媽閣廟的建築，大體可劃分為三組。第一組：山門、牌坊、石殿、弘仁殿等，第二組：圓門、正覺禪林及其周邊建築，最後是位處地勢較高的觀音閣。

媽祖閣（又稱媽閣廟）是一座供奉天后的廟宇。同類型的廟宇，遍佈南中國東南沿海各地。然而，澳門媽祖閣的出衆之處，不僅在於景致的奇麗，香火的鼎盛，尤以其人文的薈萃，身世的不凡，而引人矚目、蜚聲四海。

除《媽祖閣五百年紀念碑記》外，餘者均以譚世寶《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》為底本，參校陳光《澳門媽閣廟歷史告澳人書》〔“陳錄”撰於民國十三年（1924年），為今見最早過錄媽閣碑文者。〕所出校記，繫於各篇末尾。為免煩瑣，凡底本不誤而“陳錄”明顯為誤者，皆不出校﹔凡古今字、異體字、通假字，皆不出校。另，錄文個別標點，今據文意重新訂正。

萬曆三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，欽差總督廣東珠池市舶稅務兼管鹽法太監李鳳與信官王權、梁宗翰等人主持，由澳門四街華商出資重建媽閣廟“神山第一亭”完成。澳門“四街”即“十字街”，這是一條縱街與一條橫街交叉而成的十字街，被明廷分別命名為“畏字街”、“威字街”、“懷字街”、“德字街”。這十字街本是諸夷建造居住。後多為華商租賃，葡人居樓上，唐人居樓下。媽閣廟神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記：“四街重修”，上款為“萬曆乙巳歲”，下款為“仲夏吉日立”，見陳樹榮：《澳門媽祖文化的形成及發展——從媽閣廟石殿神龕“萬曆乙巳四街重修”碑記談起》，載《媽祖文化研究》，第35—53頁；神山第一亭大門石橫樑萬曆乙巳石刻，轉自譚世寶：《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第43頁。釋跡刪：《鹹陟堂詩集》卷13《三巴寺》稱：“相逢十字街頭客，盡是三巴寺里人。”郭棐：《（萬曆）廣東通志》卷69《外志》3《番夷》；譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年。屈大均：《廣東新語》卷2《澳門》；印光任、張汝霖：《澳門記略》卷下《澳蕃篇》稱“其賃於唐人者，皆臨街列肆”；張甄陶：《澳門圖說》（載《小方壺齋輿地叢鈔》第9帙）稱：“其樓房多空曠無居人，賃華人居之。”

崇禎二年（1629年1月24日─1630年2月11日）澳門華商懷、德二街坊眾集資再次重修媽閣廟之神山第一亭。譚世寶：《澳門媽閣廟的歷史考古研究新發現》，載《文化雜誌》第29期，1996年。

在中國古代遺存下來的刻辭中，碑刻佔有重要的地位。碑刻常見於山川名勝、陵墓、宮殿、寺廟、園林等古建築，是中國古代建築的重要組成部分。其中，又以宗教寺廟碑刻，在碑刻中佔有極其重要的地位。從建築藝術的角度而言，碑刻也是一種建築要素，與建築物互相依存。從歷史文化的角度而言，碑刻與建築物互不分離，是記載建築歷史、保存和傳播建築文化內涵的特殊載體，具有重要的文化價值。

媽閣是遊人必到之處，其所嚮往者，蓋非廟宇建築，而是景觀：殿觀疊架的佈局、錯落有致的山林廟宇景致。與此同時，國人亦偏愛留墨於媽閣，最直接的證明，莫過於媽閣的山石題刻：摩崖、石刻題詞與石刻詩。

媽閣共有二十四首石刻詩，作者分別是：林國垣、康健生、張道源、許敦元、西密揚阿、趙同義、趙元儒（四首）、張玉堂（兩首）、黃恩彤、潘仕成、暢瀾（兩首）、釋碧漪、陳詞博、遂昭、朱壽年、列贊雄、梁進輝、布衣，以及佚名作者一首。他們的身份包括：蒞澳的清朝官員、旅澳的騷人墨客和寓澳的僧道，也有澳門本地的名人才子。這些詩作的寫刻時間，始於清乾隆三年，終於民國年間。