清嘉慶七年（1802年2月3日─1803年1月22日）1月，在香山協鎮將何士祥、澳門同知三多、香山知縣許乃來、香山縣丞吳兆晉及粵海關澳門分關各稅口的支持下，蓮峰廟值事崔世澤等人於嘉慶五年（1800）重修蓮峰廟，於嘉慶六年（1801）冬季竣工，並於廟內立《重修蓮峰廟題名碑記》。這次重修規模擴大，“天后殿居前，中為觀音殿，後文昌閣，左關帝殿，右仁壽殿。堂皇而深，壯麗而固，瑰偉絕特， 較前信之”。而捐資重修者亦盛況空前，不僅有澳內“上架行、油畫行、 番鞋行”等商鋪，還有省城“廣利行、同文行、達成行、會隆行”等著名商行，其捐銀助工紳耆商士達數百家之多，反映了當時闔澳華人官商民等對修建官廟的熱情態度和鼎力支持。《重修蓮峰廟題名碑記》，轉自譚世寶的《金石銘刻的澳門史——明清澳門廟宇碑刻鐘銘集錄研究》，第145─185頁。案：王廷鈐等纂輯《香山縣下恭常都十三鄉採訪冊》卷下《藝文門》錄何昶《重修蓮峰廟碑記》。

雍正元年（1723年2月5日－1724年1月25日）9月，闔澳華人商戶捐銀，澳門人羅復晉等數十人鼎建蓮蓬山慈護宮（即蓮峰廟），該宮其外為天后殿，其內為觀音殿，其左為社、為客堂、為僧舍，統曰慈護宮。並有雍正元年《鼎建紀事碑》立於宮前。道光七年《香山縣下恭常都十三鄉採訪冊》稱：“蓮峰廟，在蓮花山下，舊名慈護宮，合澳紳民鋪商公建，創於雍正初。”明萬曆三十年（1602）即有崔吟韓等人創建蓮峰古廟，而此次鼎建蓮峰山慈護宮應是在拆毀舊廟的基礎上重新建的一座廟，故又將該廟稱為“新廟”。《鼎建紀事碑》，轉自譚世寶：《金石銘刻的澳門史：明清澳門廟宇碑刻鐘銘輯錄研究》，第120—121頁。王廷鈐等纂輯：《香山縣下恭常都十三鄉採訪冊》，第28頁。印光任、張汝霖：《澳門記略》附錄《澳門正面圖》。

萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）順德縣龍湧杜姓鄉人至澳，建小寺，後一游方僧人到龍田村為人治病，募獲頗多，遂將小寺擴建，辟為廟宇，是為蓮峰廟之始。據廟中文物，其匾“中外流恩”中所銘“萬曆壬寅”，即萬曆三十年（1602），送匾人為創建值事崔吟翰。又據《蓮峰廟嘗業契券圖側記事冊》：溯自澳門之有蓮峰古廟，創建於明萬曆壬寅歲。有學者對該廟始建於“萬曆壬寅”表示懷疑，並將該廟“萬曆壬寅”賜“中外流恩”匾與普濟禪院咸豐八年（1858）題“中外流恩”匾進行比對，發現兩匾字跡雷同，故有作偽之嫌。王文達：《澳門掌故》，第47頁；陳煒恒：《蓮峰廟史乘》，第39—40頁。譚世寶：《澳門三大古禪院之歷史源流新探》，載《文化雜誌》第42期，2002年。關於此匾筆者亦曾認為是偽作，至少是後人重新製作，而不是原物（湯開建：《澳門開埠初期史研究》，第272頁）。