崇祯二年（1629年1月24日─1630年2月11日）澳门华商怀、德二街坊众集资再次重修妈阁庙之神山第一亭。谭世宝：《澳门妈阁庙的历史考古研究新发现》，载《文化杂志》第29期，1996年。

迨至清朝道光癸卯二十三年(一八四三)，又有两位副将西密扬阿及张玉堂来游妈阁，曾留下不少诗文字迹，为摩崖众诗之表表者。盖二人虽属武员，但对诗书画皆精，且均能用指头作书画，西密扬阿曾步张道源韵，题诗一首于崖上，诗云：“莲峰浮远岛，庙貌仰云亭，万顷凌霄际，千艘仗赫灵，海流天地外，神护汐潮青。万国朝宗日，馨香极冥冥”。张玉堂亦和诗一首云：“鱼龙朝阙处，胜地着声灵。玉树遍巖翠，莲峰浮海青。苔侵三径石，竹绕半山亭，更上层峦望，烟波人杳冥”，此诗迺用指头所书者，书法劲秀异常。诚难得之墨宝也。另又赋七言律诗一首云：“何须仙岛觅蓬莱，海觉天然古刹开。奇石欲浮濠镜去，善云常拥鲎帆来。莲花涌座承甘露，榕树蟠崖荫玉台。谁向名山留妙笔，淋漓泼墨破苍苔。”并书“海镜”二字，字大数尺，笔势雄厚，刻于妈祖阁山傍。面对海平如镜，故后人称澳门为“海镜”。及至咸丰八年戊午(一八五八)，张玉堂又再来游，再书“名巖”两字，字径及寻，勒于弘仁殿之巨石上。游人睹此，皆交誉之。为妈祖阁点缀，生色不少也。张玉堂，字翰生，号应麟，广东归善县(即今惠阳)人，出身行伍，官至副将，曾任顺德协龙鉴都司。能书工诗，妙擅兰竹。见李子黼柳堂师友诗录。西密扬阿，满洲正红旗人，姓觉罗氏，字文晖。官至杭州副将，工指头画，山水苍浑有气势，杂卉尤佳。-二人来澳之日，在道光癸卯(一八四三)。正当鸦片战争之后，各帝国主义国家，虎视眈眈，想分一杯羹之时。而两位武员，守土有责，当是为著捍卫沿海，顺道来游者也。

万历三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，钦差总督广东珠池市舶税务兼管盐法太监李凤与信官王权、梁宗翰等人主持，由澳门四街华商出资重建妈阁庙“神山第一亭”完成。澳门“四街”即“十字街”，这是一条纵街与一条横街交叉而成的十字街，被明廷分别命名为“畏字街”、“威字街”、“怀字街”、“德字街”。这十字街本是诸夷建造居住。后多为华商租赁，葡人居楼上，唐人居楼下。妈阁庙神龛“万历乙巳四街重修”碑记：“四街重修”，上款为“万历乙巳岁”，下款为“仲夏吉日立”，见陈树荣：《澳门妈祖文化的形成及发展——从妈阁庙石殿神龛“万历乙巳四街重修”碑记谈起》，载《妈祖文化研究》，第35—53页；神山第一亭大门石横梁万历乙巳石刻，转自谭世宝：《金石铭刻的澳门史——明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第43页。释迹删：《咸陟堂诗集》卷13《三巴寺》称：“相逢十字街头客，尽是三巴寺里人。”郭棐：《（万历）广东通志》卷69《外志》3《番夷》；谭世宝：《澳门妈阁庙的历史考古研究新发现》，载《文化杂志》第29期，1996年。屈大均：《广东新语》卷2《澳门》；印光任、张汝霖：《澳门记略》卷下《澳蕃篇》称“其赁于唐人者，皆临街列肆”；张甄陶：《澳门图说》（载《小方壶斋舆地丛钞》第9帙）称：“其楼房多空旷无居人，赁华人居之。”

