Em 1641, Malaca cai nas mãos dos holandeses (Cfr. Beatriz Basto da Silva, Cronologia da História de Macau. Macau, Livros do Oriente, vol. I, 3.ª ed., 2015. 1639-1640; 1644).

Em 1636, os portugueses foram expulsos do Japão. Fim das relações comerciais, apesar das várias tentativas anteriores e posteriores para as reatar. Mas ainda há algumas fugas à vigilância. A ordem de termo foi sendo repetida até 1639. Neste ano o Bakufu promulgou o limitativo edital proibindo os japoneses de residirem e comerciarem no estrangeiro. D. Gonçalo da Silveira efectuou a segunda viagem a favor do Tesouro Real. Os portugueses foram confinados à ilhota artificial de Deshima, no porto de Nagasaqui. As galeotas desta vez partiram com 2 350 caixas de prata (cada caixa = mil taéis. Cada tael = 38 gr.).

Em 1637, o Capitão-Mor D. Francisco de Castelo Branco e outros oficiais foram presos e retidos no Japão, por suspeita de cumplicidade na revolta Shimabara que estalou nesse ano.

Em 1637, primeira viagem comercial dos ingleses à China. No dia 6 de Agosto de 1637, eleição de quatro adjuntos para tratarem com o Senado o modo como se deveria proceder com os ingleses que surgiram na barra de Macau com quatro naus.

No dia 10 de Setembro de 1903, faleceu o macaense António Pereira Marques, irmão de Lourenço P. M. e Francisco P. M., todos filhos do Comendador Lourenço Marques. O falecido foi educado em Lisboa e regeu em Macau a“cadeira de instrução primária da Escola do Governo”.

No dia 2 de Setembro de 1639, os Capitães-Mor D. Francisco de Castelo Branco e D. João Pereira, presos no Japão, foram levados ao palácio do Governador para ouvirem a sentença imperial sobre a quebra de comércio com os portugueses. De posse do documento comprovativo e na companhia de outros portugueses, regressaram a Macau a 17 de Outubro.Cfr. registo seguinte sobre o mesmo assunto. Documento dirigido pelo comissário japonês encarregue da aplicação das leis anticristãs aos prisioneiros portugueses (V. Beatriz Basto da Silva, Cronologia da História de Macau. Macau, Livros do Oriente, vol. I, 3.ª ed., 2015,1639 18 de Agosto), dizendo que merecem a morte mas que, por benevolência, são deixados paritr para não mais voltar. (Cfr. Livro dos Registos de François Caron, Chefe da Feitoria holandesa de Hirado, Setembro de 1639, in Le Puissant Royaume du Japon: la Descrition de François Caron (1636), Paris, 2003, pp. 178-179).

Em 1635, descrição de Macau por António Bocarro (nascido em 1594 - Abrantes). A. Bocarro tem como obra-prima O Livro das Plantas de todas as Fortalezas, Cidades e Povoações do Estado da Índia Oriental. António Bocarro diz na sua Descrição de Macau: “Os cazados que tem esta cidade sao oitocentos sincoenta portugueses e seus filhos que são muito mais bem despostos, e robustos, que nenhum que haja neste oriente, os quaes todos tem huns e outros seis escravos darmas de que os mais e milhores são cafres e outras naçoens (…). Alem deste numero de cazados Portugueses tem mais esta cidade outros tantos cazados entre naturais da terra, Chinas Christãos que chamam jurabassas de que são os mais, e outras nações xtãos (…). Tem alem disto esta cidade muitos marinheiros pilotos e mestres solteiros Portugueses os mais delles cazados no Reino, outros solteiros que andão, nas viagens de Japão, Manila, Solor, Macassa, Cochinchina, destes mais de cento e sincoenta, e alguns são de grossos cabedais de mais de sincoenta mil xerafins que por nenhu modo querem passar a Goa por não lançare mão delles ou as justiças de Sua Magde. e assy tambem muitos mercadores solteiros muito ricos em que melitão as mesmas razões”.

No dia 21 de Julho de 1573, morreu, no naufrágio da sua nau, que seguia para o Japão, o Capitão-Mor de Macau, D. António de Vilhena, que se distinguiu no cerco de Cananor, em 1559, e que neste ano fez, à sua custa, cobrir de telha a primeira igreja da Madre de Deus de Macau que então era apenas coberta de madeira.

Em 1639, partiram 4 galeotas de Macau para o Japão; mas uma naufragou e outra arribou de volta a Macau; as restantes foram mandadas sair de Nagasaqui sem terem sido autorizadas a comerciar. No dia 4 de Agosto de 1639, foi publicado pelo Conselho de Estado ou Roju, em Iedo (Tóquio), o decreto do Shogum do Japão, proibindo os portugueses de comerciarem no Japão, pondo assim termo ao grande período de prosperidade de que gozava a colónia de Macau.