萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）聖保祿教堂重建奠基，由佩德羅•卡瓦略神父主持。這次重建的奠基石碑至今猶存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳門市民為童貞天主聖母所建。聖保祿教堂1602年奠基碑文，轉自郭永亮：《澳門香港之早期關係》，第55頁。

大三巴牌坊，其建築固宏偉，而其彫刻更精巧。其對宗教之宜傳，直教石頭去說法。僅就一幅門面石壁，竟能把耶穌會之教義，都發揮無遺，據天主教徒解釋。牌坊上之彫刻，有如下之含義：牌坊之頂層，作三角形。頂端有一銅十字架，是天主教徽號。三角形之中心，嵌一銅鑄之白鴿，是象徵天主教之聖神，有四顆星辰，環繞四週，兩傍更有一太陽，一月亮，表示聖神是站在日月星辰三光之中。換言之，聖體有定時通過上帝恩賜而出現云。牌坊之第四層，正中有一尊耶穌基督銅像。邊欄刻有菊花，以顯示神聖純潔，此原屬日本人之習俗，蓋日本人以菊花為最神聖純潔之物，說日本人建築牌坊，足徵信矣。耶穌像之兩傍，各刻有一個耶穌信徒之浮雕。右便是聖保祿，左便是聖彼得。更右傍有繩一條，表示懲罰之意。更左傍有麥一束，像徵約瑟和大衛之居。最後之兩傍柱身，各刻一東方笑獅，表示其宗教已及於遠東云。牌坊之第三層，迺整座牌坊所有雕刻物含義之重要中心。中央為聖母馬利亞(Virgin Mary)銅像。週圍繞以玫瑰和百合花，以表示純潔之意。更刻有六個天使，或禮拜，或焚香，或歌頌，所以顯示虔敬云。聖母像之兩傍，左便刻一生命樹，右便刻一噴水泉，此二物均屬天主教聖經中所說，伊甸(Eden)樂園中之靈物。離生命樹傍，另有一幅浮雕，題有中文“聖母踏龍頭”五字，刻有一條七頭翼龍，中間之魔首頂上，立一聖母。此迺聖經所傳說，昔一女人毀滅魔蛇之事跡，是中世紀時代之神話。七頭翼龍之左，又有一幅浮雕，刻著一具骷髏，橫卧地上，手執箭矢，傍置鐮刀，是象徵死神者，故題有中文 “念死者無為罪”。離噴水泉之傍，又有一幅浮雕，刻有一艘古式帆船，上方為一位聖母，此迺表示傳教士航海東來，得到聖母保護。又因耶穌會士籌建此聖保祿教堂時，據說日本貨船得聖母庇護，平安歸澳，曾捐助貨值百分之點五巨資，遂得築成此牌坊，故教會人士謂，此帆船實為不可缺少之雕刻也。在帆船之右，又有一幅浮雕，刻有一隻怪獸，被箭刺著，張牙舞爪，備極兇惡，是象徵魔鬼者，故亦題有中文“鬼是誘人為惡”等字，兩傍盡處，亦刻有東方笑獅。牌坊之第二層，只有四導銅像，及三個窗門，正中之門較大，兩傍各刻一棵棕樹。左方棕樹之傍，其銅像為聖方濟各沙勿略(S. Francisco Xavier)，故像下刻有S. FCOX字樣。隔窗更左處，其銅像為亞萊蕭江沙加(B. Lviz Gonzaga)，故其像下刻有B. LVIS，G等字，右方棕樹之傍，其銅像為聖依納爵羅耀拉(S. lgnácio Loyola)，故其像下刻有S. IGNA字樣。隔窗更右處，其銅像為方濟各波芝亞(B. Francisco Boria)，故其像下刻有B. FCO. B.等字。該四人者，天主教信徒皆稱之為聖人，蓋用以代表東來傳教之殉難者云。牌坊之最下一層，只有大門三道。各柱傍門側，均作棱形或長方形之圖案。正門楣上，刻有拉丁文聖母二字，表示救世者，願世之欲得救者皆入其門。兩傍之門楣上，所刻耶穌會之簡寫I.H.S.三個字母，可作拉丁文(In Hac Salus)之減筆，作“藉此十字架可以得救”解釋云云。茲將澳門評論英文月刊(Macao Review) 之著者佛蘭斯士(J. D Francis)所解釋牌坊上之石刻意義，翻譯如下：“此為一神學之石刻。集合一切聖人，其中以聖母主之。總而言之，其頂層，首先通過聖人工作；次層，是基督化人，代世人受難，犧牲死亡，克伏魔鬼；中層，通過聖母，使人得到恩賜，更由聖母力量而得永生。