天后诞辰：闽粤人士，以农历三月二十三日为天后宝诞。澳门妈祖阁亦例于每年是日前后数天，尽量点缀，张灯结线，搭棚演戏，笙歌酒讌，备极热闹。而居澳之漳州、泉州、潮州等人士，则例必于事前拈阄，分订于三月二十二日、二十四日、二十五日三天，各自设筵备牲，莅庙贺诞。唯二十三日则为阖澳及上述三州人士共同庆祝。是日本澳之林族西河堂，定备亭色顶马，金猪鼓乐，巡街而至，盖以天后为林氏女也。更有一些天后神会会友，亦皆如是，往往有十余只金猪随行者。查旧日到庙贺诞之烧猪，每逾三四百只之多云。而海上渔民，以天后为海神，故对天后诞，更为高兴。当澳门渔业兴盛时期，妈阁海面，帆樯千百，密泊如织。盖渔船出海捕鱼，虽至远亦必归来贺诞，灯笼串炮，嘱目喧闹。每当诞日午时，所有洋船汽艇，经过妈阁海面庙前，定必鸣笛致敬者，在卅年前，庙前空地，搭一大棚演戏，男女左右分座，舞台则架于海中，台前正中广场，为羣众免费观剧处。所演皆为第一名班，当诞辰之清早，各大佬信必须粉墨袍笏，入庙贺诞。在殿前演“八仙贺寿”，及“加官”“送子”等剧。至廿四日，又为戏班中田宝二师宝诞，是晨例演“香花山大贺寿”，大撒金钱，观众争拾，热闹非常。天后诞前后，常有暴风雨者，谓为接大舅。曾有一次，在光绪三十二年(一九零六)，于演毕大贺寿后，飓风猝至，海水暴涨，虽戏棚倾塌，但观众只湿衣裳，无一受伤者，众皆认为天后灵圣所致，诚幸事也。后来自从葡当局在庙前建筑一号码头后，搭大棚演戏之举乃辍。近年只有在庙内空阶，稍盖葵篷，点演小剧团，聊申庆祝耳，神诞之热闹，已大异当年也。

虾蟆石：虾膜石原在妈祖阁傍对开之海坦中。澳门纪略尝称其为澳门三奇石之一，其记载云：“一虾蟆石，其形圆，其色青润，每风雨当夕，海潮初上，则阁阁连声。”盖因该石，状如蟾蜍，其中稍存空隙，故潮来撞击，便阁阁作响，有如蛙鸣，人遂以为奇耳。迄至清朝同治七年(一八六八)，澳门当局填筑下环海坦时，此虾蟆石乃被湮没，故今已无踪迹矣。清时香山翠薇乡名儒吴亮珽，曾有题句云：“临流莫问蟾蜍石，剩有渔歌晚渡喧。”盖感此而作也。石狮作崇：妈祖阁门前，有巨石狮乙对。雌雄各一，左右分立。雕刻精美，形态活跃，明朝万历三十三年(一六零五)，增建石殿时所置，为三百余年前古物。因昔日国人迷信，每谓陶犬瓦鸡，尚若积年累月，感受日月精华，辄能成精作魅，殊谎诞无稽者。而一般村姑野叟，就每好捏造神话，以为瓜棚荳下，茶余酒后谈资。据说，清朝末季，妈祖阁对海之湾仔银坑一带农田，忽传每当午夜更深，常出现一只庞然怪兽，偷食禾稻，伤害庄稼，至天将破晓，始跨海跃返澳门。后来经过堪舆家认定，此乃澳门妈祖阁门前之石狮作崇。即雇匠将石狮双目凿盲，其怪遂辍云。似此无稽之谈，曾传遍一时，实在不足信者。究其捏造事由，当必因为湾仔乡民，旧日多属迷信风水，良以妈祖阁门前石狮，张牙舞爪，向正湾仔银坑，为禁煞计，借此谣言，借故破坏耳。但可惜妈阁门前好好一对精工雕刻之石狮子，致遭迷信风水损害也!

