萬曆四十年（1612年2月2日─1613年2月18日）8月17日，中國及日本巡航首領佩德羅•加依奧乘坐“聖地亞哥（S. Filipee Santiago）”號大黑船抵達長崎重開葡日貿易。隨行有奧拉西奧•內萊迪（Horácio Neretti）為首的使團，他受澳門派遣，請求德川將軍按照對上年奴內•山托馬爵承諾，恢復葡日貿易。德川將軍愉快地答應了。Manuel Teixeir, Macau no Séc. ⅩⅦ, p.17; C.R.Boxer, Fidalgos in the Far East（1550—1770）, p.63.

天啟元年（1621年1月22日─1622年2月9日）澳門與馬尼拉的貿易本年為澳門帶來6萬克魯紮多的收益，澳門議事會向國王提出，願以賈羅布原來的價格收買他尚未完成的對日航行，並把貿易收入用於防禦設施的開支。這一年澳門議事會派出商人瓦茲•巴瓦洛（Diogo Vaz Bávaro）駕駛的一艘帕塔索（Pataxo）船前往馬尼拉，拜見菲督法哈多（D. Afonso Fahado），請求西班牙人對澳門的支援，並購買火藥和武器。來回共用了47天時間，買回火炮6門，每門為2000澳門元。C. R. Boxer, The Great Ship from Amacon: Annals of Macao and the Old Japan Trade, 1550—1640, p. 107. 雷戈：《澳門的建立與強大記事》，載《l6和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第198頁；Benjamin Videira Pires, A Viagem de Comércio Macau-Manila nos SéculosⅩⅥ a ⅩⅨ, p. 19. 法哈多還給予慷慨承諾，如果荷人犯澳，只要通知他們，他將傾力相救。

萬曆十六年（1588年1月28日─1589年2月14日）1—3月，英格蘭冒險家拉爾夫•費奇（Ralph Fieh）在此期間探訪過馬六甲海峽，他記錄了葡萄牙在澳門和廣州貿易的情況：當葡萄牙人從澳門去日本的時候，總是攜帶很多的白綢、黃金、麝香和瓷器，他們從日本只帶回白銀。他們有大帆船，每年都去那里，再從那里帶來60多萬銀幣。所有這些日本銀幣，再加上他們每年從印度掙到的20多萬銀幣，全部用來在中國謀取更大的利益，以及其他貴重的東西。當葡萄牙人到中國的廣州做買賣的時候，他們只能在那里待上規定的幾天。當他們進入城門的時候，必須在一個記錄簿上登記他們的姓名，夜里出城的時候，他們必須畫掉他們的名字。他們不能在城里過夜，而且必須在城外他們的船上睡覺。在規定的日子期滿的時候，如果他們還留在那里的話，他們就是犯罪，要遭到監禁。拉爾夫•費奇：《印度早期之旅：1583—1699》，第41—42頁，倫敦，1921年。有人認為費奇大量抄襲了另一位歐洲旅行家維亞吉奧（Cesar Federici Viaggio）的作品，1587年，維亞吉奧寫過關於澳門的記述。轉引自杰弗里•C. 岡恩（Geoffrey. C. Gurm）：《澳門史》第1章，第28—29頁。

萬曆三十四年（1606年2月7日─1607年1月27日）澳門有1艘葡萄牙大黑船赴長崎貿易，又有1艘大帆船裝載日本刺繡品開赴馬尼拉貿易。G.B.Souza, The Survival of Empire: Portuguese Trade and Society in China and the South China Sea, 1630—1754, p.55; Benjamin Videira Pires, A Viagem de Comércio Macau-Manila nos Séculos ⅩⅥ a XIX, p.19.

萬曆三十七年（1609年2月4日─1610年1月24日）一位曾經經營東亞貿易達25年的西班牙商人稱，葡人自里斯本輸往果阿的銀子，都全部由澳門流入中國去了。C.R.Boxer, The Great Ship from Amacon: Annals of Macao and the Old Japan Trade, 1555—1640, p.7, p.182.

萬曆四十三年（1615年1月29日─1616年2月16日）6月，中國及日本巡航首領馬爾丁•官也（Martim da Cunha）出任澳門地方兵頭，不久，駕1艘大黑船離澳赴長崎貿易。當葡船抵達長崎港時，絲貨價格下降至每擔165兩，而當葡船離去後，又上升到每擔230兩，南京優質絲的價格甚至高至每擔300兩。澳門葡人的使團為了送上禮品在將軍府呆了40多天，禮物最終被收下，但沒有任何人受到將軍的接待。C.R.Boxer, The Christian Century in Japan, 1549—1650, p.305. 施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第209頁；C.R.Boxer, Fidalgos in the Far East（1550—1770）, p.65.

天啟五年（1625年2月7日─1626年1月27日）葡印總督弗蘭西斯科•伽瑪給澳督弗蘭西斯科•馬士加路也下達命令，為王室國庫組織一次到馬尼拉的航海貿易，將收入用於購買果阿炮廠所需的日本銅材和維持印度洋艦隊所需的中國黃金。澳門議事會反對此次航行。經過爭論，最後協定：航行貿易的部分收入專門用於維持澳門駐軍和防禦工事，而澳督、議事會成員和其他人員均得到相應的份額。Emma Helen Blair ＆ James Alexander Roberston, The Philippine Islands, 1493—1898, Vol. 22, pp. 80—85.

天啟二年（1622年2月10日─1623年1月30日）5月29日，有4艘馬尼拉的帆船抵達澳門，運來武器和給養，其中一艘大帆船載來了12門呂宋巨炮。1622年6月荷蘭進攻澳門之役結束後，議事會又派一位耶穌會神父和兩位澳門重要的人物前往馬尼拉報信，應澳門方面的要求，加強澳門的軍事防禦。該船於同年7月返回馬尼拉，並運回一批絲綢。同時，又有3艘葡萄牙船從澳門開赴馬尼拉貿易，運載了大量的絲綢和其他貨物。Emma Helen Blair & James Alexander Roberston, The Philippine Islands, 1493—1898, Vo1.20, pp.31—33; 雷戈（Diogo Caldeira Rego）：《澳門的建立與強大記事》，載《16和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第201頁。Emma Helen Blair & James Alexander Roberston, The Philippine Islands, 1493—1898, Vol.20, pp.31—33; 雷戈：《澳門的建立與強大記事》，載《16和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第201頁。

萬曆十六年（1588年1月28日─1589年2月14日）6月25日，馬尼拉法院給菲利浦二世的信稱：澳門葡商有一艘大船駛抵馬尼拉，運來了一批品質上乘、價值不菲的貨物，其貨與華商運往馬尼拉的貨具有同等品質。Emma Helen Blair & James Alexander Roberston, The Philippine Islands, 1493—1898, p.306.