No dia 24 de Março 1553, surta a 11.ª armada de jesuítas para o Oriente (Goa), com duas naus: na S. Bento, capitaneada por Fernão Álvares Cabral, segue também Luís de Camões com três missionários; na St.ª Cruz seguem mais dois. Mas dos cinco, só dois chegaram. Alcançaram Goa em Setembro.

No dia 20 de Fevereiro de 1582, por organização do Visitador Valignano, parte de Nagasaqui para a Europa (Macau - 1582; Lisboa - 1584; Madrid - 1584; Roma - 1585) a 34.ª expedição de missionários jesuítas, ou 1.ª, porque desta vez foi em sentido contrário, provando já os frutos da evangelização. Como guia segue Diogo de Mesquita. Trata-se de uma embaixada de 2 jovens príncipes cristãos japoneses e de outros 2 nobres seus familiares, que se dirigem a Roma para prestar obediência ao Papa, Gregório XIII. Assistem à entronização do seu sucessor, Sixto V. Estão ausentes 8 anos do Japão, regressando a Nagasaqui a 21 de Julho de 1590. (Cfr. Fróis S.J., Luís, Tratado Dos Embaixadores Japões Que Forão De Japão A Roma No Anno De 1582, Parte I, ed. e notas de J. A. Abranches Pinto. Ramalho, A. Costa, “O Padre Duarte de Sande, S.J., verdadeiro autor do De Missione Legatorum Iaponensium ad Romanam Curiam… Dialogus”, RC, Revista de Cultura, nº 30, 1997, Macau, pp. 43- 51) No dia 7 de Agosto de 1582, pedido pelo Pe. Valignano, chegou a Macau vindo de Goa o célebre missionário jesuíta Mateus Ricci, encontrando-se com a Embaixada Cristã Japonesa, que seguia para a Europa. Valignano, que deixou o Japão a 20 de Fevereiro, estava em Macau a 9 de Março e seguiria para Goa a 31 de Dezembro.

Em 1579, partiu a nova expedição ao Oriente, a 31.ª de jesuítas. Nela segue Pedro Gomes, que virá a ser, de 1590 a 1600, Vice-Provincial do Japão.

No dia 15 de Novembro de 1579, chegam a Macau vindos das Filipinas e, mais recentemente, de Cantão os franciscanos Fr. Pedro de Alfaro e Fr. Giovanni Battista Lucarelli, que foram recebidos pelo comerciante Pero Quintero e pelo Pe. secular André Coutinho. A obra que iniciaram na cidade (o Convento de N. Sra dos Anjos), os seus agentes, a literatura que produziram e, neste domínio – já no sec. XVII, a figura e a obra de Fr. Jacinto de Deus, tudo é apresentado no artigo de Leonor D. de Seabra, “A Descrição da China de Fr. Jacinto de Deus”, incluido na Revista de Cultura, nº 29, RAEM, Outubro 2008, pp. 55-69.

No dia 7 de Agosto de 1582, pedido pelo Pe. Valignano, chegou a Macau vindo de Goa o célebre missionário jesuíta Mateus Ricci, encontrando-se com a Embaixada Cristã Japonesa.

No dia 23 de Janeiro de 1576, Gregório XIII, pela bula Super Specula Militantis Ecclesiae, erigiu o bispado português de Macau, com jurisdição em toda a China, Japão, Coreia, Tartária, Sião, Tonquim e ilhas adjacentes, sendo Bispo-Governador D. Belchior Carneiro Leitão, da Companhia de Jesus, Bispo tutelar de Niceia e Patriarca da Etiópia. D. Belchior fundou a Santa Casa da Misericórdia em Macau (v. Seabra, Leonor Diaz de, A Misericórdia De Macau (Séculos XVI a XIX). Irmandade, Poder E Caridade Na Idade Do Comércio. Ed. Universidade de Macau / Universidade do Porto. Macau, 2011, p. 48 e seguintes) e faleceu nesta cidade, em 19 de Agosto de 1583, sendo sepultado na igreja de S. Paulo, no centro da capela-mor. Por esta bula foi também elevada à dignidade de Sé Catedral uma igreja com o nome de Santa Maria, que já estava fundada e erecta de há muito, mas que não é a presente Sé Catedral. O 1.º Bispo da nova Diocese, porém, foi D. Leonardo de Sá, da Ordem de Cristo e a 1.ª Catedral pensava-se tradicionalmente ter sido a Igreja antiga de S. Lázaro (ermida de Nossa Sra. da Esperança), mas a lógica e a falta de provas fizeram abandonar a ideia.