19世纪初，海盗红旗帮在张保仔的纠合下，队伍不断扩大，已拥有600多艘帆船，8万余人。广东官兵屡次出战，常被打得大败。两广总督百龄与澳葡当局都有合作消灭海盗的意愿。1809年（清嘉庆十四年）11月23日，百龄派3名官员前往澳门，与澳葡地方长官亚利鸦架（Miguel Arriaga）会商。双方订立临时协议，决定由澳葡当局派出6艘100吨以上的武装船，在澳门至虎门一带配合中国水师围剿海盗，为期6个月；中国政府提供8万两银子作为装备澳葡舰队的经费。协议订立后，澳葡当局很快即组建一支由6艘武装船组成的澳门舰队。舰队司令阿尔科弗雷多上校乘坐的旗舰排水量达400吨，载有26门火炮，160名船员。其余5艘武装船共有150多门火炮，近600名船员。英国东印度公司澳门公司还免费为该舰队提供了大量武器和弹药。这支澳葡舰队遂成为一支战斗力相当强的海上力量。

1913年，孙中山领导的“讨袁之役”失败后，不少同盟会员、会党领袖避居澳门，曾任琼崖安抚使、老同盟会员、著名会党领袖黄明堂也在其中。广东都督龙济光恨黄明堂不为己用，遂拉拢澳葡当局，对其加以迫害。1914年，龙济光派遣的密探侦知黄明堂在澳门住址，即诬其为匪首，带领葡萄牙警察将其逮捕，还企图引渡回粤，加以杀害。幸孙中山及时获悉，多方设法营救，使澳葡当局未便引渡。1916年夏，黄明堂被囚禁一年多后，始获释放。

辛亥革命期间一次较有影响的起义行动。澳门同盟会成立后，就全力以赴准备策动香山起义，新任主盟人林君复与莫纪彭、何振、郑仲超等负责策动驻在前山的新军，郑彼岸等负责策动驻在香山县城的防营、团练。驻守前山的新军约有2000余人，他们参加过1910年的广州起义，军官中很多人有革命思想，其中营长任鹤年尤为激进。澳门同盟会员利用同学关系与任鹤年等人联络，很快控制了这支军队。香山县城驻有副将马德新率领的防营，郑雨初、黄龙彰率领的团练，王作标率领的县署亲兵。经澳门同盟会员的活动，郑雨初、黄龙彰、王作标先后入会，从而使同盟会又控制了团练和县署亲兵。他们还派人联络各乡村志士和绿林，约好一起起事。起义的筹饷工作由同盟会澳门支部机关负责人林警魂担任，他从港澳商人、海外侨胞中募集了部份活动费用，其中澳门富家子弟、同盟会会员提供了相当的经费。经过周密准备，1911年11月2日，香山起义在香山县（今中山市）小榄爆发。11月5日，前山的新军与县城的团勇亲兵同时起义，并于当天光复香山县城。随后，以前山新军为主体的香山起义军改编为“香军”，进驻广州西关。不久，香军编入广东北伐军，进抵江苏前线。同时，不少澳门女同盟会员，如许剑魂、陈秉卿、梁国体、严淑姬、梁荃芳、梁雪君等，也参加广东女子北伐附队，经南京一直进抵徐州前线。

1840年（清道光二十年）8月19日，英军对澳门地区的中国驻军发动进攻，他们进攻的目标是控制葡萄牙出入的关闸。中午，英军3艘军舰和运输船逼近莲花茎，向关闸和关闸附近的炮台猛烈开火。守卫关闸内外的军队除有近几个月内进驻的1300人外，还有临时赶来增援的督标参将波启善、署肇庆协副将多隆武、署抚标守备程步韩等率领的两标官兵及升任南澳镇总兵暂留香山协的惠昌耀指挥的水师，水陆官兵共达2000人左右。面对英军的攻击，中国驻军一齐出动。新授广东高廉道台暂驻澳门的易中孚率兵从澳门一带北进，多隆武、波启善等率兵自北山一带南进。惠昌耀的水师驶抵青洲海面，隔着莲花茎向英船开炮。双方展开激战，葡萄牙人按兵不动，以示中立。由于英军在武器技术方面明显占有优势，经过约1小时战斗，英军击毁关闸的界墙及附近的炮台，击败中国军队，参将波启善、守备陈宏光等负伤。接着，300名英印士兵登上莲花茎，占领关闸，并升起了英国国旗，还用关闸上的大炮轰击望厦等处的中国官兵。最后，他们搬走架设在关闸等处的20余门大炮，堵塞其余大炮的火门，放火烧毁中国军队的棚房，才登船撤离。关闸之役以中国军队的失败而告终。

澳葡当局镇压澳门居民事件。1966年11月，澳门氹仔居民自筹经费兴建坊众小学，因事先未向澳葡当局申请而自行架搭竹棚架，澳门市政当局派人强迫停工，当地居民不服，双方对峙。11月15日，澳葡当局出动军警殴打民众，打伤34人。氹仔居民对此表示抗议，并提出5项要求。澳门各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳门各界代表为氹仔事件赴澳督府请愿，澳葡当局派军警殴打请愿代表，致使45人受伤，激起澳门人民极大的愤慨，纷纷走上街头，抗议当局的暴行，市内发生骚动，而澳葡当局不顾一切地镇压群众，又造成3人死亡，63人受伤，制造了“一二•三”血案。事后，澳门各界举行罢工罢市，愤怒群众将纪念曾于1849年率葡军侵略中国“有功”而竖立于市政厅前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）铜像拖倒，以表示强烈抗议。但澳葡当局无视群众的抗议行动，继续大规模镇压，在两天内又打死8人，打伤107人。12月5日，澳门中华学生联合会向澳葡当局提出5项严正要求，遭到拒绝。澳门人民的抗议行动，得到中国内地人民的支持。12月9日，广东省人民政府外事处向澳葡当局提出4项严正要求，包括接受氹仔居民的5项要求和中华学生联合会的5项要求，严惩凶手、赔偿损失、不许蒋介石特务在澳门活动等等。12月11日，《人民日报》发表了题为《严厉警告澳门葡萄牙当局》的评论员文章。1967年1月29日，澳葡当局被迫宣布无条件接受所有要求，事件遂告平息。

鸦片战争后，葡萄牙政府和澳葡当局加紧对澳门地区的殖民扩张。亚马留于1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳门任总督，更加肆意践踏中国政府在澳门的主权，拒交商税和地租，关闭中国在澳门的官署和驱赶中国在澳门的官员，强行拆屋挖坟，引起了中国人民的无比愤慨。香山望厦龙田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，于1849年8月22日与郭金堂、李宝、张根、郭洪、周玉和陈发等人经过周密的计划，趁亚马留于傍晚到望厦龙田村骑马打鸟取乐之机，埋伏在距离关闸300米处，对其实施突袭，致其当场毙命。亚马留的随行副官也被砍伤，仓惶逃回澳门。沈志亮等人的英雄行动震撼了葡萄牙当局，他们立即对望厦等地居民采取报复，同时照会广东政府严惩凶手。英、美、西等国领事馆发表声明支持澳葡当局。在帝国主义列强的压力下，清政府屈膝妥协，将沈志亮杀害于前山，郭金堂发配充军，并把亚马留的残肢交还葡方。香山和澳门人民厚葬沈志亮于前山寨城西门山坡（今前山镇西门大街，山坡已毁），立碑“义士沈志亮之墓”，以志钦敬追怀。

1850年（道光三十年），葡萄牙力图仿效英国侵略者，以武力来迫使清政府承认澳门为葡萄牙的殖民地。特任海军上校官也，即库尼亚（Pedro Alexandrino da Cunha）为澳门总督，派遣巡洋舰“玛丽亚二世”（D. Maria II）号及2艘海防舰前往澳门，加强军事力量。10月29日，为了庆祝葡萄牙女王的诞辰，装饰华丽的“玛丽亚二世”号巡洋舰鸣放礼炮，意外发生爆炸，舰船炸毁沉没，炸死船长及船员191人，还炸死约40名在船上观礼的中国人。这一突发事件，使澳葡当局的殖民扩张计划和野心遭到打击。

为确定澳门界址举行的重要谈判。1887年（清光绪十三年）的《中葡和好通商条约》订明，澳门界址未划定，要俟两国派员妥为会订，再行特立专约。1888年底，中葡政府曾举行划界谈判，未有结果。1909年（清宣统元年），中葡于香港再次会谈，中方代表为中法云南交涉使高而谦，葡方代表为葡属东非殖民地总督马沙度。葡方提出将北山岭、内港、对面山、氹仔、路环及大小横琴岛，总共326平方公里面积归属澳门的无理要求，引起广东和中国内地各界人士的强烈反对。香山、广州等地以及世界各国侨社均成立勘界维持会，怒斥澳葡侵略行径。高而谦故意拖延，会谈僵持数月。马沙度提出将澳门问题提交海牙国际法庭裁处，遭清政府拒绝。香港会谈于同年11月13日结束，后到北京会谈，均无结果。辛亥革命后葡萄牙政府多次照会中国政府要求重开划界谈判，因葡方仍持原有立场，故未重开，澳门界址也一直未被划定，悬而未决。

英国人司各脱因杀人被清朝地方政府处决一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上当舵工的英国人司各脱（Francis Scott），与由他雇请来澳门工作的华人刘亚米斗殴，刘亚米被司各脱用刀砍伤致死。澳葡当局逮捕、审讯司各脱后，由于他拒不认罪，即认为他无罪，并拒绝把司各脱依法送往香山县丞衙署受审。广东当局遂关闭关闸，停止对澳门的粮食供应，澳葡当局被迫交出罪犯。中国官员对司各脱进行审讯，司各脱起初继续抵赖，后因有人出庭作证，才供认不讳。经广东大吏覆核，司各脱罪行确凿。1773年2月23日，广州知府到澳门与澳葡当局一起处死了司各脱，结束了这一场冲突。居澳的各国人士包括葡人，都进一步认清了当时葡萄牙在澳门的地位，澳门的真正长官，是驻扎澳门的香山县丞。