妈阁多奇石 古木蟠其巅标题弘仁字 当在朱明前海镜妈祖阁，在澳门西南隅，又名正觉禅林，旧时原是海觉寺，俗呼天后庙，或简称曰妈阁，负山面海，凭崖建庙，巨川澎湃临其前，古木婆娑覆其顶，幽雅超尘，风景佳绝，为澳门有名胜地。妈阁创建于明朝弘治年间，为澳门三大禅院之最古者，以故史乘志书，每多记载，如《香山县志》有云 “正觉禅林，在澳门妈祖阁海觉石下。”查妈阁之所在地，原称娘妈角，本在澳门古城墙外，为昔日蠔镜墺之要隘，所以《澳门纪略》载称：“娘妈角，一山崷然，斜插于海，磨刀犄其西，北接蛇埒，南直澳门，险要称最，上有天妃宫。”天妃宫者，即妈祖阁也。又载称：“相传明万历时，闽贾巨舶被飓，殆甚，俄见神女立于山侧，一舟遂安，立庙祠天妃，名其地曰娘妈角，娘妈者，闽语天妃也。于庙前石上镌舟形，及利涉大川四字，以昭神异。”云云。至于诗人名士之题咏妈祖阁者，如清嘉庆时钟凰石诗云：“海觉天妃庙，三成石作梯，青洲回望合，绿浪卷来低，碑省前朝识，途应七圣迷，山僧浑忘却，支语到鸡栖。”又光绪时潘飞声诗云：“呎尺飚轮渡我前，翠屏招手振衣翩，乍看怪石临无地，忽睹灵宫讶到天，竟弃珠崖伤竖子，重扶铜柱企何年，手持神珓趋台卜，祝降波臣奠海边。”又汪兆镛之《澳门杂诗》有咏马祖阁诗云：“妈阁多奇石，古木蟠其巅，标题弘仁字，当在朱明前，磐陀广盈亩，雕刻犹帆船，陈迹足俯仰，时会有变迁，小憩赞公房，遗墨怀高禅。”以上皆为一时名句，弥足传诵者。妈祖阁，既得如许诗人骚客之题咏，亦有了不少艺人画士之写生绘摹。每当春秋佳日，或夕照晨曦，在此泼水墨，调丹青者，作成佳画，实不知凡几。尤以清朝道光时，英国名画家佐治千拿厘(今译钱纳利George Chinnery)所绘之一幅妈阁油画，最为脍炙人口，极能表现出烟波迷茫中之妈阁美景，盖该画更堪作历史和地理之根据，证明当年妈阁庙傍未曾填筑时，潮水可浸至海镜石下也。妈祖阁既有志书史乘之记载，复得诗人画士之描写，兹为研究其历史起见，不揣冒味，更搜集史迹遗闻，分述三章如下：盖妈祖阁具有四百余年之历史，经过三番数次之重修，迺有今日轩敞之庙宇，成为千秋不朽之名胜，观其高台飞阁，衬以玉砌雕栏，入门则见牌坊石殿，更进另有大殿圆门，内辟正觉禅林，附设漳泉义学，立祀坛一所，扩园地数弓，半山石窟，有弘仁殿，峰顶悬崖，筑观音阁，层层殿宇，处处古迹，攷其沿革经过，爰作妈阁略历一章。至于庙内之山林苍郁，严径之曲折迂回，径傍之古石嶙峋，石上之诗文斑驳，或题太乙，或勒海觉，或书海镜，或刻名巖，或咏绝句七言，或和排律数首，此中文人遗作，不少硕彦留题，其人其事，斯褐斯文。个中详情，有天后圣迹，渡头史乘，洋船石之始末，小神舟之送迎，石狮子之神话，赖布衣之讹传，以及远年旧事等诸般奇谈。