所以救世，是上帝藉耶穌功德，給人們以靈魂。其下之二層，是通過聖母及諸聖人之功德，而使人們得救”。整座大三巴牌坊之石刻，在宗教家看來，確像一本聖經；在藝術家看來，確屬一幅精美圖案；在歷史家看來，乃一寶貴古蹟，其價值誠有不可磨滅者也。關於大三巴牌坊之歷史，前人每多不求深究，致附會多端，或視作神秘非常，或說成謊誕不經，以至誤妄百出，訛傳失實者，茲且舉數事，並辯正之：常有閱讀歷史或澳門紀略等書，見載澳門有天主堂名唐人廟者，輒附會以為唐人廟即三巴寺或瘋堂寺。其實皆錯，蓋唐人廟已在雍正十二年二月二十日，被中國海防同知張汝霖封禁矣。《香山縣誌》載：“雍正十二年二月張汝霖奉督撫檄，委香山司巡檢顧麟，集殷商蔡泰觀蔡寶觀等，會同縣丞顧嵩封唐人廟。”又張汝霖《為封唐人廟事論澳夷檄》云：“…至該夷目呈稱，此寺並非唐人建立，稱唐人寺迺訛言相沿。不知唐人寺之名縣誌有載，即通誌亦載其名，進呈御覽。如以唐人寺為訛傳，將誌載三巴板樟等寺亦訛言相沿乎？又稱本國王令寺宇係重伏乞恩祐等語。夫今之所封乃唐人進教之唐人寺，非爾夷禮拜之夷人寺也。三巴諸寺，以爾夷人奉爾教原不禁止。”觀此則足知三巴寺，不在張汝霖所封禁之列，其不是唐人廟也明矣。又有謂牌坊頂之銅鴿和十字架原屬金製者，曾被人盜去而易以銅製者代之。殊不知該銅鴿和十字架在初建時，由澳中著名之波加勞鑄炮廠，與鑄銅像銅鐘同時用銅鑄成者，詳載柏力架著之《著名製炮廠》一書(A Celebrated Cannon Foundry by J. M.Braga，1943.)所傳金製是捏造者。至於傳說墜道之如何深遠詭秘，附會天災節是火燒大三巴之無稽，前章早已辯明，茲不復贅。總之大三巴被燬，說是由天火所致，未免太玄。禁本謂為逸馬傷田，農民報以一炬，則尚屬可信。誠如是，則大三巴牌坊，其為早歲之澳門農民運動一紀念碑碑歟！

大三巴牌坊原是聖保祿學院附屬教堂，即聖母教堂的前壁，經過1835年大火洗禮後留下的前壁遺跡一直屹立不倒之外，還成為澳門的城市地標，被冠以“三巴聖跡”的雅號。事實上，教堂的興建充滿着歷史的時代烙印，本文嘗試以前壁上的銅像作切入點，探尋其如何受宗教改革運動影響而出現。

大三巴牌坊，即聖保祿教堂燬後所遺留之門闕，其造型為意大利教堂格式，迺歐洲中世紀盛行之建築樣式，與西班牙型接近，是文藝復興時期之建築，和東方藝術混合構成者。故其絕不類似葡萄牙之建築物，而多仿巴西及葡屬各殖民地之建築形式。聖保祿教堂之建築設計者，迺士扁奴刺神甫。來自意大利，曾認識羅馬之耶穌會教堂“謝薩”(The Church Gesu)。其或以謝薩堂之圖則為藍本，配合當年逃難來澳之日本教徒中建築家、藝術家等意見，參雜多少日本色彩，遂建成此一座東方之天主教代表建築物。該牌坊之門面，是一幅具有雕刻裝飾，可分為五層圖案建築面。完全為花岡巖砌成，有四種不同式之石柱，用幾何式長方形石礎互相支撐，並嵌以各聖神之銅像。各銅像及頂層之銅鴿，皆為當時澳門有名之波加勞鑄炮廠所造，門前有石級一幅，亦可分為六層，每層有十一級，連上下合共有六十八級。兩傍有石欄干，其最上層和最下層皆作平台，用長石鋪砌。門前有中國式之石圍杆夾一對，現已失其一矣。整個牌坊分作五層，茲逐層分述於下。牌坊之底層，為入門處。有門一道。間以較粗大之伊安匿式(愛奧尼亞式)(Ionic)石柱，分作四排。正中門較闊大，門楣上刻有聖母(Mater Dei)二字，兩旁之門，其門楣亦刻有耶穌會簡寫之(I.H.S)三字母。[1] 牌坊之第二層，亦有石柱十枝，皆作羅馬建築藝術之可連特式的(科林斯柱式)(Corinthian)，與底層之石柱相連系，但較為幼小耳。互相間隔，有窗戶三，居中者較大，但各窗框，已燬滅無存矣。另有石龕四個，各立耶穌會之聖人銅像一尊。但根據羅馬教堂慣例，其教會之首創人像，應立於入門之上方處，故該堂初建原意，本欲鑄聖保祿(St. Paul)及聖彼得(St. Peter)二人之銅像，置於第三層之突出處者。