2004年
1月1日，《內地與澳門關於建立更緊密經貿關係安排》正式實施，具體實施領域主要包括：在貨物貿易方面，共有273項本澳產品，可享受零關税打入內地市場。服務貿易方面，內地共有18個主要服務行業的市場對合資格的本地服務提供者放寬准入條件。在貿易投資便利化方面，則有7項措施簡化兩地之間的貿易程序。
2月2日，施工期長達兩年、耗資約1.35億澳門幣的關閘新邊檢大樓啟用，大樓內71個出入境櫃台能每日處理30萬人次出入境，而設有22條進出境車輛通道，每日可處理2.4萬輛次出入境車輛。
2月9日，行政會完成討論《行政長官選舉法》，規定選舉委員會須於10月19日前選出第二任特首。
2月18日，本澳首間美資娛樂場——金沙（Sands）開業，同時，亦宣告本澳博彩市場開放時代正式來臨。
6月1日，標誌泛珠三角區域合作正式啟動的“泛珠三角區域合作與發展論壇” 香港開幕。中共中央政治局委員、廣東省委書記張德江、香港特區行政長官董建華、澳門特區行政長官何厚鏵、廣東省省長黃華華、福建省常務副省長黃小晶、江西省省長黃智權、湖南省省長周伯華、廣西壯族自治區副主席楊道喜、海南省省長衛留成、四川省省長張中偉、貴州省省長石秀詩、雲南省省長徐榮凱等嘉賓出席，期以“9＋2”全方位合作推動相關各方加速發展。
7月4日，耗資5億澳門元的銀河華都娛樂場及華都酒店開幕。
7月11日，為慶祝特區成立5周年，進一步凝聚和提升居民的愛國愛澳情懷，澳門基金會實施慶祝澳門特區成立5周年特別計劃，包括津貼社團舉辦聯歡活動。
7月23日，極富文藝復興色彩，寓意造福社會繁榮安定的“和麗女神噴泉”座落嘉思欄花園。除為市民、遊客提供直接飲用食水，同時亦增添了歐陸情調。
8月29日，在澳門特別行政區第二屆行政長官選舉委員會會議上，何厚鏵以99%的得票率順利當選澳門特別行政區第二屆行政長官。
9月6日，澳門特區政府爭取多時的更方便的“澳門居民入出境香港”措施終與香港特區政府達成共識，澳門成為首個獲允許不用持護照或旅遊證件入出香港的地方，澳門永久性居民可從10月18日起持智能身份證赴港。
9月21日，國家主席胡錦濤在中南海接見行政長官何厚鏵，肯定了他在第一任任期內的成功施政，希望他再接再厲，維護和發揚以往施政的成功經驗，集中精力發展經濟、維護社會穩定和諧，把澳門事情辦得更好。
11月4日，經濟財政司司長譚伯源在出席立法會審議《二零零三預算執行情況報告》時指出：2003年特區政府的總收入為141.2億元，總開支為114.62億元，最終錄得26.576億元盈餘。
11月16日，施工歷時19個月，造價為澳門幣1.05億元的關閘邊檢大樓——新廣場及地下公共客運總站全部竣工，其中新廣場正式啟用，而地下客運總站亦在23日啟用。
行政長官何厚鏵發表第二屆特區政府首份施政報告，並指出特區政府在2005年為繼續紓解中小企業經營困難及改善市民生活質素，將延續實施多項短期税務措施，及新增兩項短期税務減免措施，預計政府屆時將減少税收3億元。同時，特區政府還會設立長者津貼及調升公務員薪金5%。
12月9日，國務院根據行政長官何厚鏵提名，決定原來的治澳班底全部留任，主要官員名單包括：行政法務司司長陳麗敏、經濟財政司司長譚伯源、保安司司長張國華、社會文化司司長崔世安、運輸工務司司長歐文龍、廉政專員張裕、審計署審計長蔡美莉、警察總局局長白英偉、海關關長徐禮恆、檢察院檢察長何超明。
12月15日，行政長官何厚鏵委任第二屆特區政府行政會10名委員，5名司長除行政法務司司長陳麗敏繼續留任外，其餘4人均不入閣，現任行政會委員唐志堅、梁慶庭、廖澤雲、馬有禮亦繼續留任，加入包括廠商會理事長賀一誠、立法會議員歐安利及鄭志強、工聯工人權益委員會副主任林香生以及發展策略研究中心會長梁維特等新成員。
12月19日，中共總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤為與澳門各界慶祝澳門特區回歸五周年親臨澳門，並分別到訪參觀大三巴、勞工子弟學校，以及到草根階層家居探訪，令澳門市民真切體會到胡主席的親民作風；同日，胡錦濤亦主持了興建超過兩年的西灣大橋落成典禮。
12月20日，胡錦濤主席在慶祝澳門特別行政區成立5周年暨第二屆特區政府就職典禮上發表重要講話，高度評價澳門特區成功實踐“一國兩制”並提出“四點希望”。