萬曆四十四年（1616年2月17日─1617年2月5日）8月31日，澳門地方兵頭兼王室大法官羅伯斯•卡拉斯科（Francisco Lopes Carrasco）抵澳。羅伯斯•卡拉斯科抵任後，議事會與兵頭之間的矛盾更趨明顯，不僅中日巡航首領不承認他，居澳葡人也不願聽他的指揮。“戰督”一職形同虛設，葡印總督欲借此重建澳門內部權利制衡關係的企圖並未得以實現。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第33頁。

崇禎八年（1635年2月17日─1636年2月6日）被遣送到東京教區的克利斯托旺•桑托斯神父在那里呆了幾個月後，又返回澳門。澳門法官曼塞爾•拉莫斯（Mancer Ramos）致函澳督卡瑪拉•羅郎也，要求將克利斯托旺•桑托斯神父遣送去東京，因為日本當局決不會容忍這種玩弄他們的手段。文德泉：《澳門的日本人》，載《文化雜誌》第17期，1993年。

天啟五年（1625年2月7日─1626年1月27日）2月21日，兩廣總督何士晉命嶺西道蔡善繼向澳門葡人議事會傳達總督手諭：拆毀混合土牆、碉堡和架設大炮的炮台。王室貴族出身的弗蘭西斯科•馬士加路也拒不從命，而且準備武力對抗。何士晉與蔡善繼商議後，採取了“首絕接濟，以扼夷之咽喉，既摯攬頭，以牽夷之心腹；官兵密佈，四面重圍；嚴拿奸黨，招回亡命”等一系列措施，還派出間諜，利用葡萄牙居民與弗蘭西斯科•馬士加路也的矛盾，加劇他們之間的內訌。由於關閘的官員停止了對澳門的糧食和木材供應，澳門立即處於饑寒交迫的絕望狀態。據稱黑市出售的食物，價格比平時上漲了三倍。至此，弗蘭西斯科•馬士加路也為了不做餓殍，只好派人去叩關閘，表示願拆毀城台。3月31日，澳門市民開始進行拆除城牆的工作。城牆的拆除顯然是不利於當時澳門對荷蘭的防禦，為了緩解矛盾，澳門議事會遂派陸若漢神父等6名長者赴廣東面見兩廣總督何士晉。陸若漢是堅決反對拆除城牆的，何士晉則趁機提出將澳門的地租銀由過去的500兩猛增至1萬兩。葡文檔案稱：“因此，該國（明朝）將提高稅收。通常支付的稅額是1. 4萬兩至3. 2萬兩，某年份是2. 2萬兩，外加地租l萬兩，共計3. 2萬兩，合印度貨幣7萬色勒芬。澳城無論如何也無法支付這個數額。”澳督弗蘭西斯科•馬士加路也不同意支付1萬兩地租，並致函巡視員老駱入祿，以後的談判不要讓陸若漢參加。老駱入祿堅持派陸若漢神父，再次談判時，陸若漢同意支付上述地租，並私下贈送何士晉白銀3. 6萬兩。兩廣總督何士晉為了感謝他，當眾給陸若漢穿上華式服裝，並佩戴獎章。故在6月時，何士晉又給澳門葡人網開一面，稱：“今內奸絕濟，外夷畏服，願自毀其城，出留濱海一面以禦紅夷。”博卡羅則稱：只剩下沿海邊和西邊的一些城牆。可知，當時的拆城只是拆除了北部及東部的一部分城垣，而業已建成的大三巴炮台基本上沒有拆，這應是耶穌會重金賄賂的結果。而當時承諾的1萬兩地租銀，後因何士晉“嚇受攬頭澳夷計贓不下三四十萬。又虛張免加派之美名，實借抽稅以謀利，至神棍縱橫，民不聊生。洶洶之狀，幾成大變”[10]，因此被彈劾革職，故收1萬兩之事亦未實行。葡文資料則稱：“華人送來了一份札諭，說他們的國王不要這份地租。”[11]埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。《明清史料》乙編第7本《澳夷築牆殘稿》，第614頁。マィケルクーパー著，松本たま訳：《通辭口ドリゲス》第16章，第310頁。マィケルクーパー著，松本たま訳：《通辭口ドリゲス》第16章，第312頁。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。《明熹宗實錄》卷58，天啟五年四月丙戌。博卡羅：《要塞圖冊》，載《16和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第223頁。[10]《明熹宗實錄》卷77，天啟六年十月庚申。[11]埃武拉公共圖書館及區檔案館第Cód CXV I/2—5鈔件。

