妈祖阁之创建，向无碑志记载，其古几不可攷，但据传初为海觉寺，只得半山上之一所弘仁殿，庙前山麓已是海滨，故进香出入，均由后山奚径，嗣因香火渐盛，殿小莫容，迺增建海滨入门之石殿。最后重修时，更扩筑内座之大殿。三座神殿俱祀天后，不知其递次增建者，每以为奇也。又建客堂僧舍，筑祀坛园林，自是回栏曲径，钓台围杆及观音阁等，俱备矣。弘仁殿，在妈阁半山，有纡徊小径，拾级可登，于巉巖古石间，一亭翼然，其龛虽小，原就石窟凿成，上盖飞檐，四周石壁，傍彫海魔神将，古错斑烂，中供天后，门外石楣刻“弘仁殿”三字，查迺建自明朝政攷宗弘治元年(一四八八)，殿名弘仁，盖所以纪年颂德也。按汪兆镛著《澳门杂诗》注云：“案妈阁庙楹额，刻弘仁阁三字，上款弘治元年，辛亥冬予初到尚见，今已毁。”弘仁殿门外，刻联一对云：“圣德流光，莆田福曜，神山挺秀，镜海恩波。”盖亦追莆田圣迹也。据重修妈祖阁碑志有载：“……相传自昔闽客来游，圣母化身登舟，一夜行数千里，抵澳陟岸，至建阁之地，灵光倏灭，因立庙祀焉。盖圣迹起于宋，而大显于今，发于莆田，而流光镜海，普天共戴，此地弥亲，每当雨晦阴霾，风马飘旗，蜿蜓隐约，居民梦寐见之，而饮食思之也，固已久矣，阁之重修亦屡，向无碑志……”，又碑志载：“明时，有一老妪，自闽驾舟，一夜至澳，化身于此，闽潮之人，商于澳者，为之塑像立庙于此。”云云。此事虽富神话色彩，但亦为弘仁殿之所由建也。石殿，即妈祖阁入门之一座殿宇，包括庙门及牌坊，俱是用花冈巖石筑成。神龛亦为一个天然石窟，不过稍加修凿，围以石壁石柱，加盖翠檐翠脊，装成鸟革翬飞，居然一座琳宫玉宇，极饶中国古式建筑美，门前石级之两傍，有石狮一对，雕琢极工，门首石楣刻有“妈祖阁”三字，门联云：“德周化宇，泽润生民”，入门数步，则有牌坊乙座，颜曰“南国波恬”，牌坊后即为石殿，额勒“神山第一”四字，傍联为“瑞石灵基古，新宫圣祀崇”。殿中奉祀天后，两傍石壁各有神将浮雕一幅，备极庄严也。攷石殿建于明朝神宗万历三十三年乙巳(一六零五)，为澳中闽籍商人所建，隔了不久，又是明思宗崇祯二年己巳一六二九)，经过一次大重修，亦为此帮闽商醵资，据传事缘初时，当明朝万历年间，适有一帮闽籍商人乘帆船运货来澳，航经娘妈角海面，忽遭飓风，船在危殆，闽商于呼救莫援之下，只有默祝天佑，讵忽睹山侧一位女神显灵，风浪立告平息，因闽人素来崇信天后者，故事后由闽商集资，于山侧另建此一座石殿，并于殿前巨石上，刻一帆船，及“利涉大川”四字，以资纪念。(见《澳门纪略》)。此虽属一段神话，但在当时茫无保障之航海商民，不得不寄托所崇仰之女神——天后。现在石殿之门楣上，尚刻有：“明万历乙巳年，德字街商建”。及有：“崇祯己已年，怀德二街重修”等字，盖当年澳中之德字街与怀字街，皆为闽商店铺所聚处也。大殿，即妈祖阁之正座，在石殿之左方，殿中供奉天后神像，大殿正面向海处，飞檐画壁，中开圆窗，外楣勒“万派朝宗”四字，傍联为：“春风静，秋水明，贡士波臣，知中国有圣人，伊母也力。海日红，江天碧，楼船凫艘，涉大川如平地，唯德之休。”诚一佳联也。窗前之钓台空阶，雕栏玉砌，精雅幽美，故澳门之西洋汇理银行所发行之葡国纸币，亦采其作图案焉，大殿之门傍启，侧向天阶，门楣上刻有“正觉禅林”横额，盖内进便是禅堂僧舍，为澳门三大禅院之一。大殿兴建于清朝宣宗道光八年戊子(一八二八)，初建时尚未填筑钓台雕栏者，不过梵门钟鼓，较具规模耳。