後因當時欠缺經費，致未能照辦。牌坊第三層之正中石龕內，置有聖母銅像一尊。兩傍有石柱六枝，皆屬聯合式(Composite)雕逐工精。其餘竪立堂頂者，皆為多力式(多拉克)(Doric)之簡單石柱也。牌坊之第四層，亦有聯合式石柱四枝，柱身較為粗壯，蓋所以支撐頂層也。正中石龕內，立耶穌基督銅像。兩傍另有聖保祿及聖彼得二人石刻浮雕，此二像本該用銅鑄成，置於第二層之重要地位者，但為節省金錢計，故改用石刻浮雕而置於第四層。其二人拉丁文名聖保祿(St. Pavlo)及聖彼得(St. Pedro)兩字，則分刻於兩傍最開之柱躉上，此顯然出於勉強。牌坊之頂層，為一二等邊三角形面。邊沿作歌匿士式(Cornice)之線條。正中鑲銅鴿，頂端堅一十字架，兩傍各立飭柱兩枝，狀頗巍峨。牌坊由第三層至第四層之內壁，有一暗道相通，可達頂端者，作為清潔各層時之通路。其暗道在聖母像和耶穌像之後側，不易被人發現。牌坊之地底，築有隧道兩條。一條上達大炮台，另一條下通至關前街之李家圍內。現今該隧道之出口，仍然存在。但已被封閉，不得進內耳。蓋當時澳門治安不足靠，搶劫者有之，仇教者有之，故耶穌會士，築此隧道以防不虞，收藏財寶，及遇有意外時，預作逃避後路也。查該隧道，早在小型教堂時期已設備。當一五九五年第一次火災後，澳門代權官傳列打士所著之《澳門憶述》中，曾紀錄其事。不過當年之隧道，只屬略具規模，後再擴大，竟通至李家圍耳。惟後世一般謠傳，更誇大其說，或言該隧道可通至東望洋燈塔；或謂其可通至青洲教堂；更有說其可達對海氹仔路環者，此皆不足信也。又傳其中藏寶甚夥，都屬憶說，蓋無人能進內探其究竟，至今尚屬一個謎。據葡人蒙特托朱沙士之“澳門史”所載：“當一七六二年耶穌會士被逮解離澳門時，皆是孤身無物。想其財寶早已安排處置妥當者。假使果真埋藏隧道內，亦當被其後來遷徙耳。蓋事後之耶穌會士有化裝潛逃返澳者，且其中一人竟於一七七五年被選為議事局員，雖然後卒敗露被斥。”大三巴牌坊，無論其傳說如何神秘，建築如何危岸，而香港大學工程科之師生和職員，曾於一九五二年六月同到澳門，對此大三巴牌坊，作過一番精密之測繪研究，當時搭棚探討，攝影製圖，對其建築，已有詳明之理解。

攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居。故宮一樣今禾黍，壁影斜陽落廢墟。大三巴牌坊，為澳門有名古蹟。其初本為舊日聖保祿教堂之前門石壁。在明朝末季，吾國人稱聖保祿教堂為“三巴寺”。“三”者，為(San)聖字譯音，“巴”者，為(Paul)保祿合併譯音。又因當時澳門，另有三巴仔教堂，故以“大”字區別之。合稱為“大三巴”。後來三巴遭火焚燬，只留得前門石壁，巋然屼立，有如一座牌坊，故人遂稱之為“大三巴牌坊”。大三巴牌坊，具有悠久歷史，其年代之邃古，建築之瑰麗，傳說之神異，皆足供後世宗教家之景仰，藝術家之讚羡，歷史家之研究。所以古今圖畫，中西典籍，都每有記載。中國古籍中，如《香山縣誌》、《澳門紀略》以及一些名人筆記等，均常記述之。但惜略而不詳，或記其建成之外貌，或述其燬後之殘跡。而對其歷史內容，成燬原因等，皆少述及。致令後人對忖測臆造，說成神秘。信徒教友，更誇稱聖靈。傳說謬誤，甚至以訛傳訛，像煞有介事者。攷其原因，所以致是者，良以當時中葡言語文字之差異，感情又猜忌隔膜，所以無從探討紀述耳。例如葡人蒙特托朱薩士著之《澳門史(Historico de Macau)》曾載稱：“當聖保祿教堂興建時，四週圍以木板，務使外人不能窺見其中建築情況，致中國人，皆疑葡人有秘密建築炮台情事”。又如某英文書本，嘗詳述聖保祿教堂被焚實情，致遭禁售。是以昔日梁哲士先生嘗賦《大三巴牌坊懷古》詩云：“攷證於今闕禁書，燼餘憑吊認僧居。故宮一樣今禾泰，壁影斜陽落廢墟。”