相传澳门包公庙之包拯神像，本来于清朝光绪年间，由一位居于三巴门附近之老妪，自佛山迎来澳门，奉祀于其家中者。当时坊人大多迷信，向其祈求问卜，每获巧验，于是众皆神之，适因光绪十四年，澳门疫症流行，有提议请扛该神像游行保安者，竟然获得宁谥，故坊人后遂倡议集资建庙焉。 

据说坊人募得巨资后，正在三巴门附近选择地点，架棚筹备兴筑之际，讵于某夕，该棚之看守人竟谓在梦中得到包拯示意，指点建庙之正穴，并嘱在该处附近空地发掘，定能获得信物云云。弄众皆信以为然，果在现庙后座西南角处，掘得包拯玉印一颗，有重重之纱纸及红布封里 看，惜于发掘时竟被镰伤一角。因此坊人灵之，就在此地穴筑庙，即今之包公庙也。该颗包拯玉印，向供设于神坛上，廿余年前始告失踪耳。 

包公庙，创建于清朝光绪己丑十五年（一八八九），至翌年始竣工落成。庙前横列几座，深达数重，叠阁层楼，有古庙风格，处于三巴门福庆街，与镜湖医院毗邻，左侧尚有医灵庙、吕祖仙院等，建筑如出一脉，想或当年同属一庙宇者，后来才分家，各立门户耳。盖该庙之街坊值理，素已构讼不已，试观其“包公庙宪论遵守碑志”，即见一斑也。兹将该碑抄录如左： 

“盖闻礼乐祀典，食德当以报功，缘光绪十四年（一八八八），上天降疫，人心凄惶。兹我三巴门合街善信，叩禀上天，恭请包丞相游镇保安，藉赖神灵显赫，法雨宏施，阖街老幼，均沾德泽，海国安澜。近念神灵扶祐，无以为报，故阖街善信共议倡建庙宇，在三巴门千秋香火之隆恩，崇奉包丞相府。厥惟功勋宋代，姓字昭彰，护国匡君，既著于夙昔；民安物阜，尤炳于今兹。经始于十五年，合街梓友十九人倡首，某等联呈具禀，蒙当局批给空地一段，以为庙址，并准免纳各项租钞。爰集同人设柬劝捐，某等先自倡捐，并本澳与及外埠仁人君子，远而湖海客商，近则村庄众言，咸勃勃焉资财之乐助，巍巍乎庙貌之观瞻。从此建庙以来，相安无事，任由三巴门倡建值事管理。不料于光绪二十三年（一八九七），有别街外人争论，将是年六月十七日某等再呈，复蒙当局批明，所有庙内香灯章程，一概永远归三巴门倡建某等协同轮流管理，如有别街外人，不得借端擅理。蒙当局批准之后，各家遵守，惟是皆属同人，莫不昭诚心而祈景福也。谨将示谕特立碑，永致久远，庶免后人混乱焉哉。际此人杰地灵，民安物阜，是以惠泽宏深，昭格愈隆，诚可报答神圣之鸿庥矣。是为记。光绪廿三年岁次丙申六月十七日示，三巴门阖街众信值事等公开立石。”