并聘请名僧景曦和尚，建此道场，遂称为正觉禅林，兹将此次重修妈祖阁碑志，节录于后，俾资攷证：“……妈阁之重修亦屡，向无碑志，今复历久蠹蚀，栋宇敝坏，堂房庖湢，俱日就霉腐，又石殿前余地浅隘，胆拜杂踏，迹不能容，其由殿侧登观音阁之石径，百尺纡回，层破崎岖，攀陟喘息，拜葺修而增广垫筑焉，无以妥神灵而肃观瞻也。爰集议兴工，远近醵金协力，而感恩好义之士，复出厚勷助，敝坏霉腐者易之，隘者拓之，崎岖者曲折平之，天光水影，瑞石交辉，栋壁坚牢，美仑美奂，经始于道光戊子年仲夏，迄季冬告成，己丑复增修客堂僧舍，规模式焕，边为之翼盆，至是而朝晖夕阴，气象一新矣乎! ……”观音阁，在妈祖阁山上，由石殿傍入，有登山小径，经弘仁殿，举首仰望，一巨石悬空，书“名严”二大字，笔势雄劲。过圆门，迎面石壁上，刻“觉路”两字，沿路严石夹道，满勒诗文，皆为游客留题，其中不少古今名人墨宝，及绝妙好词者。至山腰幽谷，可俯瞰滚滚江水，一石横书“障百川”三字，再拾级而登，如百步梯然，纡回曲折，路绕羊肠，至悬崖处，即见半弯台树，一宇梵宫，有额题“观音阁”三字，中供观音大士，门傍联云：“镜海渡慈航，人登觉岸。莲山开法界，座彻禅灯”。于此树石丛杂间，莲台涌现，清景幽绝，传说此地，迺昔日海觉寺遗迹，自从道光八年重修后，始臻如是耳，阁右有镌石“说法点头”四字，阁左山后，有巨石刻“太乙”二大字，傍又有海觉石，即《澳门纪略》所称：“海觉石，在娘妈角左，壁立数十寻，有墨书海觉二字，字径逾丈”云，妈祖阁之正觉禅林，亦是根据海觉寺及海觉石之觉字而命名者也。观音阁之风景诚佳绝，名山胜迹，游客留连，古今骚人，题咏不鲜，惟以嘉庆时李遐龄之五言古诗，最为超逸，见勺园诗钞，兹录之聊供阅者一读：“晚凉动佳兴，落日澹余景，小步顺所如，忽到无人境，峭壁悬苍空，芳树接浓影，云关临水开，石室傍巖整，寂宽两佛跌，明灭一灯耿。小亭压殿角，细路纡延绠，登觉顿披豁，使我旷怀骋，仰玩摩崖书，笔力惊特挺，侧足凭危阑，远翠出西岭，烟深疏磐迟，林暗独鹤警，玉钩桂织痕，银波澄万顷。谡谡松风长，翛翛心骨冷，羣象赴双眸，众妙得欣领，曲折下禅房，室虚几榻静，老僧含古姿，接待烦仪省，悠然生道心，默对意弥永，浮世苦倥偬，细想真疣瘿，何时摆尘缰，结托事幽屏。”妈祖阁自从于道光八年戊子之一次重修后，忽忽经过数十年，栋宇日渐残旧，檐桷不免蠧朽，迨至同治十三年八月又遭遇澳门亘古未有之一次大风灾，事后正拟收拾颓垣败瓦，重整神殿，方兴未举，而飓患频来，于光绪初年，连遭摧折，遂致庙门倾堕，牌坊颓毁，闽潮人士，惄然不安。迺又立集巨资，再于光绪三年丁丑(一八七七)，更重修而光大之，筑钓台，建堂舍，嗣是瑰丽逾昔，而流传至今，光绪丁丑重修碑志云：“兹我澳门之有妈祖阁者，其来旧矣，毓秀名区，钟灵福地，英名素著，惠泽覃敷，我圣叠朝锡龙章，重膺凤诰，凡属梯山航海，悉庇帡幪，坐贾行商，均沾褆洁，即欲歌功颂德，溯本追源，正如戴天履地，而莫名其高厚者也。溯自道光戊子重修迄今，历四十余年矣，榱题业已凋残，墙垣因而朽败，幸犹不至倒塌，勉强尚可支持，迨至同治申戌十三年八月，忽遭风飓为灾，海水泛溢，头门既已倾跌，牌坊亦复摧残，瓦石飘零，旗杆断折，斯时正拟修葺，事犹未举，复于光绪乙亥元年四月，叠罹风患，以至圣殿摧颓，禅堂零落，若不亟行兴复，何以答神庥而明禋祀，爰集同人，共襄厥事，用是开捐重修神殿，采买外地，增建客堂，筑石栏于平台，砌石墙于阁上，复旗杆则规模壮丽，修祀坛而灵爽式凭，余则花园僧舍，厨灶厅堂，或创新模，或仍旧贯，靡不精详措置，广狭适宜，从乙亥而经始，迄丁亥而落成焉，今者庙貌维新，人心允协，翬飞鸟革，何殊太液琳宫；画栋雕梁，不啻琼林玉宇。