蓋亦有感而作也。吾人苟欲攷察大三巴牌坊。首先要研究聖保祿教堂之歷史，蓋聖保祿教堂之歷史，即大三巴牌坊之歷史也。吾人既因中葡語言文字之隔垓，又因猜疑禁忌所阻撓，故對其歷史始末，難得其詳。如中國古籍中之《香山縣誌》、《澳門紀略》及《帝京景物略》等，皆只作如下之簡略記述：“寺為三巴，在澳東北，依山為之。高數尋，屋側啟門，制狹長。石作雕鏤，金碧照耀。上如覆幔，旁綺旒瑰麗，所奉曰天母，名瑪利亞，貌如少女，抱一嬰兒，曰天主耶穌，衣拜縫製，自頂被體，皆采飾平畫，障以琉璃，望之如塑。旁貌三十許人，左手執渾天儀，右叉指，若方論說狀。鬚眉竪者如怒，揚者如喜。耳重輪，鼻隆準，目若矚，口若聲。上有樓，藏諸樂器。有定時台，巨鐘覆其下。立飛仙台隅，為擊撞形，以機轉之，按時發響。僧寮百十區，蕃僧充斥其中”。又古來名人筆記中，所述亦大略如是，最著名者如龔翔麟《珠江奉使記》，其中有云：“其寺曰三巴，高十餘丈。於屋側例啟門戶。石作彫鏤，金碧照耀。寺僧曰法王，以時集男女禮拜。其所奉曰天母，名瑪利亞，抱一嬰兒，曰天主耶穌。被服珍怪，障以琉璃，望之毛髮生動，云漢平帝時人也。寺有風琴，其琴鋼弦，彈之以和經頌。並管蕭諸樂器，藏機木櫃，聯以絲繩，輪牙相錯，一人轉機，則諸音並奏，有定時台，巨鐘其下，立飛仙台隅，為擊撞形，亦以機轉之，按時發響，起子末一聲，至午初十二聲。復起午末一聲，至子初十二聲，晝夜循環無爽。前揭圓盤，晝十二辰，俟某時鐘動，則蟾蜍移籌指某位。”中國古籍中之地方誌書，及名人筆記，其對聖保祿教堂之敘述，大概有如上述，都略而不詳，難供歷史研究佐證。茲試再將古今詩人墨客，對三巴寺有關之題詠，選錄數首於下，俾資欣賞，或作史料研究如何？跡珊詩：“暫別殊方物色新，短衣長帔稱文身。相逢十字街頭客，盡是三巴寺裡 人。箬葉編成誇皀蓋，檻輿乘出比朱輪。年來吾道荒涼甚，翻羡侏儒禮拜頻。”屈大均詩：“禮拜三巴寺，蕃官是法王。花襔紅鬼子，寶鬘白蠻娘。鸚鵡含春思，鯨鯢吐夜光。銀錢么鳳買，十字備圓方。”鍾鳳石詩：“插漢三巴寺，耶穌律自持，占星亦有術，重女卻奚為。踐土封無外，通商政不私，羈縻原勿絕，他族爾毋滋。”金采香詩：“三巴門內瑞雲開，夷婦殷勤禮拜來。席地跌跏忘永日，氲氤人氣繞樓台。”丘滄海詩：“天主堂高十字支，築從新教未行時。嵌空萬石玲瓏甚，獨少流傳景教碑。”梁哲士詩：“魏峨可是魯靈光，屹立千尋賸古坊。劫後紅羊傷逝者，當年教禍屬強梁。”汪慵叟詩：“乾隆全盛時，禁封唐人廟。畏懷豈無術，所貴樹聲教。一廢不復興，綠蕪黯斜照。堂陊門猶存，雕石彌晃耀。鞾帕迎漢官，故事足憑吊。”以上各詩，都是古雅鏗鏘，對三巴寺之史實，感懷興嘆備至，但惜事實仍欠詳盡，未足供歷史參攷。現只得從西文典藉探索，史料較多。故不惴冒味，將三巴寺歷史，劃作三個時期，研究分述於後。即，籌建時期；建成時期；及燬後時期。

萬曆八年（1580年1月16日─1581年2月3日）由於耶穌會天主之母教堂是用稻草搭蓋的屋頂，而當時常有華人放火燒房子，故耶穌會副省會長佩德羅•戈麥斯（Pedro Gomes）神父下令給教堂加蓋瓦片，並給教堂的地面鑲上木板。城市派來了許多奴隸，熱火朝天地幹起來，工程很快便結束了。Monumenta Historica Japoniae por SCHÜTTE, Josef Franz, S. J. , ed. lit. ; RUIZ-DE-MENDINA, Juan, S. J. in Japoniae Informationes 1549—1654/proposuit Josef Fraz Schütte S. J. , 1975, p. 386. 及Domingos Maurício Gomes dos Santos, Macau, Primeira Universidade Ocidental do Extremo-Oriente, p. 7.