崇禎九年（1636年2月7日─1637年1月25日）4月，澳督卡瑪拉•羅郎也卸任，前往果阿任葡印總督書記官。29日，新任澳督多明戈斯•羅郎也（Domingos da Câmara de Noronha）從果阿啟程來澳。並於8月抵達。多明戈斯•羅郎也出任澳督兩年多時間，澳門政局一度穩定。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第43頁；費成康：《澳門四百年》，第121頁。

崇禎十六年（1643年2月19日─1644年2月7日）11月25日，澳督施羅保與王室大法官劉易斯•菲格雷多（Luís Pinto de Figueiredo）共同簽署敕令，讚揚步兵司令、澳門土生葡人托瑪斯•維耶拉不用任何費用，組織了150名士兵守衛嘉思欄炮台。托瑪斯•維耶拉曾任中國及日本巡航首領，曾指揮1627年澳門對荷蘭的海戰，擊沉荷蘭指揮艦1艘。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第50頁。

崇禎三年（1630年2月12日─1631年1月31日）7月20日，澳督熱羅尼莫•施維拉向議事會建議由其兄弟貢薩洛•施維拉接替他的職務，此建議獲得一致通過。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第38頁。

崇禎四年（1631年2月1日─1632年2月19日）12月，澳門總督貢薩洛•施維拉帶領6艘滿載貨物的葡船前往印度，其中5艘被荷蘭船隊在新加坡海峽（Singapore Strait）截獲，儘管他所在的第6艘船逃脫，但該船很快失事，他本人也下落不明。丟失的金條和其他商品大約價值100萬色勒芬。C. R. Boxer, Fidalgos in the Far East（1550—1770）, p. 107.

天啟四年（1624年2月19日─1625年2月6日）本年，澳督弗蘭西斯科•馬士加路也加緊建設大三巴炮台。先是，在弗蘭西斯科•馬士加路也抵澳履新之時，澳門的城牆建設已大體完成，故新澳督到任後，他以更快的速度完成澳門軍事防禦體系，一是將沒有合攏的城牆合攏，二是加緊建設各制高點的炮台，其中最重要的就是大三巴炮台。大三巴炮台規模巨大，四周是高牆，牆上環架數十門大炮，中間是空地，還附有一條與大炮台相通的夾牆。他還準備在中間空地建宮殿與塔樓，並將自己的澳督府設於其中。建設費用達20萬兩白銀，在葡荷交戰前，澳門修建防禦工事之事，明朝政府已經表示默許，基本不進行干涉。而弗蘭西斯科•馬士加路也如此大規模地“擅自興作”軍事堡壘，廣東政府再也不能容忍，遂傳令澳門摧毀城牆。據荷蘭資料，在澳門修建城牆的過程中，明朝軍隊與澳門葡人曾發生衝突，後通過和談，葡萄牙人將在內陸新造的炮台拆除，並且每年都要繳納關稅3.8萬雷阿爾。《明清史料》乙編第7本《澳夷築牆殘稿》，第614頁；BPE-Mss CV/2—1. Fol. 751載：這一巨大工程耗資約為100萬克魯紮多，完全由澳門本地男女承擔，轉自萊薩：《澳門人口：一個混合社會的起源和發展》，載《文化雜誌》第20期，1994年。江樹生譯：《荷蘭台灣長官致巴達維亞總督書信集：1622—1626》第1冊1625年10月29日《德•韋特寄總督卡本提耳函》，第200頁。

崇禎元年（1628年2月5日─1629年1月23日）12月1日，葡印總督任命葡萄牙軍官熱羅尼莫•施維拉（Dom Jerónimo Gonçalo de Silveira）擔任澳門總督。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第38頁。