萬曆三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，欽差總督廣東珠池市舶稅務兼管鹽法太監李鳳與信官王權、梁宗翰等人主持，由澳門四街華商出資重建媽閣廟“神山第一亭”完成。澳門“四街”即“十字街”，這是一條縱街與一條橫街交叉而成的十字街，被明廷分別命名為“畏字街”、“威字街”、“懷字街”、“德字街”。這十字街本是諸夷建造居住。後多為華商租賃，葡人居樓上，唐人居樓下。媽閣廟神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記：“四街重修”，上款為“萬曆乙巳歲”，下款為“仲夏吉日立”，見陳樹榮：《澳門媽祖文化的形成及發展——從媽閣廟石殿神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記談起》，載《媽祖文化研究》，第35—53頁；神山第一亭大門石橫樑萬曆乙巳石刻，轉自譚世寶：《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第43頁。釋跡刪：《鹹陟堂詩集》卷13《三巴寺》稱：“相逢十字街頭客，盡是三巴寺里人。”郭棐：《（萬曆）廣東通志》卷69《外志》3《番夷》；譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年。屈大均：《廣東新語》卷2《澳門》；印光任、張汝霖：《澳門記略》卷下《澳蕃篇》稱“其賃於唐人者，皆臨街列肆”；張甄陶：《澳門圖說》（載《小方壺齋輿地叢鈔》第9帙）稱：“其樓房多空曠無居人，賃華人居之。”

傳說葡萄牙人來到澳門，首先登岸的地方是媽閣廟前，澳門的葡文名字更源於媽閣廟。1844年法國海關總檢查長於勒．埃及爾（Jules Itier）在澳門拍下中國境內第一批照片中，媽閣廟是其中的拍攝對象。法國畫家博爾傑繪畫的媽閣廟油畫，更成為法國國王的藏品。究竟媽閣廟的建築有何特別？歐洲人為何對其建築有特別的迷戀？

崇禎二年（1629年1月24日─1630年2月11日）澳門華商懷、德二街坊眾集資再次重修媽閣廟之神山第一亭。譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年。

1988年2月8日，媽閣廟凌晨失火，有200多年歷史的天后大殿全部焚毀。大殿的主樑未被完全燒毀，沒有塌下。供奉在大殿正中央的木製天后娘娘神像，雖被燒焦，但沒有倒下。

1989年2月5日，媽閣廟天后大殿重修落成。