一首。他們的身份包括：蒞澳的清朝官員、旅澳的騷人墨客和寓澳的僧道，也有澳門本地的名人才子。這些詩作的寫刻時間，始於清乾隆三年，終於民國年間。

在早期藝術作品中的媽閣廟，即便其重點描繪對象是廟宇，亦多旁及建築物周邊的山體、林木、空地甚至水體，可以反映出媽閣廟作為一個藝術題材，所指並非單一的廟宇建築，而是一個場景或景觀——媽閣景觀。這是媽閣廟作為園林式廟宇的建築特色所在，即其建築既為廟宇，亦為園林。前者主體為山門、牌坊、石殿、弘仁殿、圓門、正覺禪林、觀音閣，後者則是山體與摩崖石刻，兩者在觀感上構成一個整體。