Em 1848, o Oficial Comandante do Porto da Taipa, Januário Agostinho de Almeida, como responsável pela Ilha, redige as primeiras regras sobre a administração local.

No dia 5 de Março de 1849, o Governador João Maria Ferreira do Amaral proibiu aos Hopus (alfândegas chinesas) desta cidade cobrarem quaisquer direitos às mercadorias exportadas de Macau para os portos da China, pedindo ao Vice-Rei de Cantão que mandasse retirar os funcionários chineses que exerciam os seus cargos em Macau, dentro do prazo de oito dias. Os Hopus exerciam a sua jurisdição superior no Hopu da Praia Grande e no da Praia Pequena, sítio hoje conhecido pelo Largo da Ponte e Horta e seus arredores. O da Praia Grande pouca importância tinha, mas o da Praia Pequena, conhecido por Hopu Grande tinha o prestígio da sua antiguidade e a força de muito poderio. Ferreira do Amaral faz publicar um edital sobre o fecho oficial do Hopu Grande na Praia Pequena. Quanto ao Hopu Pequeno já o tinha mandado deitar abaixo expulsando os seus agentes. A 13 deste mês encerrou a Alfândega. (Cfr. Wu Zhiliang, Segredos de Sobrevivência. O Sistema Político e o Desenvolvimento Político de Macau, pp. 193 a 212). No dia 12 de Março de 1849, não tendo o Vice-rei de Cantão ordenado a retirada dos funcionários dos Hopus, o Governador João Maria Ferreira do Amaral mandou pôr travessas na porta principal do Hopu, deixando abertas as outras, para uso dos que ali viviam e fez postar um piquete de soldados e uma canhoneira de mar, em frente do Hopu, para protegerem o desembarque de todas as mercadorias e víveres, acabando assim com o último vestígio da interferência chinesa na administração desta Colónia. No dia 13 de Março de 1849,O Governador João Maria Ferreira do Amaral ordenou à força pública que fizesse desaparecer todos os sinais da alfândega chinesa em Macau, ordem esta que foi cumprida, imediatamente.

No dia 7 de Julho de 1850, tomou posse do governo o Conselho Governativo, constituído por D. Jerónimo José da Mata, Bispo da Diocese; José Bernardo Goularte, Presidente do Leal Senado; Lourenço Marques, Procurador da Cidade; João Maria de Sequeira Pinto, Juiz de Direito da Comarca; Isidoro Francisco Guimarães, Comandante da Estação Naval; Tenente-Coronel João Tavares de Almeida, Comandante do Batalhão Nacional; e António José de Miranda, Secretário do Governo.

No dia 25 de Maio de 1850, desembarcou em Macau o Governador, Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, que tomou posse no dia 30 deste mês, vindo a falecer nesta cidade semanas depois.

No dia 6 de Maio de 1851, o Tenente Vicente Nicolau de Mesquita - herói do Passaleão - foi nomeado Comandante interino do posto da Taipa.

No dia 24 de Janeiro de 1851, chegou o Governador Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra, Francisco António Gonçalves Cardoso, nomeado, por Decreto de 17 de Outubro de 1850, para suceder ao Conselheiro Capitão de Mar-e-Guerra Pedro Alexandrino da Cunha, que falecera em Macau. O novo Governador veio de Hong Kong, onde se hospedara em casa de Eduardo Pereira, a bordo da corveta D. João I. O desembarque efectuou-se no dia 26, ao meio-dia, no cais chamado do Governador. Após a recepção no Palácio do Governo, o novo Governador ouviu Missa na Capela do Palácio. À noite, às 7.00 horas, realizou-se um jantar com a assistência dos membros do Conselho do Governo e da Câmara Municipal, Cônsules, Comandantes das Corvetas e Fortalezas, autoridades e vários empregados públicos. Foi investido na posse do Governo desta Colónia em 3 de Fevereiro de 1851, pelas cinco horas da tarde, na porta principal da Fortaleza de S. Paulo do Monte, entregando-lhe o Conselho do Governo a chave da dita Fortaleza e o bastão e com eles a posse do Governo desta cidade com todas as artilharias e armas, apetrechos e munições de todas as fortalezas da guarnição. Depois da posse, o Governador dirigiu-se à Igreja da Sé, onde depositou o bastão aos pés da Nossa Senhora da Conceição e onde se cantou um solene Te-Deum, seguido de recepção no Palácio do Governo. No dia 3 de Fevereiro, toma posse Francisco António Gonçalves Cardoso como Governador de Macau. Recebe o poder das mãos do Bispo D. Jerónimo da Mata. Teve que reequilibrar as finanças antes de organizar de novo a rede económica entre Macau e o Sul da China. O Vice-Rei Xu Guangjing viria a reconhecer os cônsules portugueses nomeados para Cantão e Xangai, numa óptica que o Governador perseguia desde que chegou. Procurou atrair a Macau os grandes negociantes chineses. Para surpresa de Macau, o Reino (em plena política regeneradora) exonerou o Governador em 18 de Novembro do mesmo ano em que tomou posse. (V. Governadores de Macau, pp. 227 a 230).

No dia 2 de Novembro de 1849, foi exonerado, por Decreto, o Capitão Feliciano António Marques Pereira, do governo interino de Macau, para o qual havia sido nomeado, pelo decreto de 22 de Outubro de 1849, em substituição do Conselheiro e Capitão de Mar-e-Guerra, João Maria Ferreira do Amaral, que fora assassinado pelos chinas. Nesta mesma data foi publicado o Decreto que nomeava o Capitão de Mar-e-Guerra, Pedro Alexandrino da Cunha, para o cargo de Governador de Macau.

No dia 29 de Abril de 1851, festejou-se com grande entusiasmo o aniversário da outorga da Carta Constitucional da Monarquia Portuguesa por D. Pedro, Duque de Bragança, e, além do programa oficial constante da formatura em frente do Palácio do Governo, das bandas de corneteiros e tambores dos corpos da guarnição, que tocaram a alvorada, houve um tiro de peça da Fortaleza do Monte, embandeiramento das fortalezas e dos navios de guerra, salvas e iluminação pública. Realizaram-se várias danças, acompanhadas de música, percorrendo vários grupos as ruas da cidade e as casas dos principais moradores.

Pelo Edital de 19 de Maio de 1851, o Procurador por Ordem de Sua Exa. o Sr. Governador, faz saber ao Público, que tendo na madrugada de hoje acontecido ferir um soldado nosso a um China, ocorrência que teve lugar na proximidade da Porta do Cerco, vindo a final este a morrer da dita ferida, o Governo tem preso o criminoso, e vai ser castigado segundo as nossas leis, e todos os Chinas podem transitar livremente sem receio pela Porta do Cerco ou outro qualquer lugar do território português, porque medidas severas tem sido tomadas, para que semilhante attentado se não repita mais para o futuro.