将见凰阙辉煌，妥神灵而崇祀事; 螭廷焕彩，谷士女而惠羣黎，岂徒以博观瞻，正欲垂诸永久……”是亦一篇佐证之文也。正觉禅林，在妈祖阁之大殿内座，其中有禅房三五，客厅数楹，后花园则绿荫茸密，香积厨则烟袅氲氤，阶净窗明，书香画古，诚一清静地也，惟不供三宝，不祀诸佛，是其异于别寺者，只奉天后，及还有一观音阁耳，由一二僧人，打理香火，历来都如是，初由景曦开山，继传有善耕，遂昭，遐龄，济航，广因，及慧因等住持，皆能保存庙宇，钟鼓无间，良以地方广阔，僧少堂空，后利用客厅，改作课室，而增设义学焉。漳泉义学，设在妈祖阁之正觉禅林内，乃澳中闽人之漳兴堂及泉敬堂合办者，故名“漳泉”，因其为纯粹免费义学，凡澳中一切失学贫童，皆可报名投攷，只以课室无多，致学额有限，殊可惜耳。学校之一切经费，均由漳兴堂及泉敬堂两值理会支持，从未外募。攷漳兴堂及泉敬堂，皆为清朝同治年间在澳之福建人士所组织，由闽之漳州、泉州同乡，各自集资立堂，选举值事打理，以为每年之天后贺诞，永远祀典，迨至民国十七年(一九二八)，两堂之值理会同人，均以年中贺诞尚有余资，乃慨然合力兴办此漳泉免费小学，俾援助妈阁附近一带之失学儿童，不分闽粤籍贯，一概兼收，诚善举也。祀坛，设在妈祖阁之后花园傍，亦有后门可由妈阁街出入也。因祠中所祀奉之神主牌位，皆为客死异乡，或了无亲故之无主孤魂，以故各各姓氏不同，义务祀供于此者，故又称为百姓祠云。

妈阁渡头：妈祖阁门前，原有一片空地，半泓水，几树榕荫，滨海滩边，尚有石级参差，沿矶下海，为昔日渔家上落埔头，称“妈阁渡头”。古有石碑一块，竖立岸边，刻着“妈祖阁渡头”数字。晨篙客泛，晚渡渔歌，云水作乡，本来与世无争者。讵至明嘉靖间，葡人东来，移舶濠镜，乃由妈阁渡头登澳，误以妈阁庙名作地名，而称澳门为妈港(Macao)焉。盖妈祖阁之弘仁殿，建于明朝弘治元年(一四八八)，葡人来澳则在明朝嘉靖三十六年(一五五七)。而在葡人来澳之前约七十年，澳门已早有妈阁庙也。所以据外文典籍，多谓(Macao)之名乃由妈阁而来。托利各尔脱著之《中国基督教传教史(Trigault,Histoire de L’Expedition Chresti-enne au Royaume de la Chine1616)》有云：“澳门之名，起于其地有亚妈一神祠，盖以神祠之名名其地者也。有亚妈海门之意，此祠迄今犹存。”又强克斯脱著之《中国葡萄牙殖民地略史(Ljungstedt A Historical Sketch of the Portuguese Settlement in China,1836)有云：“于一五五七年，有名‘阿妈’一荒芜小岛，被指定为彼等居住地及彼等乘船直驶其地，知其地即为澳门(Macao)。”日人藤田丰八著之《葡萄牙人占据澳门攷》其注释云：“西文之(Macao)因其地有天后宫，即亚妈宫，故名。”至于中国文献中，方豪著之《中西交通史》有云：“《澳门纪略》图上有娘妈角，殆即欧人称(Macao)之起源也。”又陈沂著之《澳门》亦云：“葡人初入中国，寄碇澳口，是处有大庙宇，名曰妈阁，葡人误会此庙宇名为地名，故以初到所见者以名其地，各国历史称中国为马郊，其名当起于此。”云云。统上以观，妈阁渡头，实为葡人最初登澳之地。