清嘉庆七年（1802年2月3日─1803年1月22日）1月，在香山协镇将何士祥、澳门同知三多、香山知县许乃来、香山县丞吴兆晋及粤海关澳门分关各税口的支持下，莲峰庙值事崔世泽等人于嘉庆五年（1800）重修莲峰庙，于嘉庆六年（1801）冬季竣工，并于庙内立《重修莲峰庙题名碑记》。这次重修规模扩大，“天后殿居前，中为观音殿，后文昌阁，左关帝殿，右仁寿殿。堂皇而深，壮丽而固，瑰伟绝特， 较前信之”。而捐资重修者亦盛况空前，不仅有澳内“上架行、油画行、 番鞋行”等商铺，还有省城“广利行、同文行、达成行、会隆行”等著名商行，其捐银助工绅耆商士达数百家之多，反映了当时阖澳华人官商民等对修建官庙的热情态度和鼎力支持。《重修莲峰庙题名碑记》，转自谭世宝的《金石铭刻的澳门史——明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第145─185页。案：王廷钤等纂辑《香山县下恭常都十三乡采访册》卷下《艺文门》录何昶《重修莲峰庙碑记》。

乾隆四年（1739年2月8日－1740年1月28日）9月，澳门华商陆益、区源利等重修莲峰庙关圣帝君殿竣工。重修莲峰庙关圣帝君殿《题金芳名碑》，转自谭世宝：《金石铭刻的澳门史一明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第129页。