同治五年（1866年2月15日─1867年2月4日）8月23日，澳門盂蘭節建醮，普濟禪院近處失火，延及院內大雄寶殿，木欄檐棟，全被焚毀，更破壞丹墀外之欄砌石獅。石頭甬道，毀壞及半。所幸大殿未遭破壞。劫後恢復，又得村民。澳賈及閩籍人士捐輸，於1868年，再次重修，得以還復當年舊貌。王文達：《澳門掌故》，第62頁。

同治七年（1868年1月25日─1869年2月10日）1月，望廈村觀音古廟值事趙允冠、沈榮煜等籌款數千元重修觀音古廟竣工。據碑誌稱，觀音古廟為“道光初年牧童所建”，故廟宇“淺狹不堪容膝”。重建後擴充許多，“中奉慈悲菩薩，左奉呂祖先師及財帛星君，右奉金花、痘母兩夫人。其殿外兩旁，分建客廳廚所”，並將堵塞於廟前的祀壇遷於廟右側。該廟之重建始於同治六年（1867）之春，告成於同治六年臘月，並由望廈人戊辰科進士吳應揚撰《重修觀音古廟碑誌》嵌於前殿。《重修觀音古廟碑誌》，載譚世寶：《金石銘刻的澳門史：明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第326—329頁。

清嘉慶二十五年（1820年2月14日─1821年2月2日）9—10月，澳門普濟禪院重修，落成後趙允菁撰《重修普濟禪院碑誌》立石。這次重修始於嘉慶二十一年（1816）冬季，至嘉慶二十三年（1818）秋季完成，至本年立碑石。這次重修普濟禪院“貲費巨萬”。內部主要是“增高而鼎新之”“殿前捍以石欄”。最重要的是修建了一條澳門城水坑尾門至普濟禪院的平整的石板路。過去，由澳門出城至關閘均由三巴門出，僅一條官道。至此，澳門出城至望廈又多了一條平整的道路。重修後的普濟禪院“瑰偉壯麗，金碧交輝，如神仙之排雲出，而金銀台為之湧現”，十分壯觀。《重修普濟禪院碑誌》，載譚世寶：《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第106—107頁。