妈阁古迹，每多神话，民间谈薮，爱说奇闻。天后史事：天后，林姓，福建莆田人，迺宋朝林愿之第六女，生于宋太祖建隆元年庚申(九六零)三月二十三日，终于雍熙四年丁亥(九八七)二月十九日，(见天后圣母圣迹图说，及林氏宗谱)。幼而神异，少时能言祸福，及长，持斋不嫁，其兄航商海上，曾遇暴风，传说其瞑目出神而往救之。年仅二十八而卒，后屡显灵应于海上，航海者皆祷祀之，奉为护航海神，历朝迭承封谥，初号通贤神女，绍兴丙子，以郊典封灵惠夫人，至元朝至元八年，加封为大妃。及明朝，立庙于京师，迺晋封为天后。攷天后，或称天妃及天母，闽人称之为娘妈，或妈祖，琼人称之为婆祖，昔日闽粤沿海居民，对天后备极崇仰，尤以渔民及航海者，在茫无保障之天空海阔间，只有寄托信仰于天后，藉其保护福庇于冥冥，故敢冒险奋战，卒抵事业于成就，盖当科学未昌明时代，迷信固足增加人类之自信心理，而有助于航海冒险事业之成功也，如明朝三保太监郑和，曾七次下西洋，成就中国伟大航海功迹，他亦歌颂天后在海上阴护恩德，尝亲手写一碑志，立在福建长乐天妃宫内，以资纪念云。至于历朝追封天后事，实为我国奖励国民航海事业，及向海外发展之政策也。至于当年来澳之闽潮同胞，多是乘一芥舟，破万里浪，尽历艰苦，才能到此谋生者。彼等既得不到封建时代之官僚保护，惟有托庇于冥冥中素所信仰之天后。苟有所成就，都附会于其认为护国庇民，万能全德之女神。遂在澳立庙树碑，旌功致敬。澳门妈祖阁温陵泉敬堂碑志有云：“…吾闽莆田梅花屿之有天后圣母也，女中之圣而神者也。天亶聪明，生而灵异。诞降之夕，异香绕室，瑞霭临门，邻里远近，罔不望神光之显烁，而庆圣瑞之昭彰焉。当其幼通文义，长嗜佛经，岁甫十三，即得真人之元诀。年方二八，更受古井之灵符。圣德自此日益高，神功自此日益妙，而千百年山川钟毓之奇，泄于湄洲之一岛。数十世祖宗留贻之泽，萃于我后之一身矣。试观滴油成菜，资民食以无穷。化木为杉，拯商船于不测，演法投绳，晏公归部。书符焚发，高里输诫。而又澄神尅金水之精，力降二将。奉诏止雨霪之祸，手锁双龙。净涤魔心，二嘉伏罪。剪除怪族，三宝酬金，触念通神，炉火随潮而暴涌。示形显圣，湖堤拒水而立成。以及琉球稳渡，护册使于重洋。𥑠硈无虞，祐王臣以一梦。阴兵树帜，匪船翻浪而冲礁。神将麾旗，贼众望风而败仗，米舟赴急，救兴泉二郡之奇荒。天乐浮空，出郑和一身于至险。凡诸有感皆通，无求不应，冈非转祸为福，化险为夷。…”该碑迺清朝同治年间，翰林黄光周所撰。所言之神异事迹，皆足反影中国民众，对天后信仰之备至。关于天后显圣，尚有如下传说，俱与妈阁之起源有关。相传明朝弘治年间，有闽籍商人，驾帆船由福建运货来粤。临启碇时，忽见一女子，莲步勿速，孑身无物，求船附搭，商人允予方便。讵知船方解缆，便疾驶如矢，不一夜，已抵澳门海面。女子请求泊岸，瘆舟登陆，虽是小脚纤纤，然步履敏捷，见其行至半山中，忽失所在。船众俱感托异，登山视之，只见遗下双履，众遂认为神人。定为娘妈化身，来澳庇荫，因而在该处建亭立庙，以彰圣灵，是即妈祖阁内半山上之弘仁殿也。又传明末万历年间，有闽帮货船，来澳遇风，飘至妈阁海面，船正危亟，忽睹一神女显圣山侧，风浪立告平息。众商获转危为安，认为又是天后庇护。因感其德，又在山侧增建石殿，并于神女所立之石上，雕一中国古代帆船，桅悬小幡，刻有“利涉大川”四字。是即现在妈祖阁门傍之洋船石也。至于阶前另有一石，如样刻有帆船，此不过是后人增设者。清朝道光时，闽人黄宗汉翰林曾为天后作记，勒碑庙内。其碑云：“吾闽莆田梅花屿英烈林夫人，禀曹娥之纯孝，矢帝女之精诚。应化东南溟渤之间，风涛惊险，惨痛呼救，灵之所感，若响应声。十闽之人，家尸而户祝之，若赤子之墓慈母焉。俗呼之曰娘妈，亲之也……濠镜天后庙者，相传明时，有一妪自闽驾舟，一夜至澳，化身于此。闽潮之人，商于澳者，为之塑像立庙，并绘船形，勒石纪事。迄合闽之泉漳，粤之潮州，飘海市舶，相与祷祈，报赛为会于此……”

传说葡萄牙人来到澳门，首先登岸的地方是妈阁庙前，澳门的葡文名字更源于妈阁庙。1844年法国海关总检查长于勒．埃及尔（Jules Itier）在澳门拍下中国境内第一批照片中，妈阁庙是其中的拍摄对象。法国画家博尔杰绘画的妈阁庙油画，更成为法国国王的藏品。究竟妈阁庙的建筑有何特别？欧洲人为何对其建筑有特别的迷恋？