Em 1849, o Governador Ferreira do Amaral expulsa as autoridades chinesas residentes em Macau. O Procurador fica responsável pelos assuntos sínicos, devendo reportar ao Governador. (V. A.V. de Saldanha, Estudos Sobre as Relações Luso- Chinesas).

No dia 16 de Setembro de 1849, o Vice-Rei de Cantão, Siu, enviou um ofício ao Conselho do Governo de Macau participando ter sido preso, processado e executado, o verdadeiro assassino do Governador João Maria Ferreira do Amaral, Sen-Chi-Leong.

No dia 6 de Maio de 1851, o Tenente Vicente Nicolau de Mesquita - herói do Passaleão - foi nomeado Comandante interino do posto da Taipa.

No dia 25 de Maio de 1850, desembarcou em Macau o Governador, Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, que tomou posse no dia 30 deste mês, vindo a falecer nesta cidade semanas depois.

Em 1848, o Oficial Comandante do Porto da Taipa, Januário Agostinho de Almeida, como responsável pela Ilha, redige as primeiras regras sobre a administração local.

No dia 24 de Janeiro de 1851, chegou o Governador Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra, Francisco António Gonçalves Cardoso, nomeado, por Decreto de 17 de Outubro de 1850, para suceder ao Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra Pedro Alexandrino da Cunha, que falecera em Macau. O novo Governador veio de Hong Kong, onde se hospedara em casa de Eduardo Pereira, a bordo da corveta D. João I. O desembarque efectuou-se no dia 26, ao meio-dia, no cais chamado do Governador. Após a recepção no Palácio do Governo, o novo Governador ouviu Missa na Capela do Palácio. À noite, às 7.00 horas, realizou-se um jantar com a assistência dos membros do Conselho do Governo e da Câmara Municipal, Cônsules, Comandantes das Corvetas e Fortalezas, autoridades e vários empregados públicos. Foi investido na posse do Governo desta Colónia em 3 de Fevereiro de 1851, pelas cinco horas da tarde, na porta principal da Fortaleza de S. Paulo do Monte, entregando-lhe o Conselho do Governo a chave da dita Fortaleza e o bastão e com eles a posse do Governo desta cidade com todas as artilharias e armas, apetrechos e munições de todas as fortalezas da guarnição. Depois da posse, o Governador dirigiu-se à Igreja da Sé, onde depositou o bastão aos pés da Nossa Senhora da Conceição e onde se cantou um solene Te-Deum, seguido de recepção no Palácio do Governo. No dia 3 de Fevereiro, toma posse Francisco António Gonçalves Cardoso como Governador de Macau. Recebe o poder das mãos do Bispo D. Jerónimo da Mata. Teve que reequilibrar as finanças antes de organizar de novo a rede económica entre Macau e o Sul da China. O Vice-Rei Xu Guangjing viria a reconhecer os cônsules portugueses nomeados para Cantão e Xangai, numa óptica que o Governador perseguia desde que chegou. Procurou atrair a Macau os grandes negociantes chineses. Para surpresa de Macau, o Reino (em plena política regeneradora) exonerou o Governador em 18 de Novembro do mesmo ano em que tomou posse. (V. Governadores de Macau, pp. 227 a 230).

Pelo Edital de 1 de Agosto de 1851, o Governador faz saber que havendo-se já estabelecido pela competente Comissão a colecta para o pagamento dos impostos das lojas e casas Chinas do 3º e 4º quartel vencidos, a contar desde o 1º de Fevereiro até ao fim de Julho do corrente ano, há por conveniente ordenar, que seja publicada a relação dos colectados, sendo-lhes concedido o prazo de 30 dias a contar desta data para fazerem os pagamentos na estação já designada nos anteriores Editais, e 15 dias desta data para as competentes reclamaçaões, findos os quaes se procederá na forma ordinária contra aqueles, que faltarem ao devido pagamento.

No dia 7 de Julho de 1850, tomou posse do governo o Conselho Governativo, constituído por D. Jerónimo José da Mata, Bispo da Diocese; José Bernardo Goularte, Presidente do Leal Senado; Lourenço Marques, Procurador da Cidade; João Maria de Sequeira Pinto, Juiz de Direito da Comarca; Isidoro Francisco Guimarães, Comandante da Estação Naval; Tenente-Coronel João Tavares de Almeida, Comandante do Batalhão Nacional; e António José de Miranda, Secretário do Governo.

No dia 5 de Março de 1849, o Governador João Maria Ferreira do Amaral proibiu aos Hopus (alfândegas chinesas) desta cidade cobrarem quaisquer direitos às mercadorias exportadas de Macau para os portos da China, pedindo ao Vice-Rei de Cantão que mandasse retirar os funcionários chineses que exerciam os seus cargos em Macau, dentro do prazo de oito dias. Os Hopus exerciam a sua jurisdição superior no Hopu da Praia Grande e no da Praia Pequena, sítio hoje conhecido pelo Largo da Ponte e Horta e seus arredores. O da Praia Grande pouca importância tinha, mas o da Praia Pequena, conhecido por Hopu Grande tinha o prestígio da sua antiguidade e a força de muito poderio. Ferreira do Amaral faz publicar um edital sobre o fecho oficial do Hopu Grande na Praia Pequena. Quanto ao Hopu Pequeno já o tinha mandado deitar abaixo expulsando os seus agentes. A 13 deste mês encerrou a Alfândega. (Cfr. Wu Zhiliang, Segredos de Sobrevivência. O Sistema Político e o Desenvolvimento Político de Macau, pp. 193 a 212). No dia 12 de Março de 1849, não tendo o Vice-rei de Cantão ordenado a retirada dos funcionários dos Hopus, o Governador João Maria Ferreira do Amaral mandou pôr travessas na porta principal do Hopu, deixando abertas as outras, para uso dos que ali viviam e fez postar um piquete de soldados e uma canhoneira de mar, em frente do Hopu, para protegerem o desembarque de todas as mercadorias e víveres, acabando assim com o último vestígio da interferência chinesa na administração desta Colónia. No dia 13 de Março de 1849,O Governador João Maria Ferreira do Amaral ordenou à força pública que fizesse desaparecer todos os sinais da alfândega chinesa em Macau, ordem esta que foi cumprida, imediatamente.