查善主教過身後，葡國本土醞釀仇教。1834年，政府下令驅逐所有會士離開澳門，沒收會產，主教職空缺十三年之久。1841年，教庭委任栢主教接掌澳門教務。栢主教是遣使會士，早於1802年來澳傳教，曾任聖若瑟修院院長。1845年卒於任內，任澳門主教僅四年。

黎鴻昇主教在澳門出生。於2001年3月20獲教宗若望保祿二世委任為澳門教區助理主教。同年6月2日（聖神降臨節前夕），在澳門主教座堂領受主教祝聖禮。2003年6月30林家駿主教獲准退休，按教會法典規定，由助理主教黎鴻昇接掌教區教務，成為澳門教區首牧。上任後，黎主教首先關注善用資源、培育信眾、神職人員與教友的緊密合作，繼續為人服務，並宣揚天國福音。

明德祿早於1872年來澳工作，曾任修院院長及副主教，專責統管帝汶島教務，後於1884年被委為澳門教區主教。1885年創辦育嬰院。1886年起草葡萄牙與教廷之協定。1889年嘉諾撒修女接手管理聖羅撒學校。1890年，獲政府批准，重新聘請耶穌會士來澳，掌理聖若瑟修院。1897年，在帝汶島巡視教務時逝世。

孟主教於1752年被委為澳門主教。1754年來澳履新。任內適逢葡國龐培首相仇教，政府下令驅逐耶穌會士，沒收教產，教區損失重大，主教憤然於1765年離澳回葡。1772年調任為巴西瑪利安納教區主教。1779年辭職退隱，1799年逝世於里斯本。

高主教在葡國亞速爾群島出生。1938年來澳，自幼就讀於聖若瑟修院。1949年晉鐸後，曾任修院訓導主任、教授、院長。1959年在羅馬榮獲天主教法典學士學位。1963年及1965年曾任署理主教。1973年被選為代理主教，掌管教區事務。1976年獲教宗保祿六世委任為澳門教區主教，同年3月25日，在澳門主教座堂晉牧就職。1988年榮休，回葡國亞速爾群島家鄉定居。

李斌生主教自2016年1月起擔任澳門教區主教， 李斌生主教於1956年11月10日在香港出生。1988年8月20日在西班牙晉鐸。1989年返回香港，開始他的牧靈工作。於2012年被主業團主教監督委任為東亞區區代表。同時，他仍然繼續為主業團、教區、堂區及不同團體主持每月退省講道、指導避靜、講授教理等。 2014年7月11日他被教宗方濟各委任為香港教區輔理主教。並於同年8月30日被祝聖為主教。當澳門教區主教黎鴻昇獲准請辭後，教宗方濟各於2016年1月16日委任李斌生主教為澳門教區主教。

1873年，蘇主教被委為澳門教區首牧，僅於1877年，到任視事。任內曾任修院院長，委任明德祿神父為副主教，管理帝汶島教務，並妥善安頓於1873年應邀來澳開辦社會服務之嘉諾撒會修女。1883年轉任葡國布拉干薩主教，逝於1887年。

祁主教於1772年被委為主教。1774年來澳就職。他對耶穌會士不甚友善，曾上書清帝乾隆，詆毀耶穌會士。1778年要求政府驅逐法籍傳教士離澳未遂。1780年奉召回葡述職，留葡不返。1782年辭職，1789年獲准，後逝於葡國。

從1633年起，葡西兩國因離合戰亂，關係惡劣，影響任命澳門主教，其職位空懸幾達八十年。1690年嘉主教才被委填補該職。1692年來澳履新。那時因各地已紛紛成立教區，而澳門教區實際上只負責澳門及其鄰近地區教務。嘉主教蒞任後，於1698年設立紅衣會，擔任“教區參議會”之職務。1735卒於澳門，在位四十五年，葬於主教座堂。