崇禎十年（1637年1月26日─1638年2月13日）聖保祿教堂正面石壁（俗稱大三巴牌坊）建成。該石壁全部以花崗石建造，並以耶穌式的畫面展現出時代風格，其裝飾手法相當古樸且具有一種協調有序的想像力和象徵力，包含有西方巴洛克（Baroque）風格與東方形象技巧相結合的種種成分，從而在外來與原有的結合之中，使葡萄牙、中國及日本的各種風格相互交融。該石壁無塔樓，由三排立柱將整個牆壁以縱列分為三塊。中間部分最高，且分為四層，另外兩部分分列兩旁。四層石柱呈疊式排列，底層為愛奧尼亞（Ionic）式結構，其他為混合式。上部正中哥林多（Corinthian）式柱漸縮成一三角形塔狀牆。有一銅柱鴿形物象徵聖靈。周圍四星環繞。右邊為太陽，左邊為月亮。石柱完整而與牆壁脫離，僅起裝飾作用。下部幾幅浮雕和壁龕擺放著塔瓦列斯•布拉嘉（Tavares Braga）設計的銅像，構成石壁裝飾的組成部分。整個建築整體頂部有一方尖物，中間石砌托座上豎有拉丁十字架。聖保祿教堂正面牆壁由三大部分決定了它的整體構成。第三層為聖母瑪利亞雕像。她站立在壁龕內，四周被玫瑰和百合花環繞，象徵純潔，六個天使分列兩旁對聖母表示無限崇敬。再向兩邊，左面是生命之樹，一條七頭龍被踩在聖母腳下，一幅骷髏及一柄劍，象徵死亡；右面三個天使身後是生命之泉，一艘迎風破浪的船在海上幸運之神的保護下航行。一個被征服的魔鬼頭顱及一個女人身體。正門上方是關於聖母的石刻題字“MATERDEI”，其周圍有花環繞。正門第二層及第四層還展示了其他一些雕塑品。如就置於中部壁龕的基督像，周圍環以百合花和菊花及其喜愛的器具。第四層是耶穌會的一組聖像。右邊是耶穌會的締造者聖依納爵（S. Inácio）和聖德波雅（S. Deborjal）；左邊是聖沙勿略和聖劉易斯•貢沙加（S. Luís Gonzaga）。嘉爾定（António Francisco Cartim）神父於1644年寫的著作中還提到另外兩座塑像，即聖彼得和聖保祿（S. Paulo）。這兩座雕像可能列入該石壁的最初修建計劃，但始終沒有付諸實現，僅僅是把他們的姓名刻於第二層兩側方尖形石壁銜接處，這表明當時確有將該聖像納入石壁裝飾的設想。教堂門外是一意大利石砌台階，寬8. 1米，共68級，以精心雕琢的石條整齊有致地鋪設於教堂前地。Maria Regina Valente, Igrejas de Macau, pp. 12—19. 很多學者認為石壁前的石階為1640年建，然1637年在澳門的芒迪稱：“教堂有一個新的美麗的前壁，通過許多台階可以登上它寬大的斜坡。”（Peter Mundy, The Travels of Peter Mundy in Europe and Asia: 1608—1667, Vol. 3, pp. 162—163）.

很多地方都流傳著秘道的都市傳說，例如香港禮賓府的秘道、台北圓山飯店的密道等。當然，澳門也少不了自己的秘道傳說，當中最廣為流傳的秘道在澳門的地標——大三巴牌坊。