特大台风灾害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕见的特大台风横扫了澳门地区。港湾内大小船只纷纷沉没，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受电击起火，火光冲天，烧毁大量的房屋。据事后统计，在这场重大劫难中，澳门约有5000人死亡，2000艘渔船、货船沉没，还有包括花王堂在内的大批建筑被摧毁，损失共达200万元。因这一年是甲戌年，史称“甲戌风灾”。后来，澳葡当局为纪念这一重大自然灾难的死难者，定9月22日为“天灾节”。

鸦片战争后，随着中国五大口岸的对外开放，东南沿海的贸易日益活跃，而沿海各省的中国水师在鸦片战争中损失殆尽，失去打击海盗的能力。海盗活动十分猖獗，对中外商船造成严重威胁。这种形势给澳门的葡萄牙人创造了一种新的职业——护航，他们在澳门大量建造护航快艇，开始为中外商船护航。澳门葡人建造的双桅快艇，船体坚固、船速很快、载重量大多为50至100吨，最大为150吨，每条船上一般配备5名葡萄牙人，10名广东水手，安装西式火炮4至6门，最多达20门。海盗非常畏惧这种西式船炮，所以葡萄牙人的护航很受中外商民的欢迎。有时中国官员还雇请他们剿灭海盗。短短几年中，澳门护航业发展很快。1851年（清咸丰元年），澳门护航艇为60艘，到1855年达到了200艘。后来他们采取向出海船一概发保护证、收护航费的办法，向中国船只勒收巨额保护费。有巨利可获的护航事业，在一段时期内成了澳葡的重要行业。

澳门历史上一次重要的工人运动。1922年5月28日澳葡士兵调戏一名中国妇女，引起民愤，葡警扣押抗议的周苏等3人。29日近万名中国工人和民众聚集警察局，要求释放被捕工人。葡警开枪打死70多人，伤100多人，造成血案。翌日澳门华商学会、联合总工会、中华教育会等联合发起罢市、罢工、罢课行动。澳葡当局宣布戒严，解散工会团体。华人大批离澳返粤。全国纷纷声援，广东国民外交后援会等力主收回澳门，呈请广东国民政府、北洋政府进行外交交涉和军事干预。11月澳葡政府开始与工人代表对话，答应发放抚恤费、恢复已被解散的工会、取消乱党名目等条件，工潮渐告平息。

华人被澳葡军人杀害事件。1826（清道光六年）年初，在澳门的华人少年严亚照被葡萄牙少校法瓦乔（Favacho）杀害，其母严徐氏向香山县府指控杀人凶手。香山县府要求澳葡当局将被告送交香山县丞衙门审讯。澳葡当局讹称“凶手”是帝汶奴隶麦努埃尔，声称凶手应按葡萄牙法律判罪。严徐氏即至广州上诉，两广总督阮元派广州知府高廷瑶去澳门查处，高廷瑶多次向澳葡当局索取凶犯，仍遭拒绝，仅让中国官员在澳门狱中面讯“罪犯”。结果，中国官员确认此人因醉酒杀人，澳葡当局又坚持照葡萄牙法律处决罪犯。3月13日，在澳门绞死这名帝汶奴隶时，聚集在刑场上的居澳华人发生暴动。他们认为被处决者无罪，凶手却逍遥法外，还用砖石投掷中葡官员，捣毁法瓦乔的住宅，甚至准备冲击大炮台。澳门总督出动配备有野战炮的军队及炮船，并击毙了一名中国居民，才勉强镇住局势。居澳华人还要求中断对澳门葡人的粮食供应，因中国官府的阻挠而未能成功。

一位英国人被澳葡当局囚禁的事件。1829年（清道光九年）8月，英国船长贝克（Baker）殴打多次对他妻子非礼的澳葡官员洛雷罗（Loureiro）。事发后，澳葡当局未加审判，便将贝克囚禁于大炮台。英国东印度公司特别委员会主席布楼东（Plowden）屡次与澳葡当局交涉都不能使贝克获释。澳葡当局还公开否认布楼东有任何官方或代表官方的资格与他们交涉。在囚禁55天后，贝克被迫交出一笔保证金才重获自由。

18世纪60年代， 葡萄牙本土在著名政治家庞巴尔（Marques Pombal）侯爵领导下进行了一场改革，其中一项很重要的措施就是取缔耶稣会。1762年（清乾隆二十七年），澳葡当局根据葡萄牙的命令，也镇压澳门的耶稣会。耶稣会拥有的一切财产，包括圣保禄教堂，都被没收，圣保禄神学院和圣约瑟修院也被封闭，学员均被驱散，圣保禄神学院图书馆在近两个世纪内大量收藏的珍贵图书，全部被贱卖。24名耶稣会士被押送里斯本，关在圣朱利安堡垒。

1611年（明万历三十九年），由9艘战船组成的葡萄牙护航舰队抵达澳门，中国官府要这支船队照章交纳船税。指挥这支舰队的梅内泽斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）却以这些船只为王家兵船为由，拒绝纳税，并威胁中国官吏，必要时将以武力对抗。广东官府下令封澳，断绝对澳门的粮食供应，引起了当地葡萄牙人对梅内泽斯的不满，他们抓住几个船长，强迫船长向中国官府交税。梅内泽斯等继续抗拒，市民集结到议事亭，要议事局出面解决。最后，由议事局为舰队代交了4870两银子的船税才使风波平息。

1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破仑•卡尼伐罗”号从澳门出洋，船上的华工因不堪虐待，奋起夺船，遭到武装镇压，大批华工被枪杀。船方又纵火烧船，到烈火无法扑灭时，该船船长、船员坚持不打开囚禁华工的铁栅，自己急忙弃船逃走，而船上数百名华工则全部被活活烧死。

清嘉庆年间葡人欲以加租驱赶华人遭制止事件。蕉园围，与荷兰园毗连，位于澳门城以北，原不属澳葡居地。后来，一些有钱的葡萄牙人逐渐购入澳门界墙以北的土地，租借给陆续来澳的中国居民。1799年（清嘉庆四年），葡人业主万威向租居蕉园围的中国居民大量加租，欲以这种办法将华人居民赶走，遭拒绝后，万威在澳葡当局的支持下，率领黑奴用暴力拆毁蕉园围闸门，香山县令李德兴根据澳门华民的控状，要求澳葡当局予以禁止，但无效。后许乃来继任香山县令，通知澳葡当局，如不对蕉园围华人停止迫迁，重修闸门，中国官府将采取封闭关闸，停止粮食供应等。在这种压力下，蕉园围加租迫迁事件才停止下来。