鸦片战争后，随着中国五大口岸的对外开放，东南沿海的贸易日益活跃，而沿海各省的中国水师在鸦片战争中损失殆尽，失去打击海盗的能力。海盗活动十分猖獗，对中外商船造成严重威胁。这种形势给澳门的葡萄牙人创造了一种新的职业——护航，他们在澳门大量建造护航快艇，开始为中外商船护航。澳门葡人建造的双桅快艇，船体坚固、船速很快、载重量大多为50至100吨，最大为150吨，每条船上一般配备5名葡萄牙人，10名广东水手，安装西式火炮4至6门，最多达20门。海盗非常畏惧这种西式船炮，所以葡萄牙人的护航很受中外商民的欢迎。有时中国官员还雇请他们剿灭海盗。短短几年中，澳门护航业发展很快。1851年（清咸丰元年），澳门护航艇为60艘，到1855年达到了200艘。后来他们采取向出海船一概发保护证、收护航费的办法，向中国船只勒收巨额保护费。有巨利可获的护航事业，在一段时期内成了澳葡的重要行业。

1935年11月30日，泛美航空公司开辟港澳航线。航机为四引擎“马丁103”型水陆两用机，命名为“菲律宾飞剪”号，后易名为“中国飞剪”号。该航线每星期仅开航一次，设有导航用的无线电台，航机时速130英里，由香港到澳门约需25分钟。1941年太平洋战争爆发，该航线中断。

1926年11月7日由澳门港口工程主任罅些喇倡办，澳门政府主办。目的是借此推动澳门工商业的发展。展览会为期3个月，设陈列所60多个，展出澳门各种货物596种。展览会还备有各种娱乐设施，入场观众达29万人次，成为澳门工商发展史上一大盛会。

澳门早年航空史上的一次空难。1948年7月16日下午6时，卡特林娜式港澳民航机“澳门小姐”号于香港启德机场起飞后约8分钟，4名劫匪持械胁迫机师，要将飞机开往中山县一地降落。机师反抗，匪徒开枪，飞机失去控制，遂在香港西面九针岛海面堕海沉没。全机28人，仅一人获救，其余全部罹难。

1611年（明万历三十九年），由9艘战船组成的葡萄牙护航舰队抵达澳门，中国官府要这支船队照章交纳船税。指挥这支舰队的梅内泽斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）却以这些船只为王家兵船为由，拒绝纳税，并威胁中国官吏，必要时将以武力对抗。广东官府下令封澳，断绝对澳门的粮食供应，引起了当地葡萄牙人对梅内泽斯的不满，他们抓住几个船长，强迫船长向中国官府交税。梅内泽斯等继续抗拒，市民集结到议事亭，要议事局出面解决。最后，由议事局为舰队代交了4870两银子的船税才使风波平息。

华人被澳葡军人杀害事件。1826（清道光六年）年初，在澳门的华人少年严亚照被葡萄牙少校法瓦乔（Favacho）杀害，其母严徐氏向香山县府指控杀人凶手。香山县府要求澳葡当局将被告送交香山县丞衙门审讯。澳葡当局讹称“凶手”是帝汶奴隶麦努埃尔，声称凶手应按葡萄牙法律判罪。严徐氏即至广州上诉，两广总督阮元派广州知府高廷瑶去澳门查处，高廷瑶多次向澳葡当局索取凶犯，仍遭拒绝，仅让中国官员在澳门狱中面讯“罪犯”。结果，中国官员确认此人因醉酒杀人，澳葡当局又坚持照葡萄牙法律处决罪犯。3月13日，在澳门绞死这名帝汶奴隶时，聚集在刑场上的居澳华人发生暴动。他们认为被处决者无罪，凶手却逍遥法外，还用砖石投掷中葡官员，捣毁法瓦乔的住宅，甚至准备冲击大炮台。澳门总督出动配备有野战炮的军队及炮船，并击毙了一名中国居民，才勉强镇住局势。居澳华人还要求中断对澳门葡人的粮食供应，因中国官府的阻挠而未能成功。

1866年（清同治五年）3月，苦力船“拿破仑•卡尼伐罗”号从澳门出洋，船上的华工因不堪虐待，奋起夺船，遭到武装镇压，大批华工被枪杀。船方又纵火烧船，到烈火无法扑灭时，该船船长、船员坚持不打开囚禁华工的铁栅，自己急忙弃船逃走，而船上数百名华工则全部被活活烧死。

特大台风灾害，1874年（清同治十三年）9月22日夜，一次罕见的特大台风横扫了澳门地区。港湾内大小船只纷纷沉没，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受电击起火，火光冲天，烧毁大量的房屋。据事后统计，在这场重大劫难中，澳门约有5000人死亡，2000艘渔船、货船沉没，还有包括花王堂在内的大批建筑被摧毁，损失共达200万元。因这一年是甲戌年，史称“甲戌风灾”。后来，澳葡当局为纪念这一重大自然灾难的死难者，定9月22日为“天灾节”。

18世纪60年代， 葡萄牙本土在著名政治家庞巴尔（Marques Pombal）侯爵领导下进行了一场改革，其中一项很重要的措施就是取缔耶稣会。1762年（清乾隆二十七年），澳葡当局根据葡萄牙的命令，也镇压澳门的耶稣会。耶稣会拥有的一切财产，包括圣保禄教堂，都被没收，圣保禄神学院和圣约瑟修院也被封闭，学员均被驱散，圣保禄神学院图书馆在近两个世纪内大量收藏的珍贵图书，全部被贱卖。24名耶稣会士被押送里斯本，关在圣朱利安堡垒。