No dia 5 de Março de 1849, o Governador João Maria Ferreira do Amaral proibiu aos Hopus (alfândegas chinesas) desta cidade cobrarem quaisquer direitos às mercadorias exportadas de Macau para os portos da China, pedindo ao Vice-Rei de Cantão que mandasse retirar os funcionários chineses que exerciam os seus cargos em Macau, dentro do prazo de oito dias. Os Hopus exerciam a sua jurisdição superior no Hopu da Praia Grande e no da Praia Pequena, sítio hoje conhecido pelo Largo da Ponte e Horta e seus arredores. O da Praia Grande pouca importância tinha, mas o da Praia Pequena, conhecido por Hopu Grande tinha o prestígio da sua antiguidade e a força de muito poderio. Ferreira do Amaral faz publicar um edital sobre o fecho oficial do Hopu Grande na Praia Pequena. Quanto ao Hopu Pequeno já o tinha mandado deitar abaixo expulsando os seus agentes. A 13 deste mês encerrou a Alfândega. (Cfr. Wu Zhiliang, Segredos de Sobrevivência. O Sistema Político e o Desenvolvimento Político de Macau, pp. 193 a 212). No dia 12 de Março de 1849, não tendo o Vice-rei de Cantão ordenado a retirada dos funcionários dos Hopus, o Governador João Maria Ferreira do Amaral mandou pôr travessas na porta principal do Hopu, deixando abertas as outras, para uso dos que ali viviam e fez postar um piquete de soldados e uma canhoneira de mar, em frente do Hopu, para protegerem o desembarque de todas as mercadorias e víveres, acabando assim com o último vestígio da interferência chinesa na administração desta Colónia. No dia 13 de Março de 1849,O Governador João Maria Ferreira do Amaral ordenou à força pública que fizesse desaparecer todos os sinais da alfândega chinesa em Macau, ordem esta que foi cumprida, imediatamente.

No dia 25 de Maio de 1850, desembarcou em Macau o Governador, Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, que tomou posse no dia 30 deste mês, vindo a falecer nesta cidade semanas depois.

No dia 24 de Janeiro de 1851, chegou o Governador Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra, Francisco António Gonçalves Cardoso, nomeado, por Decreto de 17 de Outubro de 1850, para suceder ao Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra Pedro Alexandrino da Cunha, que falecera em Macau. O novo Governador veio de Hong Kong, onde se hospedara em casa de Eduardo Pereira, a bordo da corveta D. João I. O desembarque efectuou-se no dia 26, ao meio-dia, no cais chamado do Governador. Após a recepção no Palácio do Governo, o novo Governador ouviu Missa na Capela do Palácio. À noite, às 7.00 horas, realizou-se um jantar com a assistência dos membros do Conselho do Governo e da Câmara Municipal, Cônsules, Comandantes das Corvetas e Fortalezas, autoridades e vários empregados públicos. Foi investido na posse do Governo desta Colónia em 3 de Fevereiro de 1851, pelas cinco horas da tarde, na porta principal da Fortaleza de S. Paulo do Monte, entregando-lhe o Conselho do Governo a chave da dita Fortaleza e o bastão e com eles a posse do Governo desta cidade com todas as artilharias e armas, apetrechos e munições de todas as fortalezas da guarnição. Depois da posse, o Governador dirigiu-se à Igreja da Sé, onde depositou o bastão aos pés da Nossa Senhora da Conceição e onde se cantou um solene Te-Deum, seguido de recepção no Palácio do Governo. No dia 3 de Fevereiro, toma posse Francisco António Gonçalves Cardoso como Governador de Macau. Recebe o poder das mãos do Bispo D. Jerónimo da Mata. Teve que reequilibrar as finanças antes de organizar de novo a rede económica entre Macau e o Sul da China. O Vice-Rei Xu Guangjing viria a reconhecer os cônsules portugueses nomeados para Cantão e Xangai, numa óptica que o Governador perseguia desde que chegou. Procurou atrair a Macau os grandes negociantes chineses. Para surpresa de Macau, o Reino (em plena política regeneradora) exonerou o Governador em 18 de Novembro do mesmo ano em que tomou posse. (V. Governadores de Macau, pp. 227 a 230).

No dia 20 de Agosto de 1851, o Governador António Gonçalves Cardoso fez ocupar a“Taipa Quebrada”, uma zona da Ilha que ficava afastada da actual Vila, mas também a pedido dos moradores e suas embarcações, carecidos de defesa contra os piratas e outras espécies de “lanchaes” (ladrões). (Cfr. esta Cronologia…, 1847). Entretanto, Coloane servia-lhes de excelente esconderijo. Em contrapartida da protecção à Taipa, foi elaborado um pequeno mas eficaz articulado legislativo.

No dia 16 de Setembro de 1849, o Vice-Rei de Cantão, Siu, enviou um ofício ao Conselho do Governo de Macau participando ter sido preso, processado e executado, o verdadeiro assassino do Governador João Maria Ferreira do Amaral, Sen-Chi-Leong.

No dia 6 de Maio de 1851, o Tenente Vicente Nicolau de Mesquita - herói do Passaleão - foi nomeado Comandante interino do posto da Taipa.

Pelo Edital de 17 de Julho de 1851, o Governador de Macau faz saber aos Chinas habitantes de Macau, que, com quanto lhe mereçam toda a atenção e deferência às suas crenças e persuasões religiosas; e longe de querer coarctar-lhes, o seu desejo seja franquear-lhes quanto convenientemente ser possa o livre exercício e prática dos actos e cerimónias do seu culto, cumpre-se com tudo, como um dos seus princípios e essenciais deveres prover a segurança da vida e fazenda dos Cidadãos confiados à sua vigilância: Pelo que sendo imminente o risco de incêndio a que ficam expostas as casas e outros prédios da Cidade, e cuja proximidade usam os Chinas levantar barracas de ? e bambú para a celebração de suas festas religiosas, representações teatraes e outros fins semelhantes, pela grande profusão de papeis, foguetes, e outros objectos que costumam queimar nessas ocasiões, além do não pequeno incómodo que sofre toda a vizinhança pelo grande alarido, e muitas vezes serias desordens a que dá lugar o imenso concurso de povo que tais actos sempre a ?; bem como do grave inconviniente de ficar por muitos dias obstruído o trânsito das vias públicas, determina o seguinte D'ora em diante só será permitido aos Chinas erigir as mencionadas barracas no largo fronteiro do Pagode da Barra, e no largo contíguo ao cais chamado dos Hãos Chincheos no Matapão, sendo-lhes proibidos, fora destas dois sítios, armar as ditas barracas em algum outro lugar situado dentro dos muros da Cidade, para qualquer dos fins acima indicados; podendo contudo, fizê-lo fora dos muros nos lugares do costume, precedendo em ambos os casos licença do Governo, como até aqui. E para que assim conste, e se não possa alegar ignorância será este afixado nos lugares públicos do costume.

Em 1848, o Oficial Comandante do Porto da Taipa, Januário Agostinho de Almeida, como responsável pela Ilha, redige as primeiras regras sobre a administração local.

No dia 2 de Novembro de 1849, foi exonerado, por Decreto, o Capitão Feliciano António Marques Pereira, do governo interino de Macau, para o qual havia sido nomeado, pelo decreto de 22 de Outubro de 1849, em substituição do Conselheiro e Capitão de Mar-e-Guerra, João Maria Ferreira do Amaral, que fora assassinado pelos chinas. Nesta mesma data foi publicado o Decreto que nomeava o Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, para o cargo de